【Identification of Novel Nonsense RPGR Variant Causing Mild X-Linked Cone-Rod Dystrophy and Myopia】
#论文# #眼科学# #近视# #视网膜退化# #基因#
X-linked cone-rod dystrophy (XLCRD) is a rare progressive retinal degeneration. Moderate or high myopia is often secondary to XLCRD phenotype both on patients and carrier. RPGR gene is responsible for XLCRD (OMIM #304020) and atrophic macular degeneration (OMIM #300834). This paper describes a male patient with clinical suspicion of CRD in whom clinical exome sequencing (CES) found a novel nonsense mutation in the exon ORF15 (c.1905 + 223C > T, p.Q710X) of RPGR gene.
DOI: 10.4236/crcm.2022.1110059 https://t.cn/A6oVIMAp
#论文# #眼科学# #近视# #视网膜退化# #基因#
X-linked cone-rod dystrophy (XLCRD) is a rare progressive retinal degeneration. Moderate or high myopia is often secondary to XLCRD phenotype both on patients and carrier. RPGR gene is responsible for XLCRD (OMIM #304020) and atrophic macular degeneration (OMIM #300834). This paper describes a male patient with clinical suspicion of CRD in whom clinical exome sequencing (CES) found a novel nonsense mutation in the exon ORF15 (c.1905 + 223C > T, p.Q710X) of RPGR gene.
DOI: 10.4236/crcm.2022.1110059 https://t.cn/A6oVIMAp
#读文献[超话]#
今天读的这篇文献简而言之就是发现：在小鼠谱系中保守，但在真鼠间序列差异较大的Lx9转座子（插入到基因slfn1前），是小鼠特异进化出来的在小鼠固有免疫过程中发挥终于功能的序列（专门为小鼠物种服务的序列）。与之前读的那篇文献不同的是，该转座子通过参与产生lncRNA发挥作用，机制相当复杂。
1、免疫系统：L1家族是真鼠谱系进化过程中被整合进基因组的（P1），但是在物种进化的过程中，L1家族也会发生变化，于是作者便找到了一些分枝特异性的序列。发现这些分枝特异性的序列的特征是，主要插入到intergenic区域，且在与免疫相关的基因附近插入。与此同时，利用不同的信号刺激不同的细胞系产生分枝特异性的L1的转录组数据，通过对样本进行PCA降维分析发现，在LPS刺激的免疫细胞中的特征最为明显（P3）。于是，本文把目标到免疫系统中。
2、Lx9c11：而接下来希望知道更具有研究价值的序列。Lx9c11位于免疫相关的slfn1基因前，且结构上具有可变剪切位点。而从进化上看，该序列在小鼠谱系中所保守，而在真鼠亚科则序列变化较大，于是进一步聚焦到该序列可能对小鼠的免疫系统起到什么样的作用。
3、接下来作者就设计实验，使用CRISPR敲除了Lx9c11序列，得到纯合敲除小鼠。首先，作者在看表型之前，需要先确定是否敲除成功。Lx9c11序列原先被认为是蛋白IRF1、STAT1的结合位点，敲除之后，发现峰值不在。并且通过对RNA reads进行计数分析，Lx9c11的计数结果也显著较低（P4）。
4、另外从表型上看，发现与野生型相比，在经受病毒侵染之后，出现诸多免疫能力下降的表型，以及一些与炎症相关的分子的表达水平上升(P5），且小鼠生存率降低。
