隔离挺适合我这种人的。反正我没事我都不喜欢出门，在家睡觉看书做饭多舒服。最近在读《红楼梦》，每个章节过后再去听解析，发现这真的是值得一辈子研读的著作，由浅到深，一字一句都有它的精妙之处。还有包括背景的描写，人物的起名都如此有考究，看来以前都是浅读，没有体会到曹雪芹的刻苦用心。
空气炸锅鸭腿yyds!
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白斑河豚的婚房
1995年，潜水员在海底发现了一些直径大约2米的奇怪图案，整个图案呈圆形，外圈有着不规则的线条，中间是一片平坦区域，是一个非常精妙独特的几何图案。是谁在海底制作了如此复杂的圆圈呢？
起初这些神秘图案被认为是“海底的麦田怪圈”，引发了许多阴谋论猜测，各种理论层出不穷，例如外星人的创作之类，也有人觉得是人为造出来的噱头。人们就这样一直猜了十几年。
直到2011年，人们终于当场“抓获”了罪魁祸首，制作这些怪圈的不是外星人，也不是人类，而是平平无奇的白斑河豚！原来这些怪圈竟然是它的“婚房”，为了吸引雌性，它靠着腹部和鱼鳍来回游，一点一点地拱出了这些大圆圈。
1995年，潜水员在海底发现了一些直径大约2米的奇怪图案，整个图案呈圆形，外圈有着不规则的线条，中间是一片平坦区域，是一个非常精妙独特的几何图案。是谁在海底制作了如此复杂的圆圈呢？
起初这些神秘图案被认为是“海底的麦田怪圈”，引发了许多阴谋论猜测，各种理论层出不穷，例如外星人的创作之类，也有人觉得是人为造出来的噱头。人们就这样一直猜了十几年。
直到2011年，人们终于当场“抓获”了罪魁祸首，制作这些怪圈的不是外星人，也不是人类，而是平平无奇的白斑河豚！原来这些怪圈竟然是它的“婚房”，为了吸引雌性，它靠着腹部和鱼鳍来回游，一点一点地拱出了这些大圆圈。
#微博公开课#
我总是惊叹于病毒这样微小的存在，竟也能有如此精妙的结构。
比如图1和图2是一种RNA病毒的结构图，你是不是看到一个正十二面体框架？
那竟然是它的遗传物质，一条单链RNA分子！这条RNA分子来来回回地折叠缠绕，形成了这个对称的正十二面体框架，仔细看，框架的每条棱都是它一来一回缠绕成的双螺旋。
即便成年人，要把一根铁丝盘成这样恐怕都是很费脑子的事情，而这种连生命都没有的病毒竟然可以把一个分子盘成这样。
这种病毒名叫“帕里亚科托病毒”（Pariacoto Virus），2001年左右在秘鲁首次发现，专门感染毛毛虫。人们当时就惊讶于它的RNA竟能形成如此规整对称的结构，前所未见。而这似乎让帕里亚科托病毒长得格外紧凑，算上蛋白质外壳，直径也只有20nm，只有常见病毒的几分之一，是已知病毒里最小的那一类。
那么，它的RNA究竟是怎样折叠出正十二面体的呢？
囿于观测手段，我们现在还没有确定的答案，不过这里是一个2009年的推测：
为了理解方便，如图3，立方体框架可以表示成一个平面网络，这是很显然的事情。同样，正十二面体框架也可以表示成一个平面网络，这也是很容易理解的事情。
所以我们不必在三维空间里思考十二面体的框架，而只需在平面上观察这个等价的网络就可以了。
*当然，相比三维框架，二维网络的边会延长或者缩短，但这没影响，我们并不计算长度。
那么如图４，这个RNA分子从5开始，到３结束，把这个网络完整地走了两遍。而且每条边上的两遍还会拧成双螺旋，但为了理解方便，图上省略了螺旋。
*大黑点表示RNA链在那里脱离框架，进入正十二面体内部，盘绕出了更隐蔽的结构，然后才返回来继续盘绕这个框架。实际上，构成框架的RNA只占这个病毒全部RNA的35％，还有65％都埋藏在框架内部。
但这也刚回答了“这是怎样一个形状”，我们真正关心的是，谁、什么力量，能把一个RNA分子折叠成了如此精致、复杂的形状？
是RNA分子自己，它自己“编码”了的三维形状。
如图5，RNA和DNA一样，带有成串的碱基序列，这些碱基就像4个字母的密码一样，编码了病毒所需的蛋白质。
但DNA总是两条分子成对出现，它们的碱基可以互补配对，形成那个经典的“双螺旋”。而RNA总是只有一条，那些碱基就会与自己身上其它部位的碱基互补配对，结果把整个RNA分子折叠成了奇奇怪怪的形状。
至于那是怎样一种奇怪的形状，那就取决于RNA上有怎样的碱基序列了，比如图6，转运RNA的碱基序列决定了它们会在三维空间中折叠成一个类似鸡大腿的形状，这个形状刚好可以把氨基酸送进核糖体去。
而我们的帕里亚科托病毒，它在RNA上的碱基序列就决定了它会折叠出一个正十二面体的框架——虽然这个过程仍然充满了尚未知晓的复杂细节，但在原理上没什么想不通的了。
至于这个精致的RNA序列是哪里来的，那当然是进化出来的。在很大程度上，我们会觉得这种病毒结构奇妙，是一种“少见多怪”。如今的生物学还难以观察病毒的结构细节，如图7，我们只能勉强知道病毒的外壳拥有怎样的形状，至于病毒内部的RNA和DNA折叠出了怎样的形状，我们还无知得很。
是帕里亚科托病毒的RNA形成了这样高度对称的结构，才在X射线的衍射图案中暴露了真容，我们才觉得新奇得很。而在那无数种病毒的未知的内部，谁又知道还有什么惊人的结构存在呢？
大概，等到我们真的洞悉了这些奥秘，也就不会觉得这个正十二面体有什么奇怪的了。
我很想把它写进我那本《生命的起源里》，但发现它与我最初的理解不一样，因此放弃了。
参考文献：
Tang, L., Johnson, K., Ball, L. et al. The structure of Pariacoto virus reveals a dodecahedral cage of duplex RNA. Nat Struct Mol Biol 8, 77–83 (2001).
