南开大学孙亚民:奥密克戎疑似宿主出现,未来要防动物传人

01.30-22:32

继阿尔法、贝塔、伽玛、德尔塔之后,传播速度更快、隐匿性和传染能力更强的奥密克戎来势汹汹,横行西方国家在多国掀起了几乎垂直式的新增病例大潮,并迅速取代德尔塔,成为全球优势流行株,防疫格局随之改变。

世界卫生组织(WHO)已将奥密克戎纳入第五种“关切变异株”(VOC)。2021年11月27日,奥密克戎输入中国香港;2021年12月9日,该变异株首次登陆中国内地,并在近期引发全国多地发生聚集性感染或跨省传播病例。

但肆虐背后,奥密克戎的起源仍然是个谜。近日,中国疾病预防控制中心徐建国院士团队和南开大学公共卫生与健康研究院孙亚民教授团队在权威专业期刊《生物安全与生物安保杂志》(Journal of Biosafety and Biosecurity)上发表了一篇题为“SARS-CoV-2奥密克戎变体的起源和进化分析(Origin and evolutionary analysis of the SARS-CoV-2 Omicron variant)”的研究论文。

该团队发现,

奥密克戎不是从德尔塔进化而来,而是形成了单系群谱,与伽马变体系姐妹群,但分支更长。且种种迹象表明,奥密克戎可能在非人类的物种中悄然进化和演变。对此,研究团队通过对鼠适应性毒株和奥密克戎突变谱的对比后发现,奥密克戎病毒株或起源于老鼠,在鼠宿主中进化后重新回传给人类。

新冠流行两年,人类已疲于防疫。如若“动物传人”,无疑是雪上加霜。而这一研究结果,或将有助于预测和防止未来危险变体的上升。

对此,澎湃新闻对话孙亚民教授,试图进一步走近神秘的奥密克戎,探讨接下来的防疫之路。孙亚民表示,动物强大的繁衍能力很适应病毒的进化,通过跟人类的接触,病毒来回“溢出”,会进一步加剧新冠病毒的多样性和难以预测性。未来,我们要防止人传人、物传人,更要防动物传人。

中国疾病预防控制中心徐建国院士团队和南开大学公共卫生与健康研究院孙亚民教授团队发表一篇题为“SARS-CoV-2奥密克戎变体的起源和进化分析”的研究论文。

锁定老鼠澎湃新闻:一直以来,外界都有新冠病毒可能是“动物传人”的说法,而动物感染新冠病毒的情况也早有先例。截至2021年12月底,世界动物卫生组织记录了625起动物感染新冠病毒的疫情,如水貂、鹿等。你和团队通过什么契机,把研究对象锁定为老鼠?孙亚民:动物感染新冠病毒的情况主要从2020年的4月开始,当时,变异株在刺突蛋白受体结合域(RBD)上出现了一个关键且重要的突变,叫“N501Y”。而这个突变,赋予了此后出现的新冠病毒一种“广宿主”的适应性能力,可以感染啮齿类动物、猫科类动物,如猫、老虎、水貂等。

但是,感染一个动物、能够在动物群体内引起传播,以及能够引起传播并回传给人,是三个完全不同的概念。

前期的大量研究表明,很多动物感染后,病毒在动物体内的复制能力并不强,病毒载量也达不到能够引发群体内传播,或传播给其他动物、人类的能力,而且我们也完全可以通过现有的检测手段筛查出来。

去年11月,奥密克戎被世卫组织纳入全球需关切的第五种变异株后,我们就针对该病毒展开了深入的分析和研究,发现它和其他变异株有很多不同的地方。

比如,它有很多突变的位点数。一个正常进化的新冠病毒,突变累计的速度是一个固定值——在同一时间点分离的不同变体的突变数量一般大抵相同。

但我们计算五种VOCs的平均突变数量后发现,奥密克戎变异株的变异数量明显多余其他变体,特别是在刺突蛋白受体结合域(RBD),变体数量不仅多,而且很集中。所以我们当时就怀疑,这种冠状病毒很有可能是受到了一种比较大的“选择压力”,存在更换了宿主的可能。

