今天天气很热,跑腿,帮xbb去图书馆拿证明材料,图书馆的老师们一听我是来帮那个狗日的来拿材料后都笑出了声,她们说,自从xbb当上老师之后,就再也没见过他本人自己来了啊。。。
是啊,那他在忙什么呢?
他此刻正忙着在办公室歪着椅子脱着鞋,两只臭脚自以为很隐秘地在桌子下隔着袜子相互搓着痒。手上还手忙脚乱地搓着屏幕,玩着一款非常弱智的手机游戏。等到阵亡时,他还会拍一下自己充满脂肪的肚子站起来走走,然后假装很谦虚地对大家说,今年咱们又接了几个项目,钱不多,不到两百万……
而我除了想想能不能给他两拳之外,什么也做不了。
是啊,那他在忙什么呢?
他此刻正忙着在办公室歪着椅子脱着鞋,两只臭脚自以为很隐秘地在桌子下隔着袜子相互搓着痒。手上还手忙脚乱地搓着屏幕,玩着一款非常弱智的手机游戏。等到阵亡时,他还会拍一下自己充满脂肪的肚子站起来走走,然后假装很谦虚地对大家说,今年咱们又接了几个项目,钱不多,不到两百万……
而我除了想想能不能给他两拳之外,什么也做不了。
[测焦] Bloom老师根据曹老师近期的预印本 (简介见 https://t.cn/A6NYxjUL )附带的大量深度突变扫描(deep mutation scanning, DMS)数据,更新了祖传免疫逃逸(immune escape)计算器。
计算器地址 jbloomlab.github.io/SARS2-RBD-escape-calc
图1 为XBB.1.5相关免疫背景下预测的RBD位点(横轴)的免疫逃逸,纵轴为自定单位,可以看到Bloom老师预计403、405、439、440、447、455、456、475、489、498、505位点将成为免疫逃逸的热门,其中R403X、D405X(包括N405D回复)、N439X、K440X、L455F/S、F465L、Y505X(包括H505Y回复)属于不会损失太多(有的甚至有增益)hACE2受体结合亲合力(binding affinity)的突变;而G447X、A475X(除了A475S/V)、Y489X(除了Y489H/W)、Q498X(除了目前O株上带的Q498R)虽然能够提供可观的免疫逃逸,但是会损失较多的hACE2受体结合亲合力。当然Bloom老师也提到了(红色字体),就算损失够多但是只要选择压给够,说不定就能弄出补偿性的改变,比如F486P,这个突变最早的计算器里就没有预计到,但是现在几乎横扫了一切。
图2 根据曹老师的预计,需要两次O株的刺激才能缓解野生型(wild type)造成的免疫印记,左侧为只受到1次O株刺激(加强针或突破感染)后的免疫逃逸预测,可以看到只有单次O株刺激,能够针对的免疫逃逸位点远多于2次刺激后(右侧)的。
注意,再次重申这些研究不是让你去感染的,况且两次疫苗接种最好拉开一定的时间,还没有中招的老老实实苟住再等第二针加强不好吗?而且就算免疫印记减轻了,但是船新的版本下可以被逃逸的位点还是更多了,参考之前预计的更多的天阶 https://t.cn/A6NTbe59 ,在近日的套状病毒专题研讨峰会Nido2023 (16th International Nidovirus Symposium)上诸多大佬认为O株算是益生菌19血清型2了(XBB搞不好能算血清型3),既然都血清分型了更频繁的免疫逃逸不是很正常的嘛。
以上突变理论上受制于两个大的因素
1) hACE2受体结合亲合力,以及表达(expression) 相关神秘doi代码: 10.1371/journal.ppat.1010951
2) 适应性(Fitness) 相关神秘doi代码: 10.1101/2023.01.30.526314
于是Bloom老师又推广起这两个计算器了
图3 冷知识:nextstrain的演化树可以查看各个分支针对BA.2背景的免疫逃逸,Bloom老师建议赶紧把基线换成XBB。
图4 Bloom老师炫耀计算器使用的数据,远大于他论文(神秘doi代码: 10.1093/ve/veac021 )的查看/引用量[允悲]
#AnythingButCovid##新冠变种扩散跟踪##CovidDiversity##好日子在后头呢#
