在1916年年底蔡元培被任命为校长时，北京大学以它守旧的传统而闻名。学生们把这所大学作为在政府中飞黄腾达的垫脚石，而不把它当作求学研究的地方。教授们也大多来自官场，品评教授不完全依据他们的教学和学问，而更多依据他们的官阶。教授们被称为“中堂”或“大人”；学生们则被称为“老爷”。在道德方面，教授和学生们多声名狼藉，他们时常流连于赌场或妓院。当时北京大学以“探艳团”“赌窟”和“浮艳剧评花丛趣事之策源地”等恶名雅号而闻名。
从蔡元培接任校长开始，北京大学发生了极大的变化。1917年，蔡元培在就任演说中指出，学生进入大学的目的应是求学，不应当是升官发财。此后不久，他又提出了办学三方针：第一，大学是学术研究的机构。“研究”不仅包括介绍西方文明“输入欧化”，更要创造一种新文明；不仅只是“保存国粹”，更要“以科学方法，揭国粹之真相”。第二，学生不应当“专己守残”，把大学当作是旧式科举制度的替代品，而“应于专精之余，旁涉种种有关系之学理”。第三，大学里应保有思想学术自由。各种分歧的理论——只要是它们都有严格的学术立场——在大学里都应该得到兼容并收和自由发表。不管是哲学里的唯心论或唯物论，文学美术里的理想派或写实派，经济学里的干涉论或放任论，伦理学里的动机论或功利论，以及宇宙论里的乐天观或厌世观，都可以“樊然并峙于其中”。他还强调：“此思想自由之通则，而大学之所以为大也。”
根据这些自由而进步的原则，蔡元培推行了很多实际的改革。许多观点分歧的教授都同时受聘任教于北京大学。教授团里成立了各种研究与辅导学生的社团。大致说来，大学是由教授们管理的，而不是行政人员或官员；学生也允许以个人身份参加政治活动。蔡元培的意见是，一个在校学生最重大的责任是读书。他认为，政治集团和学校之间不应该存在联系。然而，20岁或20岁以上对政治有兴趣的学生，可以以个人身份加入任何政治集团。学校可以对他们加以劝告，但不可干涉他们的自由选择。这个观点与当时北京政府的政策恰好相反。政府时常禁止学生参加政党，他们的理由是，学生“唯一”的本务就是读书。蔡元培又鼓励学生自治，于是各类学生组织纷纷成立，包括读书、演说、讨论、出版、娱乐、社会服务、体育等社团，以及其他活动，例如一间学生银行、一家消费合作社、一座博物馆等。一种类似于曾在法国试行的“工读”制度也在北大建立了起来。平等的精神输入了这所大学。以前存在于学生和教授之间的界限，或学生与工人之间的界限，在一定程度上被消除了。 学生的道德水准也大大地提高了。1919年，进德会成立了，它仿照1912年由吴稚晖、李石曾和汪精卫在上海成立的组织，会中的所有成员都接受不嫖、不赌、不娶妾等戒条。该协会的乙种会员除了遵守上列的戒条外，还进一步承诺不做官吏，不做议员。他们通过了惩罚的规则，并由会员选出监察人员，当时的会员规模在1000人左右。27不做官、不做议员这两项约法，充分反映出无政府主义和虚无主义的影响，同时也反映出新式知识分子对旧官僚的轻视。在新式知识分子的眼中，旧官僚和军阀是所有罪恶的源泉。

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