【德美学者报道果树谱系分析新方法】Horticulture Research 《园艺研究》一项研究发现，作物的“血统”，即谱系信息，在育种、遗传研究、种质库种质管理以及解决有关栽培品种历史的问题中具有重要意义。现实中，许多作物个体的谱系信息是未知的，而且难厘清。例如，基因库收集的许多优异个体和大多数多样性种质都具有未知的谱系。此外，记录的系谱信息有时是不正确的，如苹果（Malus domestica）的谱系信息就很难不准确。https://t.cn/A6IdB0FZ
虽然识别和确认直接亲代 - 后代关系的方法是常规方法，但由于无性繁殖和广泛近亲繁殖等多种情况，不少类型的手段方法尚未在植物中有效和广泛实施。目前，有许多关于使用基因型数据验证或重建谱系的报告。由于其多等位基因性质，微卫星标记历来是此类谱系重建研究中最常用的遗传标记类型。单核苷酸多态性 (SNP) 因其高通量、准确性和相对较低的成本，加上其丰度、跨基因组的普遍分布和低等位基因突变率而被越来越多地使用。进入基因组学时代，目前容易获得密集的全基因组基因型数据，为识别和区分各种类型的关系提供了很好的机会。
近期，来自德国奥登堡大学（Carl von Ossietzky University）的尼古拉斯霍华德等人，在《Horticulture Research》杂志发表了鉴定作物谱系的新方法。该研究的目的是通过“状态单倍型相同的总长度”（在该研究中称为“共享单倍型的潜在长度总和”，SPLoSH）来开发复杂谱系重建的方法。该研究开发了一个自定义 Python 脚本 HapShared，用于在苹果和甜樱桃中生成 SPLoSH 数据。 HapShared 用于这些作物中的已知关系建立 SPLoSH 数据的经验分布。然后使用这些分布来估计以前未知的关系。每种作物的案例研究展示了使用 SPLoSH 数据的各种谱系重建场景。
在对于甜樱桃的谱系研究中，推定了‘皇帝弗朗西斯’的全同胞关系，以及‘施密特’，‘范’和‘温莎’的半同胞关系，以及‘斯特拉’的祖父母关系。
对于苹果的谱系研究，发现有 29 个品种共享一个未知亲本，重新构建了“Cox's Pomona”未知亲本的谱系，并推断“Fameuse”可能是“McIntosh”的祖父母。该方法使这项实证研究成为可能的关键遗传资源是大型全基因组 SNP 阵列数据集、综合遗传图和先前确定的谱系关系。
基于上述实证研究，具有类似资源的作物也有望受益于使用 HapShared 进行谱系重建。因此本研究开发的创新性方法对于作物谱系研究具有重要的基础价值和应用价值。#每日论文#
图片：使用基因分型数据的成对个体的共享单倍型的潜在长度总和的密度图。
虽然识别和确认直接亲代 - 后代关系的方法是常规方法，但由于无性繁殖和广泛近亲繁殖等多种情况，不少类型的手段方法尚未在植物中有效和广泛实施。目前，有许多关于使用基因型数据验证或重建谱系的报告。由于其多等位基因性质，微卫星标记历来是此类谱系重建研究中最常用的遗传标记类型。单核苷酸多态性 (SNP) 因其高通量、准确性和相对较低的成本，加上其丰度、跨基因组的普遍分布和低等位基因突变率而被越来越多地使用。进入基因组学时代，目前容易获得密集的全基因组基因型数据，为识别和区分各种类型的关系提供了很好的机会。
近期，来自德国奥登堡大学（Carl von Ossietzky University）的尼古拉斯霍华德等人，在《Horticulture Research》杂志发表了鉴定作物谱系的新方法。该研究的目的是通过“状态单倍型相同的总长度”（在该研究中称为“共享单倍型的潜在长度总和”，SPLoSH）来开发复杂谱系重建的方法。该研究开发了一个自定义 Python 脚本 HapShared，用于在苹果和甜樱桃中生成 SPLoSH 数据。 HapShared 用于这些作物中的已知关系建立 SPLoSH 数据的经验分布。然后使用这些分布来估计以前未知的关系。每种作物的案例研究展示了使用 SPLoSH 数据的各种谱系重建场景。
在对于甜樱桃的谱系研究中，推定了‘皇帝弗朗西斯’的全同胞关系，以及‘施密特’，‘范’和‘温莎’的半同胞关系，以及‘斯特拉’的祖父母关系。
对于苹果的谱系研究，发现有 29 个品种共享一个未知亲本，重新构建了“Cox's Pomona”未知亲本的谱系，并推断“Fameuse”可能是“McIntosh”的祖父母。该方法使这项实证研究成为可能的关键遗传资源是大型全基因组 SNP 阵列数据集、综合遗传图和先前确定的谱系关系。
基于上述实证研究，具有类似资源的作物也有望受益于使用 HapShared 进行谱系重建。因此本研究开发的创新性方法对于作物谱系研究具有重要的基础价值和应用价值。#每日论文#
图片：使用基因分型数据的成对个体的共享单倍型的潜在长度总和的密度图。
【唐代金框宝钿头饰】
一组唐代头饰残件，由两件半月形金框宝钿松梳背与金框宝钿宝相花组成。俱焊金框作图中镶松石与琉璃，底缀金粟，工艺近似李倕墓等盛唐品。
来源：卡尔坎普旧藏
Dr. Johan Carl Kempe (1884-1967) Collection, Sweden, before 1953, nos. 37 and no. 38.