计算器地址 jbloomlab.github.io/SARS2-RBD-escape-calc
图1 为XBB.1.5相关免疫背景下预测的RBD位点(横轴)的免疫逃逸,纵轴为自定单位,可以看到Bloom老师预计403、405、439、440、447、455、456、475、489、498、505位点将成为免疫逃逸的热门,其中R403X、D405X(包括N405D回复)、N439X、K440X、L455F/S、F465L、Y505X(包括H505Y回复)属于不会损失太多(有的甚至有增益)hACE2受体结合亲合力(binding affinity)的突变;而G447X、A475X(除了A475S/V)、Y489X(除了Y489H/W)、Q498X(除了目前O株上带的Q498R)虽然能够提供可观的免疫逃逸,但是会损失较多的hACE2受体结合亲合力。当然Bloom老师也提到了(红色字体),就算损失够多但是只要选择压给够,说不定就能弄出补偿性的改变,比如F486P,这个突变最早的计算器里就没有预计到,但是现在几乎横扫了一切。
图2 根据曹老师的预计,需要两次O株的刺激才能缓解野生型(wild type)造成的免疫印记,左侧为只受到1次O株刺激(加强针或突破感染)后的免疫逃逸预测,可以看到只有单次O株刺激,能够针对的免疫逃逸位点远多于2次刺激后(右侧)的。
注意,再次重申这些研究不是让你去感染的,况且两次疫苗接种最好拉开一定的时间,还没有中招的老老实实苟住再等第二针加强不好吗?而且就算免疫印记减轻了,但是船新的版本下可以被逃逸的位点还是更多了,参考之前预计的更多的天阶 https://t.cn/A6NTbe59 ,在近日的套状病毒专题研讨峰会Nido2023 (16th International Nidovirus Symposium)上诸多大佬认为O株算是益生菌19血清型2了(XBB搞不好能算血清型3),既然都血清分型了更频繁的免疫逃逸不是很正常的嘛。
以上突变理论上受制于两个大的因素
1) hACE2受体结合亲合力,以及表达(expression) 相关神秘doi代码: 10.1371/journal.ppat.1010951
2) 适应性(Fitness) 相关神秘doi代码: 10.1101/2023.01.30.526314
于是Bloom老师又推广起这两个计算器了
图3 冷知识:nextstrain的演化树可以查看各个分支针对BA.2背景的免疫逃逸,Bloom老师建议赶紧把基线换成XBB。
图4 Bloom老师炫耀计算器使用的数据,远大于他论文(神秘doi代码: 10.1093/ve/veac021 )的查看/引用量[允悲]
#AnythingButCovid##新冠变种扩散跟踪##CovidDiversity##好日子在后头呢#
#儿科医生鱼小南[超话]# #家庭健康守护计划# #宝贝成长守护计划# 之前阳过,还会二阳吗?
目前的毒株是XBB.1.16变异株,免疫逃逸能力、传染性更强。
那么,这一次,阳过的我们,还会二阳吗?
概率不大:去年12月—今年1月感染过的人群,体内抗体还处在较高水平,所以目前来看二次感染的风险较小。
同时,也不会像第一次那样,在短时间内出现大量人群感染。并且之后的疫情高峰也不会像此前那么明显,可能会呈现一个较缓的波峰。
但是,这类人群的风险还是比较大——距离上次感染已超过半年时间左右的老年人、免疫力低下人群。
他们体内抵抗力下降的速度,会比正常人群快很多,所以相应来说风险也大。
目前的毒株是XBB.1.16变异株,免疫逃逸能力、传染性更强。
那么,这一次,阳过的我们,还会二阳吗?
概率不大:去年12月—今年1月感染过的人群,体内抗体还处在较高水平,所以目前来看二次感染的风险较小。
同时,也不会像第一次那样,在短时间内出现大量人群感染。并且之后的疫情高峰也不会像此前那么明显,可能会呈现一个较缓的波峰。
但是,这类人群的风险还是比较大——距离上次感染已超过半年时间左右的老年人、免疫力低下人群。
他们体内抵抗力下降的速度,会比正常人群快很多,所以相应来说风险也大。
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