火山图怎么看（2）
3）差异基因筛选阈值设置：根据差异倍数（fold change）和显著性（P-value）设定差异基因的筛选阈值
p-value：表示某个基因在分组之间的表达是否差异显著，一般认为p-value<0.05为显著。adjusted p-value：即经过统计学方法校正后的p-value，由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等，所以在一些文章中，我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著，但直接用adjusted p-value画图的话点会集中在底部不美观，而-log 10 (adjusted p-value)转换后正好是反了过来，数值越大越显著，而且以10为底很容易换算回去，做出的图比较美观。
Fold Change：表示两个分组之间的差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。画图时，一般转换为log2FoldChange，使展示更直观。
示例：我们按示例图中将“adjusted p-value<0.05”且“log2FoldChange的绝对值大于1”设置为差异基因筛选阈值，那么：
-log 10 (adj. p-value) > 1.30且log2FoldChange > 1的基因为红色点，即UP；
-log10 (adj. p-value) >1.30且log2FoldChange < -1的基因为蓝色点，即DOWN；
-log 10 (adj. p-value) <1.30的基因为黑色点，即NOT。 #生信分析##生物信息学##r语言绘图##火山图#
3）差异基因筛选阈值设置：根据差异倍数（fold change）和显著性（P-value）设定差异基因的筛选阈值
p-value：表示某个基因在分组之间的表达是否差异显著，一般认为p-value<0.05为显著。adjusted p-value：即经过统计学方法校正后的p-value，由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等，所以在一些文章中，我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著，但直接用adjusted p-value画图的话点会集中在底部不美观，而-log 10 (adjusted p-value)转换后正好是反了过来，数值越大越显著，而且以10为底很容易换算回去，做出的图比较美观。
Fold Change：表示两个分组之间的差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。画图时，一般转换为log2FoldChange，使展示更直观。
示例：我们按示例图中将“adjusted p-value<0.05”且“log2FoldChange的绝对值大于1”设置为差异基因筛选阈值，那么：
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-log10 (adj. p-value) >1.30且log2FoldChange < -1的基因为蓝色点，即DOWN；
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“AME 作者面对面” 是微信公众号 “AME科研时间” 的特色专栏。编辑部精心挑选了发表在 AME 旗下杂志的优秀论著，诚邀作者总结亮点，分享研究成果，旨在进一步推动医学同行之间的交流和进步。
分享团队：
四川大学华西医院宋彬团队
所刊杂志：
Annals of Translational Medicine（点击查看杂志详情与影响因子）
文章标题：
基于泌尿系CT平扫图像的人工智能模型对体内一水草酸钙结石的预测价值（Value of Artificial Intelligence Model Based on Unenhanced CT of Urinary Tract for Preoperative Prediction of Calcium Oxalate Monohydrate Stones in Vivo）
内容亮点：
回顾性收集单中心543例术后经红外线光谱结石成分分析（infrared spectroscopy analysis，IRS）确定成分的病例，所有患者均在术前行泌尿系CT平扫检查。其中一水草酸钙（Calcium oxalate monohydrate, COM）结石337例，非COM结石170例。对所有CT图像进行手工分割，提取影像组学特征，采用最小绝对收缩和选择操作算法(The least absolute shrinkage and selection operation algorithm, LASSO)构建人工智能模型，进行分类训练和测试。
结果显示，人工智能模型训练集的灵敏度、特异性和准确性分别为90.5%、84.3%和88.5%，测试集的灵敏度、特异性和准确性分别为90.1%、84.3%和88.3%。训练集的曲线下面积(area under the curve, AUC)为0.935，测试集的AUC为0.933。提示基于泌尿系CT平扫图像的人工智能模型可在术前预测体内COM和非COM结石，具有较高的灵敏度、特异性和准确性。
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基于泌尿系CT平扫图像的人工智能模型对体内一水草酸钙结石的预测价值（Value of Artificial Intelligence Model Based on Unenhanced CT of Urinary Tract for Preoperative Prediction of Calcium Oxalate Monohydrate Stones in Vivo）
内容亮点：
回顾性收集单中心543例术后经红外线光谱结石成分分析（infrared spectroscopy analysis，IRS）确定成分的病例，所有患者均在术前行泌尿系CT平扫检查。其中一水草酸钙（Calcium oxalate monohydrate, COM）结石337例，非COM结石170例。对所有CT图像进行手工分割，提取影像组学特征，采用最小绝对收缩和选择操作算法(The least absolute shrinkage and selection operation algorithm, LASSO)构建人工智能模型，进行分类训练和测试。
结果显示，人工智能模型训练集的灵敏度、特异性和准确性分别为90.5%、84.3%和88.5%，测试集的灵敏度、特异性和准确性分别为90.1%、84.3%和88.3%。训练集的曲线下面积(area under the curve, AUC)为0.935，测试集的AUC为0.933。提示基于泌尿系CT平扫图像的人工智能模型可在术前预测体内COM和非COM结石，具有较高的灵敏度、特异性和准确性。
活书：祖的古，篆的柔，根的骨，活的神，童的真。
适合：极具欣赏、健身和收藏价值
定写：欢迎来字定写
Living Handwriting : Ancient Ancestors, Feminine Zhuan Characters, Root Powerstrong, Living Romantic Charm, and Innocent Children.
Suitable for：Great value for appreciation, fitness and collection.
Custom-made:Welcome to customize. https://t.cn/RJP0eus
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