当时,针对奥密克戎的起源问题,我们请教了中国疾病预防控制中心徐建国院士,也就是这篇论文的通讯作者。徐建国院士是我国“反向病原学”概念的提出者,他对于传染病的溯源和传播极为敏感。徐院士认为,奥密克戎可能来源于一种“接近人类生活”的动物,在群体内进化后再回传给人类。

在他的指点下,我们对大量文献开展调研,获取基因组序列开展比对研究,寻找证据。

在这个过程中,我们发现,奥密克戎存在不寻常的关键突变位置。随后我们开始研究这些突变比较容易在哪些动物身上发生,或比较下在什么样的情况下容易发生,慢慢就锁定到了老鼠身上。

“或在老鼠体内缓慢积累突变,反向传人”

澎湃新闻:你能否展开说下“关键突变位置”,以及这篇论文的其他研究结果?孙亚民:我们比较了13个鼠适应性菌株与奥密克戎变体的关键突变后发现,奥密克戎变体在病毒S蛋白的五个关键位点——K417、E484、Q493、Q498和N501发生突变。其中,Q493和Q498两个位点的突变与动物感染有关。而Q493K和Q498H突变的菌株,对mACE2的亲和力明显增强。

而同样在这五个位点发生突变的另一种毒株,名为“IA-501Y-MA-30毒株”,它是在”IA-501Y“毒株30次传代后,从小鼠肺部样本中所获得的。这种突变谱特征表明,病毒已经适应了感染老鼠的细胞,也就进一步论证了奥密克戎变体可能是在鼠宿主中进化而来的,或者至少来源于与鼠数量相近的啮齿类动物。

奥密克戎和鼠适应SARS-COV-2毒株之间共有的5个关键突变

此外,我们还做了VOCs和VOIs的系统发育分析,将奥密克戎放在整个进化树的框架中,进一步揭示了这种变异株的特殊性。

到现在为止,新冠病毒的数据库上有600万个基因组,记录了病毒的出现、发展和进化的过程。但我们对比后发现,系统发育树显示没有进化的中间分支,这是一个非常令人惊讶的结果。

如果奥密克戎是由德尔塔变体的一个菌株演变而来,如AY.4、AY.23或AY.46(分别是欧洲、亚洲和非洲的主要变体),那么两者会存在共同的突变特征,但奥密克戎与这些菌株没有相似之处,这说明奥密克戎不是从德尔塔进化而来,而是形成了单系群。我们发现,奥密克戎谱系是伽马变体的姐妹群,但分支更长。

按时间比例排列的系统发育树显示,在2020年上半年,奥密克戎谱系和伽马谱系发生了分化,这表明奥密克戎可能在非人类的物种中开始进化。经过一年多时间的“沉寂”后,奥密克戎在老鼠体内缓慢积累突变,然后可能通过偶然的机会,反向回传给人类。

一直以来,有一种起源假设认为,奥密克戎是在一个免疫功能缺陷的个体中进化而来,例如长期接受化疗的患者或艾滋病(HIV)病人,体内经历了慢性感染并长期进化,因此带有大量稀有的突变

这种假设有一定依据和可能性。但我们认为,如果一个病毒在一个人的体内长期进化,根据病毒的特性,会更倾向于朝着有利于复制和生存的方向进化,而不会朝着具有更强传播力的方向去演变。

那么,有人会问,为什么不是艾滋病群体间的传播呢?因为如果病人之间传播,一年多时间还没有被发现的概率很小。

所以,我们认为,奥密克戎更可能是起源于一个非人类的群体,而不是个人。

BA.2亚型毒株或取代奥密克戎成为新主流毒株

澎湃新闻:最近,奥密克戎(BA.1)已经出现了BA.2和BA.3两种亚型,被称为“三姐妹”。 BA.2因传播速度更快、传染性更强,被认为或将取代BA.1成为优势株。目前,英国、丹麦等国家的感染者有所激增。那么从结合你此前对鼠的研究来看,BA.2和BA.3这两种亚型有什么传播及变异趋势?孙亚民:病毒不断进化,奥密克戎不会成为最后一个变异株。