Sotheby's London, Masterpieces of Chinese Precious Metalwork. Early Gold and Silver, 14 May 2008, lot 85.
著录：Bo Gyllensvärd, Chinese Gold and Silver in the Carl Kempe Collection, Stockholm, 1953, cat. nos. 37 and 38.
Bo Gyllensvärd, 'T'ang Gold and Silver', Bulletin of the Museum of Far Eastern Antiquities, No. 29, Stockholm, 1957, pl. 7e, figs.12c and 80v.
Chinese Gold and Silver in the Carl Kempe Collection, The Museum of Art and Far Eastern Antiquities in Ulricehamn, Ulricehamn, 1999, pls. 35 and 36.
2008年伦敦苏富比专场2500英镑成交；
2019年纽约佳士得专场20000美元成交。
一组唐代头饰残件，由两件半月形金框宝钿松梳背与金框宝钿宝相花组成。俱焊金框作图中镶松石与琉璃，底缀金粟，工艺近似李倕墓等盛唐品。
来源：卡尔坎普旧藏
Dr. Johan Carl Kempe (1884-1967) Collection, Sweden, before 1953, nos. 37 and no. 38.
Sotheby's London, Masterpieces of Chinese Precious Metalwork. Early Gold and Silver, 14 May 2008, lot 85.
著录：Bo Gyllensvärd, Chinese Gold and Silver in the Carl Kempe Collection, Stockholm, 1953, cat. nos. 37 and 38.
Bo Gyllensvärd, 'T'ang Gold and Silver', Bulletin of the Museum of Far Eastern Antiquities, No. 29, Stockholm, 1957, pl. 7e, figs.12c and 80v.
Chinese Gold and Silver in the Carl Kempe Collection, The Museum of Art and Far Eastern Antiquities in Ulricehamn, Ulricehamn, 1999, pls. 35 and 36.
2008年伦敦苏富比专场2500英镑成交；
2019年纽约佳士得专场20000美元成交。
#想你[超话]##每天对他说# 分享歌词：
(I know) somewhere,somebody's looking longing,
（我知道)有个地方，有个人期待着，
Somewhere,somebody's waiting for me,
有个地方，有个人等着我，
Somewhere,somebody's searching praying,
有个地方，有个人寻找着祈祷着，
Tell me where in the world,
告诉我他在世界的哪个角落，
You know the streetlights shine,
你明白路灯的光亮闪耀在，
In passing faces,
每一个行人的脸上，
I'm just trying to catch somebody's eye,
我努力这寻找那人的双眼。
#今日推歌#
-来自Jennifer Warnes/Max Carl的单曲《Somewhere, Somebody》https://t.cn/A6Id9EcG (@网易云音乐)
(I know) somewhere,somebody's looking longing,
（我知道)有个地方，有个人期待着，
Somewhere,somebody's waiting for me,
有个地方，有个人等着我，
Somewhere,somebody's searching praying,
有个地方，有个人寻找着祈祷着，
Tell me where in the world,
告诉我他在世界的哪个角落，
You know the streetlights shine,
你明白路灯的光亮闪耀在，
In passing faces,
每一个行人的脸上，
I'm just trying to catch somebody's eye,
我努力这寻找那人的双眼。
#今日推歌#
-来自Jennifer Warnes/Max Carl的单曲《Somewhere, Somebody》https://t.cn/A6Id9EcG (@网易云音乐)
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