起源研究重要信息,多国科学家分析的貉携带的冠状病毒预印本数据被上传。
周四Atlantic文章报道的中国疾控中心公布的Huanan Seafood Market(海鲜市场)的序列数据成为了上周最大的一个全球新闻之一(https://t.cn/A6CRYaL1)。多国科学家迅速开始分析这一数据。我说过我会第一时间追踪这一最新数据更新(https://t.cn/A6CngujW)。今天,参与该数据分析的法国科学家CNRS的Flo Débarre将Edward Holmes,Kristian Andersen和Michael Worobey等研究SARS-CoV-2起源最著名的科学家的合作预印本数据上传到了欧洲预印本数据库Zenodo上。
这个最被上传的数据可能是多个相关数据分析中的一个,但是里面给出了Atlantic文章没有的很多细节:3月4日,Flo Débarre等多国科学家发现了中国疾控中心在GISAID上传的海鲜市场环境样本和动物样本的测序结果,这实际上是2022年2月25日中国疾控中心上传到Research Square的预印本数据库的测序部分(DOI: 10.21203/rs.3.rs-1370392)。 该GISAID数据实际上传于2022年6月2日(测序样本收集于2020年1-2月)。3月10日,Flo Débarre等联系了中国疾控中心;3月11日,Flo Débarre等联系了世界卫生组织WHO。3月14日WHO召开多方会议。3月16日,引起全世界关注的Atlantic文章发表。
这项最新研究发现, GISAID上公开的宏基因组测序数据,显示WHO宣布大流行开始前,海鲜市场出现了富集SARS-CoV-2的野生动物样本。这证实了2022年Science文章中根据生物信息学数据推断的,2019年底在海鲜市场中野生动物中发生了跨种传播,海鲜市场确定为SARS-CoV-2的溢出地点和SARS-CoV-2首个疫情中心。
研究采用的方法是从海鲜市场中SARS-CoV-2阳性环境样本中发现了5种野生哺乳动物的完整的线粒体DNA(图2)。研究进而使用从头序列组装(de novo sequence assembly)的方法,从SARS-CoV-2阳性样本中获取感染哺乳动物的染色体DNA序列。这一重叠DNA具有高度特异性。在线粒体DNA基础上,确认的基因组DNA序列,结合Science文章中raccoon dog(貉)为海鲜市场贩卖动物之一,锁定貉为感染SARS-CoV-2的哺乳动物(图3)。但是,还有更多与海鲜市场相关的宏基因组数据存在但尚未共享。共享这些数据对于进一步追踪可能导致海鲜市场出现SARS-CoV-2的事件顺序至关重要。
研究的结论是,从两篇Science文章(SARS-CoV-2的早期遗传多样性表明存在多重溢出,早期谱系“A”和“B”都是在海鲜市场上直接观察到的)和这个最新发现,明确指出了SARS-CoV-2是动物跨种传播的自然起源病毒。并印证了两篇Science文章所有关键结论。
周四Atlantic文章报道的中国疾控中心公布的Huanan Seafood Market(海鲜市场)的序列数据成为了上周最大的一个全球新闻之一(https://t.cn/A6CRYaL1)。多国科学家迅速开始分析这一数据。我说过我会第一时间追踪这一最新数据更新(https://t.cn/A6CngujW)。今天,参与该数据分析的法国科学家CNRS的Flo Débarre将Edward Holmes,Kristian Andersen和Michael Worobey等研究SARS-CoV-2起源最著名的科学家的合作预印本数据上传到了欧洲预印本数据库Zenodo上。
这个最被上传的数据可能是多个相关数据分析中的一个,但是里面给出了Atlantic文章没有的很多细节:3月4日,Flo Débarre等多国科学家发现了中国疾控中心在GISAID上传的海鲜市场环境样本和动物样本的测序结果,这实际上是2022年2月25日中国疾控中心上传到Research Square的预印本数据库的测序部分(DOI: 10.21203/rs.3.rs-1370392)。 该GISAID数据实际上传于2022年6月2日(测序样本收集于2020年1-2月)。3月10日,Flo Débarre等联系了中国疾控中心;3月11日,Flo Débarre等联系了世界卫生组织WHO。3月14日WHO召开多方会议。3月16日,引起全世界关注的Atlantic文章发表。