5、另外，作者转向了机制相关的研究。主要是比较敲除前后，是否有什么分子发生了改变。通过利用长段测序，发现在敲除前后，原先敲除的这段序列作为一部分参与形成非编码Lx9c11-Regos，而敲除之后，该RNA的表达消失。而在正常情况下，通过blast，对lncRNA的结合位点分析发现，其可能通过cis的机制结合slfn1基因的nc exon和3‘ UTR区域，从而抑制该基因的表达。并且通过RNA杂交实验发现，该lncRNA确实能够与slfn1基因的nc exon和3‘ UTR区域结合（P6）。
6、而如果我们人为的在双敲除的纯合小鼠中添加Lx9c11-Regos，是否可以补救纯和小鼠的炎症表型呢？作者使用病毒载体携带该lncRNA转入细胞/小鼠，发现表型被补救。
总结：
1、研究思路：批量筛选--敲除--表型--机制研究--体内/体外实验验证--表现补救--建立因果性
2、新颖点：转座子的功能实验验证的机制本身研究的比较少,且每一步实验验证很扎实。作者在文章在概念上的突破：lncRNA刚好是在负链上，其转录出来，cis作用于其正链上相应位置的基因，两者共同同一个片段即Lx9。而RNA转录、结合的位置可以通过相应的序列比对预测。本文另一个提到的机制为trans,结合到基因的3’utr区域，使其降解。
Bartonicek, N., Rouet, R., Warren, J. et al. The retroelement Lx9 puts a brake on the immune response to virus infection. Nature 608, 757–765 (2022). https://t.cn/A6ohIBHw
今天读的这篇文献简而言之就是发现：在小鼠谱系中保守，但在真鼠间序列差异较大的Lx9转座子（插入到基因slfn1前），是小鼠特异进化出来的在小鼠固有免疫过程中发挥终于功能的序列（专门为小鼠物种服务的序列）。与之前读的那篇文献不同的是，该转座子通过参与产生lncRNA发挥作用，机制相当复杂。
1、免疫系统：L1家族是真鼠谱系进化过程中被整合进基因组的（P1），但是在物种进化的过程中，L1家族也会发生变化，于是作者便找到了一些分枝特异性的序列。发现这些分枝特异性的序列的特征是，主要插入到intergenic区域，且在与免疫相关的基因附近插入。与此同时，利用不同的信号刺激不同的细胞系产生分枝特异性的L1的转录组数据，通过对样本进行PCA降维分析发现，在LPS刺激的免疫细胞中的特征最为明显（P3）。于是，本文把目标到免疫系统中。
2、Lx9c11：而接下来希望知道更具有研究价值的序列。Lx9c11位于免疫相关的slfn1基因前，且结构上具有可变剪切位点。而从进化上看，该序列在小鼠谱系中所保守，而在真鼠亚科则序列变化较大，于是进一步聚焦到该序列可能对小鼠的免疫系统起到什么样的作用。
3、接下来作者就设计实验，使用CRISPR敲除了Lx9c11序列，得到纯合敲除小鼠。首先，作者在看表型之前，需要先确定是否敲除成功。Lx9c11序列原先被认为是蛋白IRF1、STAT1的结合位点，敲除之后，发现峰值不在。并且通过对RNA reads进行计数分析，Lx9c11的计数结果也显著较低（P4）。
4、另外从表型上看，发现与野生型相比，在经受病毒侵染之后，出现诸多免疫能力下降的表型，以及一些与炎症相关的分子的表达水平上升(P5），且小鼠生存率降低。
5、另外，作者转向了机制相关的研究。主要是比较敲除前后，是否有什么分子发生了改变。通过利用长段测序，发现在敲除前后，原先敲除的这段序列作为一部分参与形成非编码Lx9c11-Regos，而敲除之后，该RNA的表达消失。而在正常情况下，通过blast，对lncRNA的结合位点分析发现，其可能通过cis的机制结合slfn1基因的nc exon和3‘ UTR区域，从而抑制该基因的表达。并且通过RNA杂交实验发现，该lncRNA确实能够与slfn1基因的nc exon和3‘ UTR区域结合（P6）。
6、而如果我们人为的在双敲除的纯合小鼠中添加Lx9c11-Regos，是否可以补救纯和小鼠的炎症表型呢？作者使用病毒载体携带该lncRNA转入细胞/小鼠，发现表型被补救。
总结：
1、研究思路：批量筛选--敲除--表型--机制研究--体内/体外实验验证--表现补救--建立因果性