我们最近研究发现,奥密克戎“三姐妹”在关键部位的共同突变很多,可以推断是来源于同一个群体。而BA.2和BA.3之间,有很多相似的特异性突变。

同时,这三个变体之间存在的单核苷酸多态性(SNP)数量和差异化情况,意味着它们可能处于不同的进化时间节点,且出现的顺序也不相一致。我们分析认为,奥密克戎可能在某一个地区或区域内不同鼠群体间来回感染进化,形成了新的亚型。

根据丹麦、英国等国家的研究发现,BA.2亚型毒株的传染性比奥密克戎变异株高1.5倍,传染速度更快,可能会取代奥密克戎,成为新的主流毒株。

从突变位点来看,相比奥密克戎,BA.2亚型的S蛋白上多了几个重要的突变位点,如T376A、R574S等,与传播能力有一定关系,需要深入研究。

未来要防人传人、物传人,更要防动物传人

澎湃新闻:论文中指出,研究人员应该专注于从野生动物,特别是啮齿动物中分离出的SARS-CoV-2变异株。如果奥密克戎是在鼠宿主中进化后回传给人类的,在目前对动物的防疫手段和经验较少的情况下,你认为它在非人类宿主中传播的影响,将对该流行病的防控带来什么新的挑战?孙亚民:如果奥密克戎找到了野生宿主,尤其是啮齿类这种群体数量居大的天然宿主后,想把新冠彻底从人类生活中清除的可能性会越来越小。

动物强大的繁衍能力很适应病毒的进化,通过跟人类的接触,病毒来回“溢出”,会进一步加剧新冠病毒的多样性和难以预测性。

未来,我们要防止人传人、物传人,更要防动物传人。奥米克戎在上呼吸道的病毒载量高,对物品的污染计量比其他的变体病毒更高,所以出现了“物传人”的情况,但概率还是相对较低的,因为在非低温的环境下,病毒的存活率随着时间的推移会有所降低,很难达到可传染的病毒数量的要求。

但最近,中国香港疑似出现全球首宗宠物仓鼠将新冠病毒传染给人类的个案,很不常见。当病毒潜伏于和人亲近的宠物身上,是一件很危险的事。

奥密克戎出现后,动态清零的压力超过以往。动物传人,对下一阶段的防疫政策和手段,发起重大挑战。

对于进口物品和动物,要做好检验检疫。针对国内爆发过奥密克戎的地区,要做好疫区内的环境监测和动物检疫,特别是会与人密切相关的动物监测,加强对未知原因的非输入性病例的溯源及研究。

病人清零不容易,但要做到疫区内的“环境清零”,更难。

美国科学家对环境和动物监测的信息,值得我们借鉴和思考。我们的论文中也提到,2021年7月发表的一份针对纽约下水道样本的研究发现,Q498突变在生活于纽约下水道的大量动物宿主中已经积累了很长一段时间。研究者们对此还讨论了SARS-CoV-2在非人类动物宿主之间传播的可能性,富有启发性。

澎湃新闻:对应我国的防疫政策,你认为未来该如何处理活体动物与人的关系?孙亚民:首先要加强动物微生物研究和动物新冠病毒检测。既然奥密克戎具备了在啮齿动物繁殖的能力,发生疫情的地方,一般要高度警惕,不要让奥密克戎从患者传给当地的啮齿动物。

