[飞机] 2022年秋季入学即将出愿！大阪大学HUS学部英文项目
大阪大学HUS项目全称“Human Sciences International Undergraduate Degree Program”，隶属于人文科学学部，该学部共有3个研究方向，分别为：政治与全球研究，多样性与融合研究，日本研究
该学科开设跨学科课程，旨在增进对人类的了解，建立一个更人道和公正的社会，所研究的领域包括社会学，哲学，人类学，心理学，行为科学等等
[微风] HUS项目2022年秋季入学申请时间线：
申请时间：2021年12月1日~2022年1月7日
面试通知（邮件通知）：2022年2月18日前
面试期间：2022年2月中旬-2022年3月中旬
最终结果通知：2022年3月末
[微风] 语言要求：TOEFL IBT 85+（听力21+、阅读22+、口语20+、写作21+）IELTS 6.5+
[微风] 标化成绩：SAT、ACT、IB、A LEVEL、AP均可
#日本留学# #日本读研# #留学申请季#
大阪大学HUS项目全称“Human Sciences International Undergraduate Degree Program”，隶属于人文科学学部，该学部共有3个研究方向，分别为：政治与全球研究，多样性与融合研究，日本研究
该学科开设跨学科课程，旨在增进对人类的了解，建立一个更人道和公正的社会，所研究的领域包括社会学，哲学，人类学，心理学，行为科学等等
[微风] HUS项目2022年秋季入学申请时间线：
申请时间：2021年12月1日~2022年1月7日
面试通知（邮件通知）：2022年2月18日前
面试期间：2022年2月中旬-2022年3月中旬
最终结果通知：2022年3月末
[微风] 语言要求：TOEFL IBT 85+（听力21+、阅读22+、口语20+、写作21+）IELTS 6.5+
[微风] 标化成绩：SAT、ACT、IB、A LEVEL、AP均可
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【提速100倍！新技术只要几分钟就能组装完整基因组】美国麻省理工学院和法国巴斯德研究所的科学家已经开发出一种在个人电脑上重建整个基因组（包括人类基因组）的技术。这种技术比目前最先进的方法快100倍，并仅使用1/5的资源。
9月14日，相关研究https://t.cn/A6MhGJN3发表于细胞出版社（Cell Press）旗下期刊Cell Systems。该技术使基因组数据的表达更紧凑，其灵感来源于为语言模型提供浓缩构建模块的是单词而非字母。
“我们可以在一台普通的笔记本电脑上迅速组装整个基因组和宏基因组，包括微生物基因组。”麻省理工学院计算机科学与人工智能实验室教授、论文作者Bonnie Berger说，“这种能力对于评估与疾病和细菌感染（如败血症）有关的肠道微生物群的变化至关重要，这样我们就可以更快地治疗疾病，拯救生命。”
自人类基因组计划以来，基因组组装领域已经取得了长足进展。经过了10多年的国际合作，2003年，人类基因组计划完成了第一个完整的人类基因组组装，耗资约27亿美元。
图：这张图片显示了661405个细菌基因组的部分图。来源：美国麻省理工学院等
虽然，目前人类基因组组装项目不再需要几年，但仍然需要几天时间和巨大的计算机能力。研究人员表示，第三代测序技术提供了数以万计碱基对的兆兆字节高质量基因组序列，但使用如此庞大的数据进行基因组组装具有挑战性。
目前的技术涉及对所有可能的读取结果进行配对比较，为了比目前技术更有效地实现基因组组装，Bruijn和同事将目光投向了语言模型。从de Bruijn图（一种用于基因组组装的简单、高效的数据结构）概念出发，研究人员开发了一种最小空间化的de Bruin图（mdBG），它使用了核苷酸短序列而不是单个核苷酸。
Bruijn说：“我们的mdBG只存储了总核苷酸的一小部分，同时保留了整个基因组结构，这使它们比经典de Bruijn图的效率高出几个数量级。”
研究人员用该方法收集了黑腹果蝇的高保真数据（几乎具有完美的单分子读取精度），以及太平洋生物科学公司提供的人类基因组数据。他们在评估所得基因组时发现，与其他基因组汇编器相比，基于mdBG的软件所需时间仅为1/33、随机存取内存为1/8。新软件组装高保真人类基因组数据，比Peregrine汇编器快81倍，内存使用量为1/18，比hifiasm汇编器快338倍，内存使用量为1/19。
接下来，研究人员建立了一个包含661406个细菌基因组的索引，这是迄今为止同类索引中规模最大的。他们发现，这种新技术可以在13分钟内搜索到所有的耐药基因，而使用标准序列比对需要7个小时。
Berger说：“我们知道该技术是有效的，但不知道在进一步优化代码后，它能在真实数据上扩展得如此好。”
巴斯德研究所研究员、该研究参与者之一的Rayan Chikhi说：“新技术不需要一些通常昂贵的预处理步骤，比如大多数基因组组装方法需要的错误校正。”
“我们还可以处理高达4%错误率的测序数据。”Berger补充说，“随着错误率不同的长读测序仪价格迅速下降，这种能力为测序数据分析大众化打开了大门。”
