肿瘤预后+生信+简单湿实验，今年国自然前期就靠它了！
对于任务繁重的临床医生而言，做实验，发文章，烧脑又费时，还不一定能卷出什么好文章，那么如果不做繁杂的基础实验，肿瘤的文章还能怎么发呢？
今天我们来探讨一篇思路非常清晰的生信+简单湿实验发表的文章（题目：TTK表达上调与子宫内膜癌患者预后不良及免疫浸润有关），或许能给大家一点新的启发。
研究论文：
2024年1月，南通大学附属医院妇产科杨晓清团队在《Cancercell Int》发表了题为《Upregulation of TTK expression is associated with poor prognosis and immune infiltration in endometrial cancer patients》的文章，发现TTK在子宫内膜癌中高表达，在表达的临床病理特征及ROC曲线分析显示TTKmRNA表达与肿瘤转移、TTKmRNA表达与高TNM分期呈正相关。此发现强调了TTKmRNA表达作为区分子宫内膜癌组织和正常组织的诊断性生物标志物的潜力。
研究背景：
子宫内膜癌（Endometrialcancer，EC）是全球常见的恶性肿瘤，其发病率和死亡率呈上升趋势。在过去的二十年中，子宫内膜癌的发病率显着增加，且明显倾向于影响年轻人。此癌症约占妇科恶性肿瘤的20%-30%。
EC患者的5年总生存期（OS）取决于诊断阶段。早期发现通常可带来良好的预后，5年OS率超过90%。准确有效地评估新的临床适用生物标志物对于改善EC治疗至关重要，苏氨酸和酪氨酸激酶（TTK）与各种肿瘤的侵袭和转移有关。TTK的预后重要性及其与子宫内膜癌（EC）免疫浸润的相关性仍不清楚，本文主要探寻TTK上调与EC患者的不良生存结局和免疫浸润的关系。
研究思路：
✍利用GEPIA、TIMER数据库，分析各种癌症类型的TTKmRNA表达谱，得到TTK在癌症中的上调情况，表明TTKmRNA在许多癌症类型中表达异常，尤其在妇科癌症中高表达，包括CESC（宫颈癌）、OV（卵巢癌）、UCEC和UCS（子宫癌肉瘤）。
✍再利用string蛋白数据库寻找共表达基因进行PPI（蛋白质间相互作用网络）和GO、KEGG富集分析，并使用ggplot2包对其进行可视化，再利用TIMER和TISIDB分别探索 TTK表达与免疫细胞以及 TTK和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）在各种癌症中的表达关系，最后利用Spearman检验来评估相关性。
进行受试者工作特征（ROC）曲线分析，确定TTK的临界值，进行K-M分析和对数秩检验，评估TTK对生存结果的影响，得以表明TTK作为预后生物标志物的潜力。
主要结果：
从泛癌角度看TTK的表达
分析各种癌症类型的TTKmRNA表达谱。在GEPIA数据库中，与正常组织相比，TTK在18/33种癌症类型中显著上调（图1A），TIMER在线数据库（图1B）在21/33例癌症中显示TTK上调。这些发现表明TTKmRNA在许多癌症类型中表达异常。值得注意的是，TTK在妇科癌症中高表达，包括CESC、OV、UCEC和UCS（图1C）。
子宫内膜癌患者和细胞系中TTK的mRNA和蛋白表达上调
在此研究中，选择子宫内膜癌作为重点。图2A23个子宫内膜癌组织中的TTKmRNA表达显着增加。图2BTTKmRNA表达明显高于23个正常组织中的TTKmRNA表达，为了对TTK蛋白表达进行全面分析，使用CPTAC数据进行UALCAN分析。图2C TTK蛋白在子宫内膜癌组织中的表达显著高于正常组织。图2D表明与正常子宫内膜细胞系相比，子宫内膜癌细胞系（Ishikawa、HEC-1A、HEC-1B和KLE）中TTK蛋白表达显着上调。图2E表明EC细胞系（HEC-1A和HEC-1B）中TTKmRNA表达显着上调。
子宫内膜癌患者TTKmRNA水平与临床病理特征的关系