2、新颖点：转座子的功能实验验证的机制本身研究的比较少,且每一步实验验证很扎实。作者在文章在概念上的突破：lncRNA刚好是在负链上，其转录出来，cis作用于其正链上相应位置的基因，两者共同同一个片段即Lx9。而RNA转录、结合的位置可以通过相应的序列比对预测。本文另一个提到的机制为trans,结合到基因的3’utr区域，使其降解。
Bartonicek, N., Rouet, R., Warren, J. et al. The retroelement Lx9 puts a brake on the immune response to virus infection. Nature 608, 757–765 (2022). https://t.cn/A6ohIBHw
肺癌领域最大规模全球临床试验证实：阿法替尼效果显著
肺癌是我国最常见的恶性肿瘤之一，每年新增肺癌患者约60万，居癌症死亡原因首位。过去，晚期肺癌患者的治疗手段以化疗为主，但随着肺癌治疗相关研究领域的进展，已发现中国约有50%的NSCLC患者存在EGFR基因阳性突变，这部分患者选择针对EGFR的靶向药物是最理想的，其疗效优于化疗。
如今，肺癌的治疗已经进入到个体化分子靶向“精准”治疗的时代。靶向治疗通过基因或分子的选择，有针对性地杀死恶性肿瘤细胞，而几乎不影响正常细胞，具有“高效低毒”的特点。对于EGFR（表皮生长因子受体）突变的肺癌患者，靶向治疗无疑成为他们更好的治疗选择。
阿法替尼是新一代口服小分子TKI，是首个不可逆ErbB家族阻滞剂，可作用于包括EGFR在内的整个ErbB家族。与第一代可逆的EGFR TKI不同的是，阿法替尼会不可逆地与EGFR结合，从而达到关闭癌细胞信号通路、抑制肿瘤生长的目的。阿法替尼的全新作用机制将为患者延长有质量的生存时间，也给医生带来更精准有效的治疗选择。
大量有力的临床研究数据已证实了阿法替尼的疗效和安全性。阿法替尼的全球系列临床试验项目招募了3700多例患者，是迄今为止肺癌领域最大规模的全球系列临床试验项目，其中700多例患者来自中国。该项目中包括了一项专门为中国患者设计的临床研究。临床研究结果显示阿法替尼是第一个也是唯一一个与最好的化疗方案相比可延长19外显子缺失（最常见EGFR突变类型）患者生存的TKI。同时，与第一代EGFR TKI吉非替尼相比，阿法替尼降低肺癌进展风险和治疗失败风险达26%，治疗两年后阿法替尼组获得无进展患者的例数是吉非替尼组的两倍。在肿瘤进展或一线化疗后的肺鳞状细胞癌患者中开展的头对头研究表明，与第一代EGFR TKI厄洛替尼相比，阿法替尼将癌症进展风险和死亡风险均降低19%，并可显著改善疾病控制率、提高生活质量和对癌症症状的控制。
阿法替尼目前已在70多个国家被批准用于治疗EGFR突变阳性NSCLC患者，并在多个国家成为了EGFR靶向药物的首选。另外，该药物在2016年分别获得美国FDA和欧盟批准用于治疗铂类化疗时或化疗后病情恶化的晚期肺鳞状细胞癌患者。2016年4月，阿法替尼被CFDA纳入优先审批程序。2017年2月，阿法替尼在国内获批上市。
孟加拉DIL耀品国际，是唯一一家获得FDA认证的仿制药企业，可以为患者减轻用药经济负担，同时保证药效。
1、主要靶点：EGFR(wt)，Exon19缺失的EGFR，EGFR(L858R/T790M)，HER2.
2. 适应症和用途:经检测存在表皮生长因子受体(EGFR)外显子19缺失或外显子21(L858R)取代突变的转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者。
3. 剂量：每日40 mg，口服1次，直至疾病进展或发生无法耐受的毒副作用。
4. 给药方法：空腹服用，即进餐前至少1小时或餐后至少2小时服用。如漏服一次，在下次给药12小时内不要补服丢失剂量。对于有吞咽困难的患者，可用约50ml水（勿使用碳酸溶液）完全溶解药物后口服或通过鼻咽管给药。
5、不良反应：腹泻、皮疹/痤疮、体重减轻、角膜炎、指甲开裂、甲沟炎、嘴角出血、口腔炎等。药物副作用因人而异，如果出现异常反应请及时就医。
耀品国际有限公司(Drug International Ltd)简称DIL耀品国际是一家位于孟加拉国的老牌制药公司，也是孟加拉最大的药企和民族企业。该公司由MM Amjad Hussain博士于1980年创建，在孟加拉经济不发达的贫困时代，DIL自成立以来，以低调、低成本的风格为无数孟加拉国民的健康做出了巨大贡献。正是本着这种造福国家和人民的企业精神，DIL在1997年成为孟加拉国第三大原材料制造商。长期列在孟加拉国知名制药公司名单上，是世界三大制药公司诺华制药的合作伙伴之一。集团旗下拥有三家大型制药厂、一家生物制剂工厂、保健品工厂、抗癌药研制中心、Khwaja Yunus Ali医学院、茶园、成衣、陶瓷、印刷厂及软件开发公司。它在全球70余个国家运营，产品线从医疗器械到各种成品药物，目前有500多种药物。#肺癌##非小细胞癌##阿法替尼#
