支原体：认识细胞功能的重要工具
支原体属于微生物的一种。微生物是指难以用肉眼直接看到的微小生物的总称，它包括真细菌、古细菌、真菌、放线菌、原生动物、藻类等有细胞结构的微生物，以及病毒、支原体、衣原体等无完整细胞结构的生物。
支原体是一类无细胞壁结构、介于独立生活和细胞内寄生生活之间的最小的原核生物；其结构近似典型细菌，属细菌域。
由于支原体没有细胞壁，许多常见的抗生素，如青霉素等通过攻击细胞壁发挥作用的抗生素对它都是无效的。常见的能引发人类疾病的支原体主要是肺炎支原体和可以引起骨盆腔发炎的生殖道支原体。
基因构造简单的支原体，尤其是肺炎支原体及其近亲生殖道支原体，已成为研究人工生命的模式生物。如辛西亚人工生命 图一，就是通过削减支原体的基因数量，探索最少需要多少基因，才可以让细胞生存，同时也让我们知道各基因的功能。
在2016年发表在《科学》上的论文中，构造辛西娅的科学家们承认还有149个生物功能未知的基因，这意味着我们对细胞最基本的生存繁衍功能的理解上还存在巨大的空白。不知道现在这些基因的功能是否已经被破译。
#支原体肺炎是新冠的变异吗#
支原体属于微生物的一种。微生物是指难以用肉眼直接看到的微小生物的总称，它包括真细菌、古细菌、真菌、放线菌、原生动物、藻类等有细胞结构的微生物，以及病毒、支原体、衣原体等无完整细胞结构的生物。
支原体是一类无细胞壁结构、介于独立生活和细胞内寄生生活之间的最小的原核生物；其结构近似典型细菌，属细菌域。
由于支原体没有细胞壁，许多常见的抗生素，如青霉素等通过攻击细胞壁发挥作用的抗生素对它都是无效的。常见的能引发人类疾病的支原体主要是肺炎支原体和可以引起骨盆腔发炎的生殖道支原体。
基因构造简单的支原体，尤其是肺炎支原体及其近亲生殖道支原体，已成为研究人工生命的模式生物。如辛西亚人工生命 图一，就是通过削减支原体的基因数量，探索最少需要多少基因，才可以让细胞生存，同时也让我们知道各基因的功能。
在2016年发表在《科学》上的论文中，构造辛西娅的科学家们承认还有149个生物功能未知的基因，这意味着我们对细胞最基本的生存繁衍功能的理解上还存在巨大的空白。不知道现在这些基因的功能是否已经被破译。
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酵母双杂交服务专题（一）
酵母双杂交系统是一种在酵母这种真核生物模型中执行的实验方法，用于探索活细胞内部蛋白质间的相互作用。这种技术能够敏感地捕捉蛋白质间的细微和短暂相互作用，通过检测报告基因的表达产物来实现。作为一种高度灵敏的技术，酵母双杂交系统被广泛应用于研究哺乳动物和高等植物基因组编码的蛋白质之间的交互作用，这一点已被众多研究文献所证实。
酵母文库的构建流程
为了探索特定蛋白质与其它蛋白质的交互作用，科学家们开发了酵母文库技术。这种“文库”实际上是一个包含了所有基因的庞大数据库。在这个过程中，首先从目标物种提取总RNA，然后从中分离出mRNA。随后，这些mRNA通过逆转录过程转换成cDNA。接下来，将这些cDNA与激活域（AD）载体连接，构建出一个AD文库。将此文库引入到酵母细胞中后，理论上这些酵母细胞就能够表达目标物种的全部蛋白质，从而便于研究它们之间的相互作用。
图1 酵母文库构建流程
酵母文库的构建方法
酵母文库的构建方法主要有两种：SMART（Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript）扩增技术和Gateway重组技术，选哪种方法建库，主要看起始RNA量。
SMART技术：即RNA模板5'末端转换机制，可以连续合成5'非翻译区的序列，包含了更大比例的全长克隆。SMART技术，指的是合成的cDNA和线性化的载体共同转化酵母，在体内重组酶的作用下cDNA和载体相连形成完整的质粒。通过SMART技术构建的cDNA文库能够代表原有样品中的mRNA的丰度，保存了生物遗传信息的完整性。
Gateway技术：利用专有的重组序列使得DNA片段能够更有效地被转入质粒当中，可应用于大片段的基因克隆，并且在保持正确阅读框的前提下让不同表达载体间的DNA转移成为可能。建库过程中不经PCR扩增，所以要求起始RNA量高，需达到300 μg以上。在样本量充足条件下，Gateway法酵母文库，避免了PCR扩增对文库的影响，如低丰度基因丢失和扩增过程中可能产生的个别碱基突变。
我司目前主要使用Gateway重组技术进行酵母文库构建。它们的区别如图2所示：