这项最新研究发现, GISAID上公开的宏基因组测序数据,显示WHO宣布大流行开始前,海鲜市场出现了富集SARS-CoV-2的野生动物样本。这证实了2022年Science文章中根据生物信息学数据推断的,2019年底在海鲜市场中野生动物中发生了跨种传播,海鲜市场确定为SARS-CoV-2的溢出地点和SARS-CoV-2首个疫情中心。
研究采用的方法是从海鲜市场中SARS-CoV-2阳性环境样本中发现了5种野生哺乳动物的完整的线粒体DNA(图2)。研究进而使用从头序列组装(de novo sequence assembly)的方法,从SARS-CoV-2阳性样本中获取感染哺乳动物的染色体DNA序列。这一重叠DNA具有高度特异性。在线粒体DNA基础上,确认的基因组DNA序列,结合Science文章中raccoon dog(貉)为海鲜市场贩卖动物之一,锁定貉为感染SARS-CoV-2的哺乳动物(图3)。但是,还有更多与海鲜市场相关的宏基因组数据存在但尚未共享。共享这些数据对于进一步追踪可能导致海鲜市场出现SARS-CoV-2的事件顺序至关重要。
研究的结论是,从两篇Science文章(SARS-CoV-2的早期遗传多样性表明存在多重溢出,早期谱系“A”和“B”都是在海鲜市场上直接观察到的)和这个最新发现,明确指出了SARS-CoV-2是动物跨种传播的自然起源病毒。并印证了两篇Science文章所有关键结论。
【#专家解读东航MU5735事故调查最新进展#】#东航# 据@新华社 中国民用航空局于3月20日发布《关于“3·21”东航MU5735航空器飞行事故调查进展情况的通报》。记者就相关问题采访了南京航空航天大学民航学院副院长邵荃和中航技进出口有限责任公司客户服务部训练与飞安办主任高俊。
问:民航局为何在此时发布此次调查进展情况通报?
邵荃:运输航空事故往往社会影响大,公众关注度高。在事发周年向公众披露有关调查进展信息是国际民航业界的通行要求和做法。
国际国内相关法律规定都对航空器事故调查报告公布时限提出了明确要求。《国际民用航空公约》附件13《航空器事故和事故征候调查》规定,进行事故或事故征候调查的国家必须尽快并在可能时于12个月之内将最终报告公开发布。如果不能在12个月之内公开发布报告,进行调查的国家必须在每个事发周年日公开发布一份临时声明。中国民航规章《民用航空器事件技术调查规定》要求,事故和严重事故征候的最终调查报告应当在事发12个月内依法及时向社会公布,依法不予公开的除外。未能在事发12个月内公布最终调查报告的事故或者严重事故征候,组织事件调查的部门应当在事件周年日向社会公布调查进展情况。需要强调的是,无论“临时声明”还是“调查进展情况”,都不是“最终调查结果”。
从历史上看,法航AF447、埃塞航B737MAX等事故在该阶段都发布过中期报告或中期声明,对调查进展情况进行介绍,回应遇难者家属及社会关切。
问:为何“最终调查结果”的公布需要更长的时间?
邵荃:一般来说,大型运输航空事故调查的周期往往都超过一年,这主要是由于调查所面临的技术复杂性和不确定性,很多技术疑点、难点都需要反复论证,一些关键结论还需要得到工程实验的验证支撑,这都要耗费大量时间。统计表明,过去30年全球民航所发生的千余起商业航空事故中,在一年内发布最终报告的仅占25%。因此,国际民航组织对于航空器事故调查报告的公布时限做出了原则性和灵活性相结合的制度安排,我国民航规章在这方面与国际规则保持了一致性。
问:关于调查进展情况通报的内容和形式,是否有相关规定或惯例?
邵荃:调查进展情况通报,也称“中期声明”,由于每次事故的具体情况和调查进度都不一样,国际民航组织对其内容和形式没有统一的规定。在实践中,有的国家公布的是一份中期报告,有的则是一份中期声明。本次中国民用航空局所发布的情况通报,从形式上来看与国际上曾经发布过的案例具有共同特征,即给出了目前已经掌握的情况、通报调查的大致进度等,内容上基本涵盖了事故调查工作中的重点要素,诸如对飞机残骸的搜寻、辨识、检查、实验验证,对机组成员资质能力、航班运行、飞机适航维修、空中交通管制服务、机场地面保障等方面的调查。这些都是整体调查的关键步骤,也是支撑后续研究分析的重要基础。
当然,一般情况下进展情况通报所能披露的范围和程度,则主要由调查工作的实际复杂性和调查进度所决定。
问:此次调查进展情况通报提到“本起事故非常复杂、极为罕见”,如何理解这句话?
