[测焦] Bloom老师根据曹老师近期的预印本 (简介见 https://t.cn/A6NYxjUL )附带的大量深度突变扫描(deep mutation scanning, DMS)数据,更新了祖传免疫逃逸(immune escape)计算器。
计算器地址 jbloomlab.github.io/SARS2-RBD-escape-calc
图1 为XBB.1.5相关免疫背景下预测的RBD位点(横轴)的免疫逃逸,纵轴为自定单位,可以看到Bloom老师预计403、405、439、440、447、455、456、475、489、498、505位点将成为免疫逃逸的热门,其中R403X、D405X(包括N405D回复)、N439X、K440X、L455F/S、F465L、Y505X(包括H505Y回复)属于不会损失太多(有的甚至有增益)hACE2受体结合亲合力(binding affinity)的突变;而G447X、A475X(除了A475S/V)、Y489X(除了Y489H/W)、Q498X(除了目前O株上带的Q498R)虽然能够提供可观的免疫逃逸,但是会损失较多的hACE2受体结合亲合力。当然Bloom老师也提到了(红色字体),就算损失够多但是只要选择压给够,说不定就能弄出补偿性的改变,比如F486P,这个突变最早的计算器里就没有预计到,但是现在几乎横扫了一切。
图2 根据曹老师的预计,需要两次O株的刺激才能缓解野生型(wild type)造成的免疫印记,左侧为只受到1次O株刺激(加强针或突破感染)后的免疫逃逸预测,可以看到只有单次O株刺激,能够针对的免疫逃逸位点远多于2次刺激后(右侧)的。
注意,再次重申这些研究不是让你去感染的,况且两次疫苗接种最好拉开一定的时间,还没有中招的老老实实苟住再等第二针加强不好吗?而且就算免疫印记减轻了,但是船新的版本下可以被逃逸的位点还是更多了,参考之前预计的更多的天阶 https://t.cn/A6NTbe59 ,在近日的套状病毒专题研讨峰会Nido2023 (16th International Nidovirus Symposium)上诸多大佬认为O株算是益生菌19血清型2了(XBB搞不好能算血清型3),既然都血清分型了更频繁的免疫逃逸不是很正常的嘛。
以上突变理论上受制于两个大的因素
1) hACE2受体结合亲合力,以及表达(expression) 相关神秘doi代码: 10.1371/journal.ppat.1010951
2) 适应性(Fitness) 相关神秘doi代码: 10.1101/2023.01.30.526314
于是Bloom老师又推广起这两个计算器了
图3 冷知识:nextstrain的演化树可以查看各个分支针对BA.2背景的免疫逃逸,Bloom老师建议赶紧把基线换成XBB。
图4 Bloom老师炫耀计算器使用的数据,远大于他论文(神秘doi代码: 10.1093/ve/veac021 )的查看/引用量[允悲]
#AnythingButCovid##新冠变种扩散跟踪##CovidDiversity##好日子在后头呢#
计算器地址 jbloomlab.github.io/SARS2-RBD-escape-calc
图1 为XBB.1.5相关免疫背景下预测的RBD位点(横轴)的免疫逃逸,纵轴为自定单位,可以看到Bloom老师预计403、405、439、440、447、455、456、475、489、498、505位点将成为免疫逃逸的热门,其中R403X、D405X(包括N405D回复)、N439X、K440X、L455F/S、F465L、Y505X(包括H505Y回复)属于不会损失太多(有的甚至有增益)hACE2受体结合亲合力(binding affinity)的突变;而G447X、A475X(除了A475S/V)、Y489X(除了Y489H/W)、Q498X(除了目前O株上带的Q498R)虽然能够提供可观的免疫逃逸,但是会损失较多的hACE2受体结合亲合力。当然Bloom老师也提到了(红色字体),就算损失够多但是只要选择压给够,说不定就能弄出补偿性的改变,比如F486P,这个突变最早的计算器里就没有预计到,但是现在几乎横扫了一切。
图2 根据曹老师的预计,需要两次O株的刺激才能缓解野生型(wild type)造成的免疫印记,左侧为只受到1次O株刺激(加强针或突破感染)后的免疫逃逸预测,可以看到只有单次O株刺激,能够针对的免疫逃逸位点远多于2次刺激后(右侧)的。