肺癌是我国最常见的恶性肿瘤之一，每年新增肺癌患者约60万，居癌症死亡原因首位。过去，晚期肺癌患者的治疗手段以化疗为主，但随着肺癌治疗相关研究领域的进展，已发现中国约有50%的NSCLC患者存在EGFR基因阳性突变，这部分患者选择针对EGFR的靶向药物是最理想的，其疗效优于化疗。
如今，肺癌的治疗已经进入到个体化分子靶向“精准”治疗的时代。靶向治疗通过基因或分子的选择，有针对性地杀死恶性肿瘤细胞，而几乎不影响正常细胞，具有“高效低毒”的特点。对于EGFR（表皮生长因子受体）突变的肺癌患者，靶向治疗无疑成为他们更好的治疗选择。
阿法替尼是新一代口服小分子TKI，是首个不可逆ErbB家族阻滞剂，可作用于包括EGFR在内的整个ErbB家族。与第一代可逆的EGFR TKI不同的是，阿法替尼会不可逆地与EGFR结合，从而达到关闭癌细胞信号通路、抑制肿瘤生长的目的。阿法替尼的全新作用机制将为患者延长有质量的生存时间，也给医生带来更精准有效的治疗选择。
大量有力的临床研究数据已证实了阿法替尼的疗效和安全性。阿法替尼的全球系列临床试验项目招募了3700多例患者，是迄今为止肺癌领域最大规模的全球系列临床试验项目，其中700多例患者来自中国。该项目中包括了一项专门为中国患者设计的临床研究。临床研究结果显示阿法替尼是第一个也是唯一一个与最好的化疗方案相比可延长19外显子缺失（最常见EGFR突变类型）患者生存的TKI。同时，与第一代EGFR TKI吉非替尼相比，阿法替尼降低肺癌进展风险和治疗失败风险达26%，治疗两年后阿法替尼组获得无进展患者的例数是吉非替尼组的两倍。在肿瘤进展或一线化疗后的肺鳞状细胞癌患者中开展的头对头研究表明，与第一代EGFR TKI厄洛替尼相比，阿法替尼将癌症进展风险和死亡风险均降低19%，并可显著改善疾病控制率、提高生活质量和对癌症症状的控制。
阿法替尼目前已在70多个国家被批准用于治疗EGFR突变阳性NSCLC患者，并在多个国家成为了EGFR靶向药物的首选。另外，该药物在2016年分别获得美国FDA和欧盟批准用于治疗铂类化疗时或化疗后病情恶化的晚期肺鳞状细胞癌患者。2016年4月，阿法替尼被CFDA纳入优先审批程序。2017年2月，阿法替尼在国内获批上市。
孟加拉DIL耀品国际，是唯一一家获得FDA认证的仿制药企业，可以为患者减轻用药经济负担，同时保证药效。
1、主要靶点：EGFR(wt)，Exon19缺失的EGFR，EGFR(L858R/T790M)，HER2.
2. 适应症和用途:经检测存在表皮生长因子受体(EGFR)外显子19缺失或外显子21(L858R)取代突变的转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者。
3. 剂量：每日40 mg，口服1次，直至疾病进展或发生无法耐受的毒副作用。
4. 给药方法：空腹服用，即进餐前至少1小时或餐后至少2小时服用。如漏服一次，在下次给药12小时内不要补服丢失剂量。对于有吞咽困难的患者，可用约50ml水（勿使用碳酸溶液）完全溶解药物后口服或通过鼻咽管给药。
5、不良反应：腹泻、皮疹/痤疮、体重减轻、角膜炎、指甲开裂、甲沟炎、嘴角出血、口腔炎等。药物副作用因人而异，如果出现异常反应请及时就医。
耀品国际有限公司(Drug International Ltd)简称DIL耀品国际是一家位于孟加拉国的老牌制药公司，也是孟加拉最大的药企和民族企业。该公司由MM Amjad Hussain博士于1980年创建，在孟加拉经济不发达的贫困时代，DIL自成立以来，以低调、低成本的风格为无数孟加拉国民的健康做出了巨大贡献。正是本着这种造福国家和人民的企业精神，DIL在1997年成为孟加拉国第三大原材料制造商。长期列在孟加拉国知名制药公司名单上，是世界三大制药公司诺华制药的合作伙伴之一。集团旗下拥有三家大型制药厂、一家生物制剂工厂、保健品工厂、抗癌药研制中心、Khwaja Yunus Ali医学院、茶园、成衣、陶瓷、印刷厂及软件开发公司。它在全球70余个国家运营，产品线从医疗器械到各种成品药物，目前有500多种药物。#肺癌##非小细胞癌##阿法替尼#
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