【比早期ABEs快1100倍！CRISPR碱基编辑器“新星”ABE8e究竟是如何做到的？】近日，CRISPR 基因编辑奠基人 Jennifer Doudna 在 Science 杂志发表了题为 DNA capture by a CRISPR-Cas9–guided adenine base editor 的论文，首次解析了单碱基编辑器 ABE8e 的超高分辨率冷冻电镜结构，揭示了 ABE8e 如何实现 DNA 上的快速脱氨，为单碱基编辑技术的改进和安全应用提供了一条新的思路。https://t.cn/A6UM31aV
#CSC新闻# 韩国济州街车&街景：我眼中的济州韩国车、日本车、德国车、倒三轮摩托车、老年代步车[允悲][允悲][允悲]在酒店周围逛了一圈，所见济州车的确以韩国车为主，而且不少造型极丑、丑到我不愿拍照的车，挂三星标的雷诺车也不少。但非韩国车比我料想的要多，其中以奔驰和宝马为最多，轿车、SUV、ABES级、35系X35都有，MINI也不少，奥迪和英菲尼迪很少，雷克萨斯没见过，是不是都买捷恩斯了。最出乎意料的，是Jeep居然也不少，大切、牧马人、自由侠，也许是个性之选吧。。。注：必须指出，这只是我有限时间的有限所见，当然不等于全济州的情况，更不等于韩国的情况，仅供有限参考[doge][doge][doge]
自2012年CRISPR/Cas9基因编辑技术问世，DNA碱基编辑技术受到科研界的高度关注。为了提高碱基编辑效率，依次构建成功了第二代碱基编辑器（BE2）、第三代碱基编辑器（BE3）、和第四代碱基编辑器（ABE7.10、ABE 6.3、ABE 7.8和ABE 7.9）。
这些碱基编辑方法可实现在基因组DNA中直接产生所需的点突变，而不需要产生双链断裂（DSB）。但最近几项研究表明碱基编辑技术在基因组DNA研究中存在脱靶效应，常用的DNA碱基编辑器依赖的脱氨酶呈现出RNA结合活性。如：胞嘧啶碱基编辑器（CBE）中使用的胞嘧啶脱氨酶APOBEC1可以作用于DNA和RNA；腺嘌呤碱基编辑器（ABE）中使用的腺嘌呤脱氨酶TadA诱导RNA上的位点特异性肌苷形成。
然而，目前却缺乏由DNA碱基编辑引起的任何潜在的RNA突变的报道。针对该问题，腺相关病毒是DNA编辑基因疗法最常用的传递系统，这些病毒可以在体内维持长期基因表达，因此其用于DNA碱基编辑诱导的潜在RNA突变的程度受到高度重视。
所以，由周昌阳博士等人带领的研究团队，通过利用此系统定量评估了由CBEs和ABEs诱导的RNA单核苷酸变异（SNV）。发现了胞嘧啶碱基编辑器BE3和腺嘌呤碱基编辑器ABE7.10都产生了数万个脱靶RNA SNV。随后，利用工程化脱氨酶，找到了三种CBE变体和一种ABE变体能将脱靶RNA单核苷酸变异（SNV）降低至低水平状态，同时保持其有效的DNA靶向活性。该研究揭示了之前一直被忽略的DNA编辑技术产生的脱靶效应的问题，且证明了通过工程化脱氨酶可以消除这种效应。
诺唯赞（Vazyme）One Step Mouse Genotyping Kit（Vazyme PD101）助力该项科研研究。One Step Mouse Genotyping Kit提供了整套的DNA粗提取以及PCR扩增体系，适用于小鼠基因型快速鉴定 (Rapid Genotyping)。可用于从小鼠尾巴、耳朵以及脚趾等组织中快速释放基因组DNA，产物可直接进行PCR扩增，无需匀浆、破碎、过夜消化、酚氯仿抽提、DNA沉淀或柱式纯化等操作，极大缩短了实验耗时。
试剂盒中配有2×Taq Plus Master Mix (Dye Plus)，包含高性能的 Taq Plus DNA Polymerase，dNTP以及优化的缓冲体系，PCR反应时只需加入引物和模板即可进行扩增，减少了开管/移液等操作，显著降低了样品交叉污染并且提高了检测通量和结果的重现性。独特的保护剂使得TaqPlus Master Mix经过反复冻融后仍可保持稳定的活性。体系中预混有电泳缓冲液和染料，可在反应结束后直接进行电泳，使用方便快捷。
在该实验中，293T细胞的裂解采用了该试剂盒中的裂解Buffer，获得的粗品DNA随后用于Sanger测序，通过测序数据结果分析，从而鉴定不同的DNA碱基编辑器产生的效率。
该研究团队利用转录组水平的RNA测序技术，发现了DNA单碱基编辑技术存在着大量的RNA脱靶效应的问题，初次证明了BE3、BE3-hA3A和ABE7.10等多个单碱基编辑技术均产生大量的RNA脱靶现象，同时验证了ABE7.10碱基编辑器还会导致大量的与癌症相关的癌基因和抑癌基因的突变，有较强的致癌风险。此外，ABE7.10F148A 有望应用于高特异性的DNA与RNA水平的碱基编辑，且不存在脱靶效应，为单碱基编辑技术进入临床治疗领域打下了夯实的基础。
产品信息
名称：One Step Mouse Genotyping Kit