Devkota B, Petrov AS, Lemieux S, et al. Structural and electrostatic characterization of pariacoto virus: implications for viral assembly. Biopolymers. 2009;91(7):530-538. doi:10.1002/bip.21168 https://t.cn/A6MEtfKD
我总是惊叹于病毒这样微小的存在，竟也能有如此精妙的结构。
比如图1和图2是一种RNA病毒的结构图，你是不是看到一个正十二面体框架？
那竟然是它的遗传物质，一条单链RNA分子！这条RNA分子来来回回地折叠缠绕，形成了这个对称的正十二面体框架，仔细看，框架的每条棱都是它一来一回缠绕成的双螺旋。
即便成年人，要把一根铁丝盘成这样恐怕都是很费脑子的事情，而这种连生命都没有的病毒竟然可以把一个分子盘成这样。
这种病毒名叫“帕里亚科托病毒”（Pariacoto Virus），2001年左右在秘鲁首次发现，专门感染毛毛虫。人们当时就惊讶于它的RNA竟能形成如此规整对称的结构，前所未见。而这似乎让帕里亚科托病毒长得格外紧凑，算上蛋白质外壳，直径也只有20nm，只有常见病毒的几分之一，是已知病毒里最小的那一类。
那么，它的RNA究竟是怎样折叠出正十二面体的呢？
囿于观测手段，我们现在还没有确定的答案，不过这里是一个2009年的推测：
为了理解方便，如图3，立方体框架可以表示成一个平面网络，这是很显然的事情。同样，正十二面体框架也可以表示成一个平面网络，这也是很容易理解的事情。
所以我们不必在三维空间里思考十二面体的框架，而只需在平面上观察这个等价的网络就可以了。
*当然，相比三维框架，二维网络的边会延长或者缩短，但这没影响，我们并不计算长度。
那么如图４，这个RNA分子从5开始，到３结束，把这个网络完整地走了两遍。而且每条边上的两遍还会拧成双螺旋，但为了理解方便，图上省略了螺旋。
*大黑点表示RNA链在那里脱离框架，进入正十二面体内部，盘绕出了更隐蔽的结构，然后才返回来继续盘绕这个框架。实际上，构成框架的RNA只占这个病毒全部RNA的35％，还有65％都埋藏在框架内部。
但这也刚回答了“这是怎样一个形状”，我们真正关心的是，谁、什么力量，能把一个RNA分子折叠成了如此精致、复杂的形状？
是RNA分子自己，它自己“编码”了的三维形状。
如图5，RNA和DNA一样，带有成串的碱基序列，这些碱基就像4个字母的密码一样，编码了病毒所需的蛋白质。
但DNA总是两条分子成对出现，它们的碱基可以互补配对，形成那个经典的“双螺旋”。而RNA总是只有一条，那些碱基就会与自己身上其它部位的碱基互补配对，结果把整个RNA分子折叠成了奇奇怪怪的形状。
至于那是怎样一种奇怪的形状，那就取决于RNA上有怎样的碱基序列了，比如图6，转运RNA的碱基序列决定了它们会在三维空间中折叠成一个类似鸡大腿的形状，这个形状刚好可以把氨基酸送进核糖体去。
而我们的帕里亚科托病毒，它在RNA上的碱基序列就决定了它会折叠出一个正十二面体的框架——虽然这个过程仍然充满了尚未知晓的复杂细节，但在原理上没什么想不通的了。
至于这个精致的RNA序列是哪里来的，那当然是进化出来的。在很大程度上，我们会觉得这种病毒结构奇妙，是一种“少见多怪”。如今的生物学还难以观察病毒的结构细节，如图7，我们只能勉强知道病毒的外壳拥有怎样的形状，至于病毒内部的RNA和DNA折叠出了怎样的形状，我们还无知得很。
是帕里亚科托病毒的RNA形成了这样高度对称的结构，才在X射线的衍射图案中暴露了真容，我们才觉得新奇得很。而在那无数种病毒的未知的内部，谁又知道还有什么惊人的结构存在呢？
大概，等到我们真的洞悉了这些奥秘，也就不会觉得这个正十二面体有什么奇怪的了。
我很想把它写进我那本《生命的起源里》，但发现它与我最初的理解不一样，因此放弃了。
参考文献：
Tang, L., Johnson, K., Ball, L. et al. The structure of Pariacoto virus reveals a dodecahedral cage of duplex RNA. Nat Struct Mol Biol 8, 77–83 (2001).
Devkota B, Petrov AS, Lemieux S, et al. Structural and electrostatic characterization of pariacoto virus: implications for viral assembly. Biopolymers. 2009;91(7):530-538. doi:10.1002/bip.21168 https://t.cn/A6MEtfKD
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