高俊:航空器事故调查是一项复杂的系统工程,通常需要从人员资质及操作、航空器适航状态、天气环境、地面保障、空管指挥、公司组织管理等多方面开展全面深入的调查。
从目前了解的情况看,此次事故与以往存在很大差异。飞机高速坠地后几乎完全解体,残骸琐碎且分布较散,这都极大增加了现场搜寻勘查和残骸取证工作的难度。按照事故调查程序,调查组需要对所有寻获的残骸进行辨识,对重要残骸进行详细检查和实验分析,以便确定失效机理和最后阶段的工作状态,为后续调查分析提供证据,这些都是非常复杂专业的工作。还有通报中所提及的对飞机适航维修等情况开展调查,一般来讲,这个调查工作量也很大,需要调查飞机全生命周期的适航维修情况,如航线和定检、各类修理改装、适航指令及服务通告执行等工作记录,涉及的资料可能达成千上万份,需要耗费大量人力和时间,这些都反映出本次调查工作的技术复杂性。当然,除了残骸分析验证和飞机适航维修调查,事故调查涉及的其他方方面面同样纷繁复杂,都需要调查组严谨细致、客观深入地开展工作,确保最终调查结论经得起历史检验。#MU5735事故调查最新情况#
问:民航局为何在此时发布此次调查进展情况通报?
邵荃:运输航空事故往往社会影响大,公众关注度高。在事发周年向公众披露有关调查进展信息是国际民航业界的通行要求和做法。
国际国内相关法律规定都对航空器事故调查报告公布时限提出了明确要求。《国际民用航空公约》附件13《航空器事故和事故征候调查》规定,进行事故或事故征候调查的国家必须尽快并在可能时于12个月之内将最终报告公开发布。如果不能在12个月之内公开发布报告,进行调查的国家必须在每个事发周年日公开发布一份临时声明。中国民航规章《民用航空器事件技术调查规定》要求,事故和严重事故征候的最终调查报告应当在事发12个月内依法及时向社会公布,依法不予公开的除外。未能在事发12个月内公布最终调查报告的事故或者严重事故征候,组织事件调查的部门应当在事件周年日向社会公布调查进展情况。需要强调的是,无论“临时声明”还是“调查进展情况”,都不是“最终调查结果”。
从历史上看,法航AF447、埃塞航B737MAX等事故在该阶段都发布过中期报告或中期声明,对调查进展情况进行介绍,回应遇难者家属及社会关切。
问:为何“最终调查结果”的公布需要更长的时间?
邵荃:一般来说,大型运输航空事故调查的周期往往都超过一年,这主要是由于调查所面临的技术复杂性和不确定性,很多技术疑点、难点都需要反复论证,一些关键结论还需要得到工程实验的验证支撑,这都要耗费大量时间。统计表明,过去30年全球民航所发生的千余起商业航空事故中,在一年内发布最终报告的仅占25%。因此,国际民航组织对于航空器事故调查报告的公布时限做出了原则性和灵活性相结合的制度安排,我国民航规章在这方面与国际规则保持了一致性。
问:关于调查进展情况通报的内容和形式,是否有相关规定或惯例?
邵荃:调查进展情况通报,也称“中期声明”,由于每次事故的具体情况和调查进度都不一样,国际民航组织对其内容和形式没有统一的规定。在实践中,有的国家公布的是一份中期报告,有的则是一份中期声明。本次中国民用航空局所发布的情况通报,从形式上来看与国际上曾经发布过的案例具有共同特征,即给出了目前已经掌握的情况、通报调查的大致进度等,内容上基本涵盖了事故调查工作中的重点要素,诸如对飞机残骸的搜寻、辨识、检查、实验验证,对机组成员资质能力、航班运行、飞机适航维修、空中交通管制服务、机场地面保障等方面的调查。这些都是整体调查的关键步骤,也是支撑后续研究分析的重要基础。
当然,一般情况下进展情况通报所能披露的范围和程度,则主要由调查工作的实际复杂性和调查进度所决定。
问:此次调查进展情况通报提到“本起事故非常复杂、极为罕见”,如何理解这句话?