注意,再次重申这些研究不是让你去感染的,况且两次疫苗接种最好拉开一定的时间,还没有中招的老老实实苟住再等第二针加强不好吗?而且就算免疫印记减轻了,但是船新的版本下可以被逃逸的位点还是更多了,参考之前预计的更多的天阶 https://t.cn/A6NTbe59 ,在近日的套状病毒专题研讨峰会Nido2023 (16th International Nidovirus Symposium)上诸多大佬认为O株算是益生菌19血清型2了(XBB搞不好能算血清型3),既然都血清分型了更频繁的免疫逃逸不是很正常的嘛。
以上突变理论上受制于两个大的因素
1) hACE2受体结合亲合力,以及表达(expression) 相关神秘doi代码: 10.1371/journal.ppat.1010951
2) 适应性(Fitness) 相关神秘doi代码: 10.1101/2023.01.30.526314
于是Bloom老师又推广起这两个计算器了
图3 冷知识:nextstrain的演化树可以查看各个分支针对BA.2背景的免疫逃逸,Bloom老师建议赶紧把基线换成XBB。
图4 Bloom老师炫耀计算器使用的数据,远大于他论文(神秘doi代码: 10.1093/ve/veac021 )的查看/引用量[允悲]
#AnythingButCovid##新冠变种扩散跟踪##CovidDiversity##好日子在后头呢#
江华职中:“校BA”篮球联赛点燃校园
为丰富同学们的校园文化生活,4月10日至5月16日,江华瑶族自治县职业中专学校举办了第二届学生男子篮球联赛。
抢断、盖帽、妙传、运球、投篮、拼抢......赛场上,学生们尽情展现篮球技艺。场内球员积极投入,全力以赴,场外人头攒动,欢呼呐喊......一场看上去并不高端的校园篮球赛也极具感染力。
经过激烈的比拼,最终分部决出前八名班级。此次学生男子“校BA”篮球联赛,充分展示了运动员们奋力拼搏、团结进取的精神风貌,展示了江华职中学子的青春活力与激情。
为丰富同学们的校园文化生活,4月10日至5月16日,江华瑶族自治县职业中专学校举办了第二届学生男子篮球联赛。
抢断、盖帽、妙传、运球、投篮、拼抢......赛场上,学生们尽情展现篮球技艺。场内球员积极投入,全力以赴,场外人头攒动,欢呼呐喊......一场看上去并不高端的校园篮球赛也极具感染力。
经过激烈的比拼,最终分部决出前八名班级。此次学生男子“校BA”篮球联赛,充分展示了运动员们奋力拼搏、团结进取的精神风貌,展示了江华职中学子的青春活力与激情。
格局教学
#谢娜说当时就已经还包文婧钱了#
包文婧出生于1987.7.10
取这一天中最富贵的时间
排出的生辰四柱为:丁卯 丁未 庚申 壬午
为正官格,完整的格局是:正官用印食格,为靠才艺出名之命,或才艺干部之命,或从政干部之命。
从大运上看,2022-2027年走5年小好运……
土月都是分上半月和下半月的,不是一进土月就是土旺的,要有一个循序渐进的过程的,比如包文婧这个ba字,未月上半月,丁火占60%,己土占30%,所以此时还是正官旺,所以,此为正官格
我们陶门的格局法,是采用大数据统计归类的方法,将所有的ba字进行分类,能让人快速判断出一个ba字的最佳职业方向。
正官用印食格,位于《格局一览表》第33号
大家知道自己的ba字是什么格局吗?最佳的职业方向是什么?
评论区留言,我可免费告知。
#谢娜说当时就已经还包文婧钱了#
包文婧出生于1987.7.10
取这一天中最富贵的时间
排出的生辰四柱为:丁卯 丁未 庚申 壬午
为正官格,完整的格局是:正官用印食格,为靠才艺出名之命,或才艺干部之命,或从政干部之命。
从大运上看,2022-2027年走5年小好运……
土月都是分上半月和下半月的,不是一进土月就是土旺的,要有一个循序渐进的过程的,比如包文婧这个ba字,未月上半月,丁火占60%,己土占30%,所以此时还是正官旺,所以,此为正官格
我们陶门的格局法,是采用大数据统计归类的方法,将所有的ba字进行分类,能让人快速判断出一个ba字的最佳职业方向。
正官用印食格,位于《格局一览表》第33号
大家知道自己的ba字是什么格局吗?最佳的职业方向是什么?
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