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在大熊猫栖息地存在未经政府允许的矿产开发、污染以及矿工的伐树和捕猎也是威胁之一。森林采伐。大熊猫栖息地每年的采伐面积达到至少1万公顷。其栖息地每年以大约2.5 平方千米的速度在消失。
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据对秦岭熊猫种群的遗传分析，那里有200余只大熊猫，可构成一个约90只的繁殖群体，其世代杂合率递减率为0.54%，经过12代后即140年后，每个成员都将有1/8的基因相同，相当于表（堂）兄妹的亲缘关系。
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大熊猫种群分布在25个以上岛状隔离的生境中。这些隔离的生境区大小为205平方千米（30-2384千米范围），其中大多数（67%）的面积少于350平方千米。这种种群的孤立和分割则是长期威胁其种群的重要因素，小群体的近交衰退现象将降低繁殖力、幼体成活率以及对疾病的抵抗能力。最终"岛状"成员将消失。
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