研究发现，肥胖、糖尿病等脂质代谢紊乱相关疾病是慢性低度炎症反应，这种炎症状态能够诱导并促进疾病的发生和发展。食用纤维的摄入与健康和患病成人的全身炎症降低有关，在哮喘患者的食物中补充可溶性纤维可降低全身炎症并改善肺的功能。研究发现，使用单剂量的可溶性纤维( 3.5g菊粉) ，可使哮喘成人的气道炎症明显减少且改善肺功能和气道高反应性。MCLOUGHLIN 等 研究了补充可溶性纤维( 含和不含益生菌) 对哮喘成人血浆短链脂肪酸、气道炎症、哮喘控制和肠道微生物的影响。结果表明， 补充菊粉后气道炎症、哮喘控制和肠道微生物组合物得到有效的改善。CAI 等采用复合多糖进行了通过调节肠道微生物组成和功能进而改善实验性结肠炎的研究，结果表明， 复合多糖可减轻 2，4，6-硝基苯磺酸诱导的大鼠实验性结肠炎模型的炎症反应，改善实验性结肠炎。有学者对结肠炎动物的组织学和生化参数进行了分析，结果表明，益生菌具有抗炎作用。益生菌补充剂可增加双歧杆菌或乳酸菌的数量，并 在 某 些 研 究 中 增 加 肠 道 中 丁 酸 的 浓度。XUE 等利用菊粉和二甲双胍对小鼠多囊卵巢综合征的治疗进行了实验研究， 结果表明菊粉和二甲双胍通过抗炎和调节肠道微生物来减轻多囊卵巢综合征，这可能有助于该疾病的潜在临床治疗。ALCHEVA 等研究了利用菊粉型果聚糖改善与微生物群相关的活性溃烂性结肠炎，在溃疡性结肠炎中，15g/d 剂量的菊粉型果糖能使肠道微生物的功能发生转变，但不能改变肠道微生物的成分，揭示了肠道微生物菌群结构的改变与组分改变相比对溃疡性结肠炎的益处更佳。菊粉通过调节植物的营养功能，对炎症性肠病的预防有积极的作用。菊粉通过诱导结肠产生短链脂肪酸促进本地乳杆菌和(或) 双歧杆菌的生长，这些特性与降低黏膜损伤和减轻黏膜炎症有关 。GUO 等的研究表明，菊粉可减轻炎症状态，结合多酚芦丁和多糖菊粉作为一种饮食策略，以改善肠道失调，改善炎症状态，从而减少由于高脂饮食引起的肥胖相关的医学疾病。LI 等的研究表明，饮食中的菊粉通过抑制炎症和调节肠道微生物来减轻 2 型糖尿病不同阶段的症状。因此在有条件的情况下，可以通过在每日饮食中增加适量益生菌来调节身体炎症，降低抗菌药的滥用，尤其是随着年龄的增长，肠道中的有益菌随之减少，今后是否可以对高龄老人预防性使用益生菌以抑制相关身体炎症的发生发展还有待进一步讨论。

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最近在《nature》杂志上发表了国外学者R. Mulchandani 等人的一项最新研究，提醒人们需关注动物养殖业中的抗生素使用问题。作者比较了多个国家的抗生素使用量，结果表明亚洲的抗生素使用量最高，尤其是中国！预计在 2020 年至 2030 年间抗生素使用量还将增长 8%！
这一数据在官方报告中长期以来存在严重低估。流行病学家Thomas Van Boeckel经过对229个国家抗生素使用的计算结果表明，非洲使用的抗生素可能是世界动物卫生组织报告的两倍，亚洲使用的抗生素比报告的高出50%。到 2030 年，全世界每年将在家畜中使用约 107,500 吨抗生素，而 2020 年这一数字略低于 100,000 吨。这一趋势预计将持续到 2030 年。
抗生素通常用于在拥挤、不卫生的环境中加速动物生长和预防动物疾病。抗生素的使用目的分类，一类是预防性用药，主要是添加到饲料或饮水中；一类是治疗性用，可以注射，也可以添加在饲料和饮水中。
对于养殖户来说因为一旦疫病爆发，就可能血本无归。所以常规使用抗生素来防止疾病出现。像青霉素、阿莫西林、庆大霉素、四环素、卡那霉素等这些抗生素，是每个养殖场的必备良药。
母猪生产的时候，免疫力相对低下，体力也消耗大，所以在必须注射葡萄糖、生理盐水这些，这些溶液里除了溶解一些补充营养的药品以外，抗生素这是必备的，一些体力比较弱的母猪，会连续吊瓶一个星期以上，毕竟一头种猪的代价还是挺高的。
从出生到出栏屠宰，为了减少疾病的发生，抗生素和一些其他类添加剂也是广泛使用的，甚至是一些违禁药品。
养殖动物普遍抗病能力弱，不得不用。
养殖场动物过于拥挤的环境会导致动物的心理问题。这样的鸡容易染上大肠杆菌和沙门氏菌。这也是环境如何改变禽类微生物的另一个例子。
在农业中过度使用抗生素被认为是导致人类无法用抗生素治疗的细菌感染增加的主要原因，会筛选出大量的“超级细菌”，发展中国家正面临抗生素耐药“警报级别”。丹麦的一项研究就发现市场上销售的猪肉约40％含有耐药性MRSA细菌。
畜禽摄入的抗生素可通过直接或间接方式传递给人类，人长期摄入各种抗生素残留超标的动物产品相当于长期低剂量服用抗生素，产生致畸、致癌、致突变作用。