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SARS-CoV-2 Omicron变体:抗体逃避和棘突蛋白-ACE2复合物的冷冻EM结构
2022年1月20日……(专业极长文略)
■图解:
◆①欧米克穗蛋白的冷电镜结构。(甲)说明穗蛋白结构域排列的示意图。Omicron变异穗蛋白中的突变被标记。(乙)Omicron蛋白的Cryo-EM图谱,分辨率为2.79。原生动物有不同颜色的紫色。(丙)Omicron穗蛋白的Cryo-EM结构,指示了在一个原生质体上模拟突变的位置。(丁)Omicron受体结合域(RBD)以两个正交方向显示,突变残基的Cα位置显示为红色球。
◆②人ACE 2野生型、Delta和Omicron穗蛋白亲缘关系的SPR分析。(甲到丙)S蛋白-ACE 2结合单周期动力学分析的典型痕迹。原始数据(RED)符合1:1结合化学计量学模型,据此导出表观离解常数。每穗蛋白分别注入6.25,31.25,62.5,125,250 NM,在连续循环中获得曲线。(RU:反应单位)。(丁)表观离解常数(K)的定量D,APP)用于野生型、Delta型和Omicron S蛋白-ACE 2相互作用.给出了从至少三个技术复制中得到的标准差。水平虚线为只携带K417N(顶)或N501Y+E484K(底部)突变的突变体绘制,以显示此检测的范围(见图)。S2用于绑定数据)。对野生型、Delta型和Omicron结合亲缘关系进行了Tukey多重比较检验(*P≤0.05,ns=无显着性)。突出显示K的折叠变化的表格D,APP对于Delta和Omicron S蛋白-ACE 2的相互作用是相对于WT的。
◆③欧米克龙棘蛋白-ACE 2复合物的冷电镜结构。(甲与人ACE 2复合物中Omicron蛋白的Cryo-EM图谱,经整体细化后,分辨率为2.45。这三个原生动物在不同颜色的紫色和密度的结合ACE 2是蓝色。(乙与ACE 2配合物的Omicron峰RBD的Cryo-EM图谱在聚焦细化后的分辨率为2.66。Inset框表示(C)中突出显示的区域。(丙)Omicron尖峰RBD-ACE 2界面的Cryo-EM密度网格,具有拟合的原子模型。黄色和红色虚线分别代表新的氢键和离子相互作用。(丁到F)Omicron(上)和Delta(下)变体之间RBD-ACE 2接口的比较。与Delta变异体相比,Q493R、G496S和Q498R(D)突变以及Omicron变异中存在的N501Y和Y505H突变(E)引起的局部结构变化形成了新的相互作用。DeltaRBDK 417和ACE2D30之间的盐桥存在于Delta变异穗蛋白中,但在Omicron变体中丢失。黄色和红色虚线分别代表氢键和离子相互作用。
◆④单克隆抗体和免疫及恢复期患者血清显示降低了欧米克能中和能力。(甲)所指示的抗野生型和假病毒单克隆抗体达到最大中和效果(n=3次技术复制)。误差条表示平均值的标准差。(乙)本研究检测的单克隆抗体的抗体结合脚印。每个抗体足迹中的Omicron蛋白突变都有标记。(丙)野生型(WT)或Omicron变异型伪病毒(TOP)或Delta和Omicron变异型伪病毒(底部)的疫苗接种和恢复期患者血清的EC 50稀释倍数。(丁)如(C),将康复患者分解为以前感染的Delta、Alpha和Gamma所关注的变异体。用Wilcoxon配对检验(*P≤0.0 5,**P≤0.0 1,**P≤0.001,*P≤0.0001)进行配对统计显着性检验。两组之间几何平均值的折迭变化以红色文本显示在每个情节的顶部。

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