图2：酵母建库方法比较
Invitrogen体系，采用Gateway位点特异性重组技术（Invitrogen专利）构建文库 。
图3：Gateway技术的原理图
建库材料的选择：
目前我们公司酵母建库材料可以选择动物组织、贴壁/悬浮细胞、种子和植物组织等样品。客户需提供至少能提取500μg总RNA的新鲜样本，具体要求如图4所示:
图4 具体要求
注：对于样品，客户可根据自己的实验目的选取材料的部位和时期，可以是某一时期的某一部位样品，也可以是某一时期的整个植株样品，具体需要依据实验目的而定；一般不同处理条件下的材料需要分别建库，如果客户要求混合建库也是可以的。
酵母文库交付标准：
1、原始文库容量大于1*10^7 CFU；
2、平均插入片段大于1200bp（部分物种达不到）；
3、克隆阳性率大于95%。
酵母文库的筛选方法
首先,在进行蛋白质相互作用的酵母双杂交筛选时，使用的菌株类型会根据研究的体系而有所不同。对于核内蛋白质的相互作用研究，通常采用Y2HGold酵母菌作为共转方式的筛选平台；而对于膜相关蛋白质的研究，则更倾向于使用NMY51菌株。在核内体系的研究中，除了共转筛选方法外，还可以采用配对（mating）方法。配对方法涉及到两种不同性别的酵母菌株：一种是携带AD文库质粒的Y187菌株，另一种则是含有BD（结合域）质粒的Y2HGold菌株。通过这两种菌株的交配，可以高效地筛选和鉴定蛋白质之间的相互作用。
以下是两种体系的筛库主要流程：
如图5核体系筛库实验流程：
如图6膜体系筛库实验流程：
在酵母双杂交系统中，筛选阳性克隆的方法会根据研究的体系（核内或膜相关）而有所区别。对于核内体系，通常使用MEL1作为报告基因。当蛋白质间发生相互作用时，含有X-α-Gal的培养基上的阳性菌落会显现蓝色。而在膜相关体系中，筛选阳性克隆主要依赖于报告基因ADE2的表达水平。具体来说，当不存在蛋白质相互作用时，腺嘌呤的合成受到阻碍，导致细胞中某些中间产物积累，使得细胞表现为红色。这种颜色变化为鉴定蛋白质间相互作用提供了一种可视化的方法。（2）有互作蛋白时，由于作用强度不同克隆颜色不一。克隆呈现粉白（弱相互作用）至白色（强相互作用）。
卡梅德生物（KMD Bioscience）(https://t.cn/A6W2Fk3E) 具有十余年文库技术沉淀，具有丰富的样品处理经验和建库经验。
#卡梅德生物##酵母双杂交##蛋白互作#
酵母双杂交系统是一种在酵母这种真核生物模型中执行的实验方法，用于探索活细胞内部蛋白质间的相互作用。这种技术能够敏感地捕捉蛋白质间的细微和短暂相互作用，通过检测报告基因的表达产物来实现。作为一种高度灵敏的技术，酵母双杂交系统被广泛应用于研究哺乳动物和高等植物基因组编码的蛋白质之间的交互作用，这一点已被众多研究文献所证实。
酵母文库的构建流程
为了探索特定蛋白质与其它蛋白质的交互作用，科学家们开发了酵母文库技术。这种“文库”实际上是一个包含了所有基因的庞大数据库。在这个过程中，首先从目标物种提取总RNA，然后从中分离出mRNA。随后，这些mRNA通过逆转录过程转换成cDNA。接下来，将这些cDNA与激活域（AD）载体连接，构建出一个AD文库。将此文库引入到酵母细胞中后，理论上这些酵母细胞就能够表达目标物种的全部蛋白质，从而便于研究它们之间的相互作用。
图1 酵母文库构建流程
酵母文库的构建方法
酵母文库的构建方法主要有两种：SMART（Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript）扩增技术和Gateway重组技术，选哪种方法建库，主要看起始RNA量。
SMART技术：即RNA模板5'末端转换机制，可以连续合成5'非翻译区的序列，包含了更大比例的全长克隆。SMART技术，指的是合成的cDNA和线性化的载体共同转化酵母，在体内重组酶的作用下cDNA和载体相连形成完整的质粒。通过SMART技术构建的cDNA文库能够代表原有样品中的mRNA的丰度，保存了生物遗传信息的完整性。
Gateway技术：利用专有的重组序列使得DNA片段能够更有效地被转入质粒当中，可应用于大片段的基因克隆，并且在保持正确阅读框的前提下让不同表达载体间的DNA转移成为可能。建库过程中不经PCR扩增，所以要求起始RNA量高，需达到300 μg以上。在样本量充足条件下，Gateway法酵母文库，避免了PCR扩增对文库的影响，如低丰度基因丢失和扩增过程中可能产生的个别碱基突变。