一旦发生“动物传人”的情况,我们的第一反应不应该是直接大规模捕杀,而是要学会更好地去处理动物,特别是宠物与人的关系。

其实动物感染分几个层次和阶段,绝大多数的动物身上都带有多种病毒,可以用技术手段检测出来,但并不一定具备将病毒传染给人的能力。

我认为,接下来可能会朝着动物宿主和动物感染的方向去研究,比如动物自身的免疫系统能否慢慢把病毒清除等问题,都值得关注。

澎湃新闻:你认为,对动物的研究分析,能为潜在的COVID-19治疗药物和疫苗研发带来什么启发?孙亚民:目前,新冠疫苗和药物正朝着广谱、预防感染、减少重症和死亡的方向去研发。针对奥密克戎的特点,未来可能会朝着保护特殊人群免于感染的方向发展,尤其是老人和免疫力低下的人群。

随着的新冠病毒感染动物的能力不断增强,研究动物用疫苗需要未雨绸缪。

事实上,在很多国家动物疫苗已经被提上日程。例如:美国的兽医制药公司Zoetis也正在研究用于水貂和宠物的新冠疫苗。因此,评估新冠病毒对于动物(特别是与人类生活息息相关的动物)易感性,在动物群体内传播程度等信息,确定高危动物群体是至关重要的。

澎湃新闻:你的团队接下来有什么新的研究方向和计划?孙亚民:新冠已经出现两年了,公共数据库累积了庞大的病毒基因组,我们最近计划对新冠病毒的变异和进化做一个总结,比如它的核酸、碱基突变类型有什么进化趋势。

同时,我们还会将研究重点放在没有发生突变的位点上。这两年,新冠病毒群体内的所有位点几乎都发生了突变,被记录在册,说明该群体内突变已经“接近饱和”。

从表象上来看,新冠病毒的感染部位,已经由下呼吸道向上呼吸道转移。而奥密克戎表现出来的所有特点,都可以归因于它在上呼吸道复制的速度更快,得以淘汰掉那些在下呼吸道感染的病毒,因而更具传播优势和选择优势。