高俊:航空器事故调查是一项复杂的系统工程,通常需要从人员资质及操作、航空器适航状态、天气环境、地面保障、空管指挥、公司组织管理等多方面开展全面深入的调查。
从目前了解的情况看,此次事故与以往存在很大差异。飞机高速坠地后几乎完全解体,残骸琐碎且分布较散,这都极大增加了现场搜寻勘查和残骸取证工作的难度。按照事故调查程序,调查组需要对所有寻获的残骸进行辨识,对重要残骸进行详细检查和实验分析,以便确定失效机理和最后阶段的工作状态,为后续调查分析提供证据,这些都是非常复杂专业的工作。还有通报中所提及的对飞机适航维修等情况开展调查,一般来讲,这个调查工作量也很大,需要调查飞机全生命周期的适航维修情况,如航线和定检、各类修理改装、适航指令及服务通告执行等工作记录,涉及的资料可能达成千上万份,需要耗费大量人力和时间,这些都反映出本次调查工作的技术复杂性。当然,除了残骸分析验证和飞机适航维修调查,事故调查涉及的其他方方面面同样纷繁复杂,都需要调查组严谨细致、客观深入地开展工作,确保最终调查结论经得起历史检验。#MU5735事故调查最新情况#
【民航专家#解读MU5735事故调查进展通报#】中国民用航空局于3月20日发布《关于“3·21”东航MU5735航空器飞行事故调查进展情况的通报》。记者就相关问题采访了南京航空航天大学民航学院副院长邵荃和中航技进出口有限责任公司客户服务部训练与飞安办主任高俊。
问:民航局为何在此时发布此次调查进展情况通报?
邵荃:运输航空事故往往社会影响大,公众关注度高。在事发周年向公众披露有关调查进展信息是国际民航业界的通行要求和做法。
国际国内相关法律规定都对航空器事故调查报告公布时限提出了明确要求。《国际民用航空公约》附件13《航空器事故和事故征候调查》规定,进行事故或事故征候调查的国家必须尽快并在可能时于12个月之内将最终报告公开发布。如果不能在12个月之内公开发布报告,进行调查的国家必须在每个事发周年日公开发布一份临时声明。中国民航规章《民用航空器事件技术调查规定》要求,事故和严重事故征候的最终调查报告应当在事发12个月内依法及时向社会公布,依法不予公开的除外。未能在事发12个月内公布最终调查报告的事故或者严重事故征候,组织事件调查的部门应当在事件周年日向社会公布调查进展情况。需要强调的是,无论“临时声明”还是“调查进展情况”,都不是“最终调查结果”。
从历史上看,法航AF447、埃塞航B737MAX等事故在该阶段都发布过中期报告或中期声明,对调查进展情况进行介绍,回应遇难者家属及社会关切。
问:为何“最终调查结果”的公布需要更长的时间?
邵荃:一般来说,大型运输航空事故调查的周期往往都超过一年,这主要是由于调查所面临的技术复杂性和不确定性,很多技术疑点、难点都需要反复论证,一些关键结论还需要得到工程实验的验证支撑,这都要耗费大量时间。统计表明,过去30年全球民航所发生的千余起商业航空事故中,在一年内发布最终报告的仅占25%。因此,国际民航组织对于航空器事故调查报告的公布时限做出了原则性和灵活性相结合的制度安排,我国民航规章在这方面与国际规则保持了一致性。
问:关于调查进展情况通报的内容和形式,是否有相关规定或惯例?
邵荃:调查进展情况通报,也称“中期声明”,由于每次事故的具体情况和调查进度都不一样,国际民航组织对其内容和形式没有统一的规定。在实践中,有的国家公布的是一份中期报告,有的则是一份中期声明。本次中国民用航空局所发布的情况通报,从形式上来看与国际上曾经发布过的案例具有共同特征,即给出了目前已经掌握的情况、通报调查的大致进度等,内容上基本涵盖了事故调查工作中的重点要素,诸如对飞机残骸的搜寻、辨识、检查、实验验证,对机组成员资质能力、航班运行、飞机适航维修、空中交通管制服务、机场地面保障等方面的调查。这些都是整体调查的关键步骤,也是支撑后续研究分析的重要基础。
当然,一般情况下进展情况通报所能披露的范围和程度,则主要由调查工作的实际复杂性和调查进度所决定。
问:此次调查进展情况通报提到“本起事故非常复杂、极为罕见”,如何理解这句话?
高俊:航空器事故调查是一项复杂的系统工程,通常需要从人员资质及操作、航空器适航状态、天气环境、地面保障、空管指挥、公司组织管理等多方面开展全面深入的调查。
从目前了解的情况看,此次事故与以往存在很大差异。飞机高速坠地后几乎完全解体,残骸琐碎且分布较散,这都极大增加了现场搜寻勘查和残骸取证工作的难度。按照事故调查程序,调查组需要对所有寻获的残骸进行辨识,对重要残骸进行详细检查和实验分析,以便确定失效机理和最后阶段的工作状态,为后续调查分析提供证据,这些都是非常复杂专业的工作。还有通报中所提及的对飞机适航维修等情况开展调查,一般来讲,这个调查工作量也很大,需要调查飞机全生命周期的适航维修情况,如航线和定检、各类修理改装、适航指令及服务通告执行等工作记录,涉及的资料可能达成千上万份,需要耗费大量人力和时间,这些都反映出本次调查工作的技术复杂性。当然,除了残骸分析验证和飞机适航维修调查,事故调查涉及的其他方方面面同样纷繁复杂,都需要调查组严谨细致、客观深入地开展工作,确保最终调查结论经得起历史检验。#MU5735事故调查最新情况#
问:民航局为何在此时发布此次调查进展情况通报?