我司目前主要使用Gateway重组技术进行酵母文库构建。它们的区别如图2所示：
图2：酵母建库方法比较
Invitrogen体系，采用Gateway位点特异性重组技术（Invitrogen专利）构建文库 。
图3：Gateway技术的原理图
建库材料的选择：
目前我们公司酵母建库材料可以选择动物组织、贴壁/悬浮细胞、种子和植物组织等样品。客户需提供至少能提取500μg总RNA的新鲜样本，具体要求如图4所示:
图4 具体要求
注：对于样品，客户可根据自己的实验目的选取材料的部位和时期，可以是某一时期的某一部位样品，也可以是某一时期的整个植株样品，具体需要依据实验目的而定；一般不同处理条件下的材料需要分别建库，如果客户要求混合建库也是可以的。
酵母文库交付标准：
1、原始文库容量大于1*10^7 CFU；
2、平均插入片段大于1200bp（部分物种达不到）；
3、克隆阳性率大于95%。
酵母文库的筛选方法
首先,在进行蛋白质相互作用的酵母双杂交筛选时，使用的菌株类型会根据研究的体系而有所不同。对于核内蛋白质的相互作用研究，通常采用Y2HGold酵母菌作为共转方式的筛选平台；而对于膜相关蛋白质的研究，则更倾向于使用NMY51菌株。在核内体系的研究中，除了共转筛选方法外，还可以采用配对（mating）方法。配对方法涉及到两种不同性别的酵母菌株：一种是携带AD文库质粒的Y187菌株，另一种则是含有BD（结合域）质粒的Y2HGold菌株。通过这两种菌株的交配，可以高效地筛选和鉴定蛋白质之间的相互作用。
以下是两种体系的筛库主要流程：
如图5核体系筛库实验流程：
如图6膜体系筛库实验流程：
在酵母双杂交系统中，筛选阳性克隆的方法会根据研究的体系（核内或膜相关）而有所区别。对于核内体系，通常使用MEL1作为报告基因。当蛋白质间发生相互作用时，含有X-α-Gal的培养基上的阳性菌落会显现蓝色。而在膜相关体系中，筛选阳性克隆主要依赖于报告基因ADE2的表达水平。具体来说，当不存在蛋白质相互作用时，腺嘌呤的合成受到阻碍，导致细胞中某些中间产物积累，使得细胞表现为红色。这种颜色变化为鉴定蛋白质间相互作用提供了一种可视化的方法。（2）有互作蛋白时，由于作用强度不同克隆颜色不一。克隆呈现粉白（弱相互作用）至白色（强相互作用）。
卡梅德生物（KMD Bioscience）(https://t.cn/A6W2Fk3E) 具有十余年文库技术沉淀，具有丰富的样品处理经验和建库经验。
#卡梅德生物##酵母双杂交##蛋白互作#
狐（hú），俗称狐狸（拉丁名：Vulpes，英文名：fox），是脊索动物门哺乳纲食肉目犬科狐属动物。
狐身体纤瘦，毛长且厚，体长加尾长2到3英尺，常居住于树洞或土穴中，主要以鱼虾、鼠类、鸟类、昆虫类等小型动物为食。狐属动物中分布最广、数量最多的品种为赤狐。每年2-5月产仔，一般每胎3-6只。狐遍布于北美、欧洲、亚洲、非洲各部，包括极地地区。看形态特征
狐狸的同名书籍为《狐狸》。
基本信息
中文学名
狐
目
食肉目
拉丁学名
Vulpes
亚目
裂脚亚目
别称
狐狸
科
犬科
亚科
狐亚科
界
动物界
门
脊索动物门
属
狐属
亚门
脊椎动物亚门
纲
哺乳纲
亚纲
真兽亚纲
分布区域
布于欧，亚及北美等地
体长
60.0~90.0cm
寿命
8~14岁
生活环境
森林、草原、半沙漠、丘陵地带、居住于树洞或土穴中
体温
38.8～39.6 ℃
域
真核域
繁殖时间
每年2月-5月
二名法
Volpone
狐身体纤瘦，毛长且厚，体长加尾长2到3英尺，常居住于树洞或土穴中，主要以鱼虾、鼠类、鸟类、昆虫类等小型动物为食。狐属动物中分布最广、数量最多的品种为赤狐。每年2-5月产仔，一般每胎3-6只。狐遍布于北美、欧洲、亚洲、非洲各部，包括极地地区。看形态特征
狐狸的同名书籍为《狐狸》。
基本信息
中文学名
狐
目
食肉目
拉丁学名
Vulpes
亚目
裂脚亚目
别称
狐狸
科
犬科
亚科
狐亚科
界
动物界
门
脊索动物门
属
狐属
亚门
脊椎动物亚门
纲
哺乳纲
亚纲
真兽亚纲
分布区域
布于欧，亚及北美等地
体长
60.0~90.0cm
寿命
8~14岁
生活环境
森林、草原、半沙漠、丘陵地带、居住于树洞或土穴中
体温
38.8～39.6 ℃
域
真核域
繁殖时间
每年2月-5月
二名法
Volpone
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