Berger指出，虽然该方法目前在处理太平洋生物科学公司高保真读数时表现最好（错误率远低于1%），但它可能很快就能与牛津纳米孔的超长读取兼容，目前牛津纳米孔的错误率为5%~12%，但很快能到达4%。
Berger说：“我们希望帮助科学家们建立快速的基因组检测站点，超越可能会忽略基因组之间重要差异的PCR和标记阵列。”https://t.cn/A6MhGJNu
9月14日，相关研究https://t.cn/A6MhGJN3发表于细胞出版社（Cell Press）旗下期刊Cell Systems。该技术使基因组数据的表达更紧凑，其灵感来源于为语言模型提供浓缩构建模块的是单词而非字母。
“我们可以在一台普通的笔记本电脑上迅速组装整个基因组和宏基因组，包括微生物基因组。”麻省理工学院计算机科学与人工智能实验室教授、论文作者Bonnie Berger说，“这种能力对于评估与疾病和细菌感染（如败血症）有关的肠道微生物群的变化至关重要，这样我们就可以更快地治疗疾病，拯救生命。”
自人类基因组计划以来，基因组组装领域已经取得了长足进展。经过了10多年的国际合作，2003年，人类基因组计划完成了第一个完整的人类基因组组装，耗资约27亿美元。
图：这张图片显示了661405个细菌基因组的部分图。来源：美国麻省理工学院等
虽然，目前人类基因组组装项目不再需要几年，但仍然需要几天时间和巨大的计算机能力。研究人员表示，第三代测序技术提供了数以万计碱基对的兆兆字节高质量基因组序列，但使用如此庞大的数据进行基因组组装具有挑战性。
目前的技术涉及对所有可能的读取结果进行配对比较，为了比目前技术更有效地实现基因组组装，Bruijn和同事将目光投向了语言模型。从de Bruijn图（一种用于基因组组装的简单、高效的数据结构）概念出发，研究人员开发了一种最小空间化的de Bruin图（mdBG），它使用了核苷酸短序列而不是单个核苷酸。
Bruijn说：“我们的mdBG只存储了总核苷酸的一小部分，同时保留了整个基因组结构，这使它们比经典de Bruijn图的效率高出几个数量级。”
研究人员用该方法收集了黑腹果蝇的高保真数据（几乎具有完美的单分子读取精度），以及太平洋生物科学公司提供的人类基因组数据。他们在评估所得基因组时发现，与其他基因组汇编器相比，基于mdBG的软件所需时间仅为1/33、随机存取内存为1/8。新软件组装高保真人类基因组数据，比Peregrine汇编器快81倍，内存使用量为1/18，比hifiasm汇编器快338倍，内存使用量为1/19。
接下来，研究人员建立了一个包含661406个细菌基因组的索引，这是迄今为止同类索引中规模最大的。他们发现，这种新技术可以在13分钟内搜索到所有的耐药基因，而使用标准序列比对需要7个小时。
Berger说：“我们知道该技术是有效的，但不知道在进一步优化代码后，它能在真实数据上扩展得如此好。”
巴斯德研究所研究员、该研究参与者之一的Rayan Chikhi说：“新技术不需要一些通常昂贵的预处理步骤，比如大多数基因组组装方法需要的错误校正。”
“我们还可以处理高达4%错误率的测序数据。”Berger补充说，“随着错误率不同的长读测序仪价格迅速下降，这种能力为测序数据分析大众化打开了大门。”
Berger指出，虽然该方法目前在处理太平洋生物科学公司高保真读数时表现最好（错误率远低于1%），但它可能很快就能与牛津纳米孔的超长读取兼容，目前牛津纳米孔的错误率为5%~12%，但很快能到达4%。
Berger说：“我们希望帮助科学家们建立快速的基因组检测站点，超越可能会忽略基因组之间重要差异的PCR和标记阵列。”https://t.cn/A6MhGJNu
#馆长荐书# 明日9:00可约书《能量与文明》
这本书回答了一个非常重要的问题——如何客观地衡量一个地区、一个时代的文明水平。全书通过俯视人类的文明史，给出了一个令人信服的答案，那就是使用能量这个标尺。这是一本基于扎实研究的心血之作。只知道什么时代的人用什么方式取得能量是远远不够的，高级知识都在细节之中：这种方式和那种方式相比，消耗多少、取得多少、浪费多少，由此产生的社会组织方式的差异是什么？当时的人被能量限制而未必能意识到能量这条线索，我们却可以掌握这个思考维度。李俊峰、吴军、万维钢、《科学》、《纽约书评》等推荐阅读。
推荐星级：[星星][星星][星星][星星]
这本书回答了一个非常重要的问题——如何客观地衡量一个地区、一个时代的文明水平。全书通过俯视人类的文明史，给出了一个令人信服的答案，那就是使用能量这个标尺。这是一本基于扎实研究的心血之作。只知道什么时代的人用什么方式取得能量是远远不够的，高级知识都在细节之中：这种方式和那种方式相比，消耗多少、取得多少、浪费多少，由此产生的社会组织方式的差异是什么？当时的人被能量限制而未必能意识到能量这条线索，我们却可以掌握这个思考维度。李俊峰、吴军、万维钢、《科学》、《纽约书评》等推荐阅读。
推荐星级：[星星][星星][星星][星星]
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