分析TCGA来源的子宫内膜癌患者TTK表达与子宫内膜癌患者临床病理特征的关系：TTKmRNA表达与临床分期（A）、年龄（B）、组织学分型（D）、组织学分级（E）和肿瘤浸润百分比（G）显著相关;TTK表达水平与BMI（C）、绝经状态（G）或糖尿病状态（H）无显著相关性。TTK与肿瘤转移和高TNM分期之间的关联表明，TTK可能是子宫内膜癌中预后不良的生物标志物。
TTK的差异RNA序列水平作为区分子宫内膜癌样本和正常样本的潜在生物标志物
TTK在子宫内膜癌中的诊断和预后价值：（A）ROC曲线分析显示，TTK能区分子宫内膜癌组织和正常组织;（B） TCGA队列中OS的K-M曲线，根据高TTK表达与低TTK表达分层;（C） TCGA队列中患者无病生存期的K-M曲线，根据高TTK表达与低TTK表达分层。
PPI网络和功能注释
利用LinkedOmics数据库分析了EC中的TTK共表达网络（图1A）。数据库显示，10,401个基因与TTK显著相关（P<0.05）。在EC中，TTK与6243个基因呈显著负相关，与4158个基因呈正相关。热图显示了与TTK显示出显着的正相关和负相关的前50个基因（图1BC）。建立PPI网络并进行功能注释，利用STRING数据库进行GO和KEGG分析。包括BUB1、BUB1B、CDC27、COMMD3-BMI1、ESPL1、MAD1L1、MAD2L1、NDC80、NUF2 和 TP53。（图2B） GO和KEGG通路富集分析显示，11个基因参与细胞周期、有丝分裂和线粒体自噬;（图2C-H）子宫内膜癌TTK表达与10个枢纽基因的Pearson相关性分析
子宫内膜癌TTK表达与免疫细胞浸润的相关性分析
利用TIMER数据库分析TTK表达与6种肿瘤浸润免疫细胞浸润之间的相关性。如图7A，TTK表达与B细胞和中性粒细胞相关。此外，我们评估了TTK表达与TISIB中28个肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）之间的关系。图7B显示了TTK表达与各种人类癌症中28个TIL群体之间的关联。值得注意的是，如图7C-F、TTK表达与CD4+T细胞、TemCD4+T细胞、Th2细胞和记忆B细胞的丰度显著相关。发现表明，TTK可能在子宫内膜癌的免疫浸润中发挥独特的作用。
TTK与免疫细胞浸润的相关性
通过计算免疫相关分数ImmuneScore、ESTIMATEScore和StromalScore，结果显示TTK表达与三个免疫相关评分呈负相关（图8A）。研究TTK表达与不同免疫细胞类型浸润之间的关系（图8B）。TTK的表达与Th2细胞和T辅助细胞的浸润呈正相关。TTK的表达与CD56brightNK细胞的百分比呈负相关。为进一步探讨TTK表达对免疫细胞浸润的影响，将TTK表达数据分为两组。随后，计算TTK高表达簇和TTK低表达簇中免疫细胞浸润的富集分数。TTK表达较高的集群表现出明显较低的免疫评分、ESTIMATE评分和基质评分（图8C）。此外，免疫细胞浸润的各种细胞类型的富集分数与TTK表达增加呈负相关（图8D）。综合分析表明TTK表达与免疫细胞浸润之间存在较强关联，突出TTK在所研究疾病背景下调节免疫微环境的潜在作用。
基于TTK表达和免疫细胞浸润的EC患者预后分析
此研究探讨TTK表达对EC患者预后的潜在影响，重点探讨其与免疫浸润和不良预后的关系。我们检测了EC患者的TTK表达水平，并使用Kaplan-Meier绘图仪数据库的数据根据相关免疫细胞亚群对其进行分层。在EC患者队列中，TTK的高表达与预后不良显著相关（图9A-H）。TTK的高表达与Treg细胞、Th1细胞和Th2细胞减少有关。这些结果提示TTK表达升高可能通过影响免疫浸润部分影响EC患者的预后。
研究结论：
这篇文章在分析思路和验证实验设计上都有一定的创新性，以晚期EC的预后不如早期子宫内膜癌乐观为背景，利用TIMER、GEPIA探究了TTK在各种肿瘤中的表达，最后通过多个数据库和细胞系验证了TTK在子宫内膜癌中的高表达。TTK表达的临床病理特征及ROC曲线分析显示TTKmRNA表达与肿瘤转移、TTKmRNA表达与高TNM分期呈正相关。