所以,我们还会将研究重点放在没有发生突变的位点上,观察这些位点是否会影响病毒的生存和传播速度,这对研究新冠病毒的基因功能和结构有重要价值。

来源 :【澎湃新闻】

【党建引领夯实基层平安根基 青海都兰探索市域社会治理新模式】地处柴达木盆地东南隅的青海省都兰县,素有柴达木“绿洲”之称。说起都兰,就不得不提诺木洪枸杞。位于都兰县宗加镇境内诺木洪农场,是天然野生枸杞的主要分布带,也是全国连片种植面积最大、密度最高、产品质量最优的枸杞生产基地。
  经济社会健康发展离不开平安稳定社会环境。据了解,每年的枸杞采摘高峰期,近5万人涌入诺木洪地区,流动人口呈现“候鸟型”特征。“对此,我们将流动人口服务管理摆在重要位置,探索建立了治安防控立体化、服务管理精细化、基层基础稳固化的流动人口服务管理新模式,成为平安都兰建设的一张靓丽名片。”都兰县委常委、政法委书记鲍赟说。
  具体而言,包括整合做实网格,畅通土地承包户、劳务经纪人和枸杞采摘人员从生产到加工、入驻到结算、工作到生活的各个环节,引导治安巡查员、农场城管队员、枸杞检测员、综治信息员“四员”充分发挥作用;形成劳务经纪人承诺书、采摘人员合同书、土地承包户责任书“三书”以及流动人口信息采集表和劳务经纪人登记表“二表”的人员管理台账;构建起“四室”和“一站式”服务大厅,采取“大厅值守和下沉服务”模式,深入开展信息采集、事项办理、法律宣传、矛盾化解和执法监督工作,等等。
  “这一流动人口服务管理模式的创新,是全县推进市域社会治理现代化的典型。”鲍赟说,都兰始终坚持党建引领,以构筑“温暖之路”党建示范长廊为平台,努力推动城镇基层社区党建走深走实、创新发展,同时推动重心下移、力量下沉、资源下倾,全面提升立体化治安防控和公共安全风险防范化解水平。
  都兰县在察苏镇民主街、新华街、和平街和夏日哈夏兴街、宗加镇中心街、香日德南北街成立了8个“社区共驻共建党建协调委员会”,划分网格58个,整合察苏镇锦都小区内商户以及都兰县电子商务服务中心网红基地资源优势,打造了锦都商圈网红党支部,初步形成了“网格管理、条块结合、层级负责”的社区党建工作新格局。构建了“社区党组织—居民小区—单元楼—党员中心户”的管理体系,使社区党建工作横向到边、纵向到底、覆盖到面。
  同时,坚持区域联建,建立“社区党组织—兼职委员—驻区单位党组织”联动运作、互相促进的一体化党建工作机制;选取新华街和民主街社区为区域化标准活动场所试点,通过依靠区域内党组织的组织优势、职能优势和人才优势,进一步提升了基层党建工作水平;构建“单位+社区”“党员+居民”共建共创共享共管的社区党建工作体系,实现了社区党建工作向驻区单位党组织的拓展和延伸。
  都兰县还深化“社区吹哨部门报到”机制,完善驻区单位党组织和在职党员到社区“双报到”“双报告”制度,组织全县38支机关事业单位“党员志愿者服务队”统一到社区报到登记、认领岗位、接受志愿安排、开展服务活动,实现了党员“二次管理”。
  在完善社会治安防控体系建设上,针对察苏镇东山根下村基层治理存在的短板,都兰县委政法委探索创新基层治理模式,打造智能化、现代化村级综治中心。此项目共争取40余万元资金,主要用于打造治安防控室,在东山根下村主干道和主路口安装视频监控共30路,同步配套办公电脑、打印机、操控台、监控电视等设施,并将视频监控线路与公安局110指挥中心视频系统对接,真正实现24小时不间断的“全覆盖、无死角”治安联防。
  在此基础上,组建由村内党员、三委班子成员及村级民兵为主要成员的村级联防队伍开展巡逻工作。
  自此,集矛盾纠纷调处、纠纷受理、民情民意收集、信访接待、法律服务为一体的服务站基本建成,做到“小事不出村、大事不出镇、矛盾不上交、就地化解”,为探索“枫桥经验”都兰化,开创群防群治和谐稳定新局面,全县市域社会治理现代化工作提供了经验和借鉴。
  “为推进基层治理创新,我们以巴隆乡为试点,推进村民自治‘积分制’治理新样板,实现小积分撬动大治理。”鲍赟说。
  巴隆乡以“五星级文明户”示范户为样板,将爱党爱国、诚信守法、勤劳奉献、团结风尚、卫生整洁五个方面评选条件纳入积分制清单,将基层党建、乡风文明、民族团结、社会治安等纳入积分制管理办法,并将向善向美、全民认同的正能量纳入“正面”清单,将村民普遍反映、普遍存在的问题纳入“负面”清单。
  在积分管理上,以户为单位,网格长对自行申报的事项走访调查、收集佐证,进行一事一记录,村民自治工作领导小组每周召开专题会议研究申报事项进行一周一审核,村自治办汇总每月积分,通过村级公告栏、为民村级微信群进行一月一公示。
  为推动“积分制”转化为治理效能,用高积分兑换实物,实现“以积分记录美德、以积分兑换服务、用行动传递正能量”效果。例如,科尔农业村、雅日哈图村按照积分折算现金方式,村民每半年到指定的商店兑换一次生活物资;河东村按照积分兑换实物方式,每半年可用25个积分兑换一床被面。
  “下一步,我们将认真贯彻落实省州县市域社会治理现代化试点工作部署,坚持党建引领,夯实平安基础,不断推进基层社会治理模式创新。”鲍赟说。

2020年9月17日,勐海县人民法院刑事审判巡回法庭到勐海县布朗山乡,对2起犯非法占用农用地罪案件进行一审公开宣判。宣判前,勐海县人民法院的一名法官还从涉跨境、野生动物、赌博、林业犯罪五个方面,结合布朗山乡群众的真人真事,以案释法,给布朗山乡群众上了一堂生动的法制公开课。此次活动对村民起到了良好的教育警示作用。


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