邵荃:运输航空事故往往社会影响大,公众关注度高。在事发周年向公众披露有关调查进展信息是国际民航业界的通行要求和做法。
国际国内相关法律规定都对航空器事故调查报告公布时限提出了明确要求。《国际民用航空公约》附件13《航空器事故和事故征候调查》规定,进行事故或事故征候调查的国家必须尽快并在可能时于12个月之内将最终报告公开发布。如果不能在12个月之内公开发布报告,进行调查的国家必须在每个事发周年日公开发布一份临时声明。中国民航规章《民用航空器事件技术调查规定》要求,事故和严重事故征候的最终调查报告应当在事发12个月内依法及时向社会公布,依法不予公开的除外。未能在事发12个月内公布最终调查报告的事故或者严重事故征候,组织事件调查的部门应当在事件周年日向社会公布调查进展情况。需要强调的是,无论“临时声明”还是“调查进展情况”,都不是“最终调查结果”。
从历史上看,法航AF447、埃塞航B737MAX等事故在该阶段都发布过中期报告或中期声明,对调查进展情况进行介绍,回应遇难者家属及社会关切。
问:为何“最终调查结果”的公布需要更长的时间?
邵荃:一般来说,大型运输航空事故调查的周期往往都超过一年,这主要是由于调查所面临的技术复杂性和不确定性,很多技术疑点、难点都需要反复论证,一些关键结论还需要得到工程实验的验证支撑,这都要耗费大量时间。统计表明,过去30年全球民航所发生的千余起商业航空事故中,在一年内发布最终报告的仅占25%。因此,国际民航组织对于航空器事故调查报告的公布时限做出了原则性和灵活性相结合的制度安排,我国民航规章在这方面与国际规则保持了一致性。
问:关于调查进展情况通报的内容和形式,是否有相关规定或惯例?
邵荃:调查进展情况通报,也称“中期声明”,由于每次事故的具体情况和调查进度都不一样,国际民航组织对其内容和形式没有统一的规定。在实践中,有的国家公布的是一份中期报告,有的则是一份中期声明。本次中国民用航空局所发布的情况通报,从形式上来看与国际上曾经发布过的案例具有共同特征,即给出了目前已经掌握的情况、通报调查的大致进度等,内容上基本涵盖了事故调查工作中的重点要素,诸如对飞机残骸的搜寻、辨识、检查、实验验证,对机组成员资质能力、航班运行、飞机适航维修、空中交通管制服务、机场地面保障等方面的调查。这些都是整体调查的关键步骤,也是支撑后续研究分析的重要基础。
当然,一般情况下进展情况通报所能披露的范围和程度,则主要由调查工作的实际复杂性和调查进度所决定。
问:此次调查进展情况通报提到“本起事故非常复杂、极为罕见”,如何理解这句话?
高俊:航空器事故调查是一项复杂的系统工程,通常需要从人员资质及操作、航空器适航状态、天气环境、地面保障、空管指挥、公司组织管理等多方面开展全面深入的调查。
从目前了解的情况看,此次事故与以往存在很大差异。飞机高速坠地后几乎完全解体,残骸琐碎且分布较散,这都极大增加了现场搜寻勘查和残骸取证工作的难度。按照事故调查程序,调查组需要对所有寻获的残骸进行辨识,对重要残骸进行详细检查和实验分析,以便确定失效机理和最后阶段的工作状态,为后续调查分析提供证据,这些都是非常复杂专业的工作。还有通报中所提及的对飞机适航维修等情况开展调查,一般来讲,这个调查工作量也很大,需要调查飞机全生命周期的适航维修情况,如航线和定检、各类修理改装、适航指令及服务通告执行等工作记录,涉及的资料可能达成千上万份,需要耗费大量人力和时间,这些都反映出本次调查工作的技术复杂性。当然,除了残骸分析验证和飞机适航维修调查,事故调查涉及的其他方方面面同样纷繁复杂,都需要调查组严谨细致、客观深入地开展工作,确保最终调查结论经得起历史检验。#MU5735事故调查最新情况#
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