这一发现强调了TTKmRNA表达作为区分子宫内膜癌组织和正常组织的诊断性生物标志物的潜力，为子宫内膜癌机理研究提供新的思路。
持续分享学术干货，欢迎点赞收藏关注哦～
#科研[超话]##肿瘤[超话]##网络药理学[超话]##论文[超话]##论文发表[超话]##论文##河北医科大学[超话]##基金课题##国自然落选专家意见[超话]##国自然基金课题##国自然##博士后##博士##sci论文##医生##国自然预实验##科研狗的日常[超话]# https://t.cn/A6lPCNxV
对于任务繁重的临床医生而言，做实验，发文章，烧脑又费时，还不一定能卷出什么好文章，那么如果不做繁杂的基础实验，肿瘤的文章还能怎么发呢？
今天我们来探讨一篇思路非常清晰的生信+简单湿实验发表的文章（题目：TTK表达上调与子宫内膜癌患者预后不良及免疫浸润有关），或许能给大家一点新的启发。
研究论文：
2024年1月，南通大学附属医院妇产科杨晓清团队在《Cancercell Int》发表了题为《Upregulation of TTK expression is associated with poor prognosis and immune infiltration in endometrial cancer patients》的文章，发现TTK在子宫内膜癌中高表达，在表达的临床病理特征及ROC曲线分析显示TTKmRNA表达与肿瘤转移、TTKmRNA表达与高TNM分期呈正相关。此发现强调了TTKmRNA表达作为区分子宫内膜癌组织和正常组织的诊断性生物标志物的潜力。
研究背景：
子宫内膜癌（Endometrialcancer，EC）是全球常见的恶性肿瘤，其发病率和死亡率呈上升趋势。在过去的二十年中，子宫内膜癌的发病率显着增加，且明显倾向于影响年轻人。此癌症约占妇科恶性肿瘤的20%-30%。
EC患者的5年总生存期（OS）取决于诊断阶段。早期发现通常可带来良好的预后，5年OS率超过90%。准确有效地评估新的临床适用生物标志物对于改善EC治疗至关重要，苏氨酸和酪氨酸激酶（TTK）与各种肿瘤的侵袭和转移有关。TTK的预后重要性及其与子宫内膜癌（EC）免疫浸润的相关性仍不清楚，本文主要探寻TTK上调与EC患者的不良生存结局和免疫浸润的关系。
研究思路：
✍利用GEPIA、TIMER数据库，分析各种癌症类型的TTKmRNA表达谱，得到TTK在癌症中的上调情况，表明TTKmRNA在许多癌症类型中表达异常，尤其在妇科癌症中高表达，包括CESC（宫颈癌）、OV（卵巢癌）、UCEC和UCS（子宫癌肉瘤）。
✍再利用string蛋白数据库寻找共表达基因进行PPI（蛋白质间相互作用网络）和GO、KEGG富集分析，并使用ggplot2包对其进行可视化，再利用TIMER和TISIDB分别探索 TTK表达与免疫细胞以及 TTK和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）在各种癌症中的表达关系，最后利用Spearman检验来评估相关性。
进行受试者工作特征（ROC）曲线分析，确定TTK的临界值，进行K-M分析和对数秩检验，评估TTK对生存结果的影响，得以表明TTK作为预后生物标志物的潜力。
主要结果：
从泛癌角度看TTK的表达
分析各种癌症类型的TTKmRNA表达谱。在GEPIA数据库中，与正常组织相比，TTK在18/33种癌症类型中显著上调（图1A），TIMER在线数据库（图1B）在21/33例癌症中显示TTK上调。这些发现表明TTKmRNA在许多癌症类型中表达异常。值得注意的是，TTK在妇科癌症中高表达，包括CESC、OV、UCEC和UCS（图1C）。
子宫内膜癌患者和细胞系中TTK的mRNA和蛋白表达上调
