#研究进展# 不同参考基因组对RAD-seq分析中SNP Calling的影响
https://t.cn/A6HLSefj
中国科学院西双版纳热带植物园（以下简称“版纳植物园”）植物系统发育与多样性保护研究组选取黄杞（Engelhardia roxburghiana）为研究物种，利用生物信息学软件STACKS，探索使用不同参考基因组对SNP Calling的影响。该研究围绕两种不同参考基因组：使用近缘种（即枫杨：Pterocarya stenoptera）作为参考基因组，以及利用物种本种（即黄杞）作为参考基因组。
研究发现在使用物种本种作为参考基因组与使用近缘种作为参考基因组之间获得的SNP数量存在显著差异，即本种作为参考基因组产生的SNP数量明显多于使用近缘种作为参考基因组的情形。这一结果表明，选择物种本种的参考基因组为SNP Calling的最优方案；若物种本种参考基因组不可用，则可考虑使用近缘种的参考基因组，同时建议避免选用亲缘关系较远的物种。此项研究强调了参考基因组选择对SNP Calling的影响，丰富了我们对RAD-seq数据分析的理解。
相关结果以Different reference genomes determine different results: Comparing SNP calling in RAD-seq of Engelhardia roxburghiana using different reference genomes为题，发表于Plant Science期刊。
图1 研究分析方法流程
图2 过滤步骤后保留SNP数量的结果，以及保留SNP的位点缺失率和个体缺失率。(A）不同参考基因组通过过滤步骤从初始到最终的SNP数量的lg转换值。 (B)使用不同参考基因组，获取的最终SNP的位点缺失率和个体缺失率（P：枫杨作为参考基因组；E：黄杞作为参考基因组）
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#西双版纳新生儿亲子鉴定多少费用多少##西双版纳哪个医院有新生儿亲子鉴定#1、西双版纳中量鉴证生物可以做西双版纳亲子鉴定咨询，机构地址：云南省西双版纳附近
服务范围：包括云南全省，西双版纳全市。
咨询范围：个人隐私亲子鉴定、无创胎儿亲子鉴定、孕期怀孕亲子鉴定、孕妇产前亲子鉴定、无创DNA亲子鉴定；上户口入户迁户口亲子鉴定、高考亲子鉴定、移民留学亲子鉴定、司法落户口亲子鉴定等咨询服务；
2、西双版纳哪里可以做亲子鉴定？
①司法亲子鉴定中心机构可以做亲子鉴定，司法亲子鉴定必须在有司法鉴定许可证的机构做。
②社会生物公司、基因公司可以做亲子鉴定，这些机构可以做隐私亲子鉴定、无创亲子鉴定。但并不能做司法亲子鉴定。
③医院可以做亲子鉴定采样，许多亲子鉴定机构会在医院内开设亲子鉴定采样点，方面广大民众进行采样。
3、西双版纳DNA亲子鉴定费用多少钱一次
西双版纳亲子鉴定的费用约为2000-5000元。个人隐私亲子鉴定费用2000-2200元左右；司法亲子鉴定费用：2400元左右；孕期胎儿无创亲子鉴定费用4000-5000元左右。
说明：上面费用仅供参考，西双版纳亲子鉴定实际收费价格与鉴定类型、人数、鉴定周期、样本鉴定难度等因素有关。
4、亲子鉴定知识科普
①个人亲子鉴定也叫匿名亲子鉴定、隐私亲子鉴定，是没有法律效力的dna亲子鉴定。只需要提供所有被鉴定人的样本就可以准确完成DNA鉴定。DNA亲子鉴定中心的个人亲子鉴定可以自己私下偷偷在家采集好样本，然后匿名邮寄到本中心实验室完成DNA鉴定，一般5-7个工作日出结果发报告，加急最快可3小时出结果。
②个人亲子鉴定特点是准确率与司法亲子鉴定的完全一致。虽然个人亲子鉴定的委托流程相对简单，但是个人亲子鉴定使用的仪器、试剂盒以及检测的方法和司法亲子鉴定的完全一致。机构会对委托人提供的样本和出具的结论负责。
③办理亲子鉴定可以提前一天先打电话给亲子鉴定中心，向机构工作人员表明自己是做隐私亲子鉴定，向机构申请前往医院采样中心进行亲子鉴定样本采集，采样后样本可邮寄到亲子鉴定中心，等候鉴定结果，一般五个工作日出鉴定结果。
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西双版纳亲子鉴定的费用约为2000-5000元。个人隐私亲子鉴定费用2000-2200元左右；司法亲子鉴定费用：2400元左右；孕期胎儿无创亲子鉴定费用4000-5000元左右。
说明：上面费用仅供参考，西双版纳亲子鉴定实际收费价格与鉴定类型、人数、鉴定周期、样本鉴定难度等因素有关。
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②个人亲子鉴定特点是准确率与司法亲子鉴定的完全一致。虽然个人亲子鉴定的委托流程相对简单，但是个人亲子鉴定使用的仪器、试剂盒以及检测的方法和司法亲子鉴定的完全一致。机构会对委托人提供的样本和出具的结论负责。
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