货号：PD101-01
产品优势
1、基于蛋白酶 K 的特制裂解液
使用时，将组织浸泡在预添加了Proteinase K的裂解液中，55℃孵育20 min后95℃加热5 min即可灭活Proteinase K。
2、裂解产物直接用于PCR扩增，无需提取基因组
裂解产物经离心后可直接用做PCR扩增模板，无需传统提取方式的匀浆、破碎、过夜消化、酚氯仿抽提、DNA沉淀或柱式纯化等操作，极大缩短了实验耗时。也可将裂解产物上清转移至另一个灭菌EP管中，- 20℃可存放至少三个月。
3、广泛适用于2 kb以内目标片段扩增，并适用于4对引物以内的多重PCR 反应。
适用于从小鼠尾巴、耳朵以及脚趾等组织中快速释放基因组DNA，可扩增2kb以内基因进行基因型鉴定，扩增多重性达到4重。
这些碱基编辑方法可实现在基因组DNA中直接产生所需的点突变，而不需要产生双链断裂（DSB）。但最近几项研究表明碱基编辑技术在基因组DNA研究中存在脱靶效应，常用的DNA碱基编辑器依赖的脱氨酶呈现出RNA结合活性。如：胞嘧啶碱基编辑器（CBE）中使用的胞嘧啶脱氨酶APOBEC1可以作用于DNA和RNA；腺嘌呤碱基编辑器（ABE）中使用的腺嘌呤脱氨酶TadA诱导RNA上的位点特异性肌苷形成。
然而，目前却缺乏由DNA碱基编辑引起的任何潜在的RNA突变的报道。针对该问题，腺相关病毒是DNA编辑基因疗法最常用的传递系统，这些病毒可以在体内维持长期基因表达，因此其用于DNA碱基编辑诱导的潜在RNA突变的程度受到高度重视。
所以，由周昌阳博士等人带领的研究团队，通过利用此系统定量评估了由CBEs和ABEs诱导的RNA单核苷酸变异（SNV）。发现了胞嘧啶碱基编辑器BE3和腺嘌呤碱基编辑器ABE7.10都产生了数万个脱靶RNA SNV。随后，利用工程化脱氨酶，找到了三种CBE变体和一种ABE变体能将脱靶RNA单核苷酸变异（SNV）降低至低水平状态，同时保持其有效的DNA靶向活性。该研究揭示了之前一直被忽略的DNA编辑技术产生的脱靶效应的问题，且证明了通过工程化脱氨酶可以消除这种效应。
诺唯赞（Vazyme）One Step Mouse Genotyping Kit（Vazyme PD101）助力该项科研研究。One Step Mouse Genotyping Kit提供了整套的DNA粗提取以及PCR扩增体系，适用于小鼠基因型快速鉴定 (Rapid Genotyping)。可用于从小鼠尾巴、耳朵以及脚趾等组织中快速释放基因组DNA，产物可直接进行PCR扩增，无需匀浆、破碎、过夜消化、酚氯仿抽提、DNA沉淀或柱式纯化等操作，极大缩短了实验耗时。
试剂盒中配有2×Taq Plus Master Mix (Dye Plus)，包含高性能的 Taq Plus DNA Polymerase，dNTP以及优化的缓冲体系，PCR反应时只需加入引物和模板即可进行扩增，减少了开管/移液等操作，显著降低了样品交叉污染并且提高了检测通量和结果的重现性。独特的保护剂使得TaqPlus Master Mix经过反复冻融后仍可保持稳定的活性。体系中预混有电泳缓冲液和染料，可在反应结束后直接进行电泳，使用方便快捷。
在该实验中，293T细胞的裂解采用了该试剂盒中的裂解Buffer，获得的粗品DNA随后用于Sanger测序，通过测序数据结果分析，从而鉴定不同的DNA碱基编辑器产生的效率。
该研究团队利用转录组水平的RNA测序技术，发现了DNA单碱基编辑技术存在着大量的RNA脱靶效应的问题，初次证明了BE3、BE3-hA3A和ABE7.10等多个单碱基编辑技术均产生大量的RNA脱靶现象，同时验证了ABE7.10碱基编辑器还会导致大量的与癌症相关的癌基因和抑癌基因的突变，有较强的致癌风险。此外，ABE7.10F148A 有望应用于高特异性的DNA与RNA水平的碱基编辑，且不存在脱靶效应，为单碱基编辑技术进入临床治疗领域打下了夯实的基础。
产品信息
名称：One Step Mouse Genotyping Kit
货号：PD101-01
产品优势
1、基于蛋白酶 K 的特制裂解液
使用时，将组织浸泡在预添加了Proteinase K的裂解液中，55℃孵育20 min后95℃加热5 min即可灭活Proteinase K。
2、裂解产物直接用于PCR扩增，无需提取基因组
裂解产物经离心后可直接用做PCR扩增模板，无需传统提取方式的匀浆、破碎、过夜消化、酚氯仿抽提、DNA沉淀或柱式纯化等操作，极大缩短了实验耗时。也可将裂解产物上清转移至另一个灭菌EP管中，- 20℃可存放至少三个月。
3、广泛适用于2 kb以内目标片段扩增，并适用于4对引物以内的多重PCR 反应。
适用于从小鼠尾巴、耳朵以及脚趾等组织中快速释放基因组DNA，可扩增2kb以内基因进行基因型鉴定，扩增多重性达到4重。
✋热门推荐