在此研究中，选择子宫内膜癌作为重点。图2A23个子宫内膜癌组织中的TTKmRNA表达显着增加。图2BTTKmRNA表达明显高于23个正常组织中的TTKmRNA表达，为了对TTK蛋白表达进行全面分析，使用CPTAC数据进行UALCAN分析。图2C TTK蛋白在子宫内膜癌组织中的表达显著高于正常组织。图2D表明与正常子宫内膜细胞系相比，子宫内膜癌细胞系（Ishikawa、HEC-1A、HEC-1B和KLE）中TTK蛋白表达显着上调。图2E表明EC细胞系（HEC-1A和HEC-1B）中TTKmRNA表达显着上调。
子宫内膜癌患者TTKmRNA水平与临床病理特征的关系
分析TCGA来源的子宫内膜癌患者TTK表达与子宫内膜癌患者临床病理特征的关系：TTKmRNA表达与临床分期（A）、年龄（B）、组织学分型（D）、组织学分级（E）和肿瘤浸润百分比（G）显著相关;TTK表达水平与BMI（C）、绝经状态（G）或糖尿病状态（H）无显著相关性。TTK与肿瘤转移和高TNM分期之间的关联表明，TTK可能是子宫内膜癌中预后不良的生物标志物。
TTK的差异RNA序列水平作为区分子宫内膜癌样本和正常样本的潜在生物标志物
TTK在子宫内膜癌中的诊断和预后价值：（A）ROC曲线分析显示，TTK能区分子宫内膜癌组织和正常组织;（B） TCGA队列中OS的K-M曲线，根据高TTK表达与低TTK表达分层;（C） TCGA队列中患者无病生存期的K-M曲线，根据高TTK表达与低TTK表达分层。
PPI网络和功能注释
利用LinkedOmics数据库分析了EC中的TTK共表达网络（图1A）。数据库显示，10,401个基因与TTK显著相关（P<0.05）。在EC中，TTK与6243个基因呈显著负相关，与4158个基因呈正相关。热图显示了与TTK显示出显着的正相关和负相关的前50个基因（图1BC）。建立PPI网络并进行功能注释，利用STRING数据库进行GO和KEGG分析。包括BUB1、BUB1B、CDC27、COMMD3-BMI1、ESPL1、MAD1L1、MAD2L1、NDC80、NUF2 和 TP53。（图2B） GO和KEGG通路富集分析显示，11个基因参与细胞周期、有丝分裂和线粒体自噬;（图2C-H）子宫内膜癌TTK表达与10个枢纽基因的Pearson相关性分析
子宫内膜癌TTK表达与免疫细胞浸润的相关性分析
利用TIMER数据库分析TTK表达与6种肿瘤浸润免疫细胞浸润之间的相关性。如图7A，TTK表达与B细胞和中性粒细胞相关。此外，我们评估了TTK表达与TISIB中28个肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）之间的关系。图7B显示了TTK表达与各种人类癌症中28个TIL群体之间的关联。值得注意的是，如图7C-F、TTK表达与CD4+T细胞、TemCD4+T细胞、Th2细胞和记忆B细胞的丰度显著相关。发现表明，TTK可能在子宫内膜癌的免疫浸润中发挥独特的作用。
TTK与免疫细胞浸润的相关性
通过计算免疫相关分数ImmuneScore、ESTIMATEScore和StromalScore，结果显示TTK表达与三个免疫相关评分呈负相关（图8A）。研究TTK表达与不同免疫细胞类型浸润之间的关系（图8B）。TTK的表达与Th2细胞和T辅助细胞的浸润呈正相关。TTK的表达与CD56brightNK细胞的百分比呈负相关。为进一步探讨TTK表达对免疫细胞浸润的影响，将TTK表达数据分为两组。随后，计算TTK高表达簇和TTK低表达簇中免疫细胞浸润的富集分数。TTK表达较高的集群表现出明显较低的免疫评分、ESTIMATE评分和基质评分（图8C）。此外，免疫细胞浸润的各种细胞类型的富集分数与TTK表达增加呈负相关（图8D）。综合分析表明TTK表达与免疫细胞浸润之间存在较强关联，突出TTK在所研究疾病背景下调节免疫微环境的潜在作用。
基于TTK表达和免疫细胞浸润的EC患者预后分析
此研究探讨TTK表达对EC患者预后的潜在影响，重点探讨其与免疫浸润和不良预后的关系。我们检测了EC患者的TTK表达水平，并使用Kaplan-Meier绘图仪数据库的数据根据相关免疫细胞亚群对其进行分层。在EC患者队列中，TTK的高表达与预后不良显著相关（图9A-H）。TTK的高表达与Treg细胞、Th1细胞和Th2细胞减少有关。这些结果提示TTK表达升高可能通过影响免疫浸润部分影响EC患者的预后。
研究结论：
这篇文章在分析思路和验证实验设计上都有一定的创新性，以晚期EC的预后不如早期子宫内膜癌乐观为背景，利用TIMER、GEPIA探究了TTK在各种肿瘤中的表达，最后通过多个数据库和细胞系验证了TTK在子宫内膜癌中的高表达。TTK表达的临床病理特征及ROC曲线分析显示TTKmRNA表达与肿瘤转移、TTKmRNA表达与高TNM分期呈正相关。
这一发现强调了TTKmRNA表达作为区分子宫内膜癌组织和正常组织的诊断性生物标志物的潜力，为子宫内膜癌机理研究提供新的思路。
持续分享学术干货，欢迎点赞收藏关注哦～
#科研[超话]##肿瘤[超话]##网络药理学[超话]##论文[超话]##论文发表[超话]##论文##河北医科大学[超话]##基金课题##国自然落选专家意见[超话]##国自然基金课题##国自然##博士后##博士##sci论文##医生##国自然预实验##科研狗的日常[超话]# https://t.cn/A6lPCNxV
#情感分享[超话]#
❤️ 日常生活碎片文案
❶♀️/浪漫的年纪就要一直有趣
❷和我的心动男嘉宾
❸和☀️见面啦！！
❹夏
在今天见面是一件浪漫的事
❺
❻肉都是这么一点点吃出来的！
❼/
❽碎片
生活里的甜味剂
❾快乐与平凡浪漫
❶⓿：
“来自傍晚的美好”
❶❶夕阳总会落在你身上
❶❷今天真是个看花的好天气
❶❸多图流水账
❶❹
-Happy 3th anniversary-
❶❺
❶❻休息日该有的样子
❶❼☕️⛰
悠个闲儿/
❶❽☁️☁️舒服的天气
素颜的快乐
❶❾放假就是快乐快乐✌
❷⓿春来夏往 秋收冬藏 我们来日方长
❷❶⛈️踏着暴雨走进秘密小花园
❷❷热化了
❷❸又是下雨的一天⛈
❷❹
“嘴角向上 蒸蒸日上”
#情感分享##情感#
❤️ 日常生活碎片文案
❶♀️/浪漫的年纪就要一直有趣
❷和我的心动男嘉宾
❸和☀️见面啦！！
❹夏
在今天见面是一件浪漫的事
❺
❻肉都是这么一点点吃出来的！
❼/
❽碎片
生活里的甜味剂
❾快乐与平凡浪漫
❶⓿：
“来自傍晚的美好”
❶❶夕阳总会落在你身上
❶❷今天真是个看花的好天气
❶❸多图流水账
❶❹
-Happy 3th anniversary-
❶❺
❶❻休息日该有的样子
❶❼☕️⛰
悠个闲儿/
❶❽☁️☁️舒服的天气
素颜的快乐
❶❾放假就是快乐快乐✌
❷⓿春来夏往 秋收冬藏 我们来日方长
❷❶⛈️踏着暴雨走进秘密小花园
❷❷热化了
❷❸又是下雨的一天⛈
❷❹
“嘴角向上 蒸蒸日上”
#情感分享##情感#
#studyaccount[超话]# 25th Jan
#减脂# 英国减脂一天吃什么
What I eat in a day?
中碳日：
P1 早餐，非常开放的三明治
P3 午餐，营养丰富的波奇碗
P4 加餐燕麦拿铁，早上喝不到甚是想念
P5 晚餐，酸奶拌油桃，好搭[哇]
好馋排骨年糕啊，明天决定自己做[拳头]
#英国##studywithme##plog##英国留学##plog[超话]##日常##减脂餐# https://t.cn/RVONbrI
#减脂# 英国减脂一天吃什么
What I eat in a day?
中碳日：
P1 早餐，非常开放的三明治
P3 午餐，营养丰富的波奇碗
P4 加餐燕麦拿铁，早上喝不到甚是想念
P5 晚餐，酸奶拌油桃，好搭[哇]
好馋排骨年糕啊，明天决定自己做[拳头]
#英国##studywithme##plog##英国留学##plog[超话]##日常##减脂餐# https://t.cn/RVONbrI
✋热门推荐