#BioArt陪你科研每日分享[超话]##bioart分享##文献综述##细胞焦亡综述##细胞焦亡# 随着细胞焦亡分子机制的解析及其下游事件逐步引起更多同行的关注，近两年国内外相关的研究工作逐步增多，围绕细胞焦亡“挖矿”成了最近这一段时期的时风。例如，中南大学吕奔团队阐明了脓毒症中Caspase-11通过活化其底物GSDMD来诱导弥散性血管内凝血的形成，揭示了免疫与凝血的内在联系（Blood | 吕奔团队揭示脓毒症诱发弥散性血管内凝血的机制；Immunity | 吕奔团队解密细菌感染诱发凝血反应的机制 ）；南京医科大学免疫学系的杨硕教授团队等揭示了炎症小体下游焦亡效应分子GSDMD通过调节cGAS介导的炎症反应来控制结肠炎发生的新机制以及报道了细胞焦亡效应蛋白在多发性硬化症中的致病机制（Sci Adv丨杨硕/戴略合作揭示焦亡效应分子GSDMD调节肠炎发生新机制；JEM | 杨硕/胡刚/王冰微合作发现细胞焦亡效应分子在多发性硬化症中的致病机制）；2020年年初，中国医学科学院基础医学研究所的黄波教授团队研究展示了CAR-T细胞激活靶细胞Capase-3并活化gasdermin E GSDME诱导癌症靶细胞发生细胞焦亡；进而同时释出ATP、HMGB1等因子，这些因子激活巨噬细胞内的caspase-1-GSDMD和MAPK-NF B炎症通路，进而引起炎症因子风暴。这项研究为解决CAR-T疗法的副作用提供了潜在的方法，为优化设计新一代更加安全高效的治疗癌症的CAR-T提供思路。（亮点推荐 | CAR-T疗法副作用或解决——黄波教授团队揭示CAR-T疗法引起炎症因子风暴的机理）；2020年5月4日，中科院上海巴斯德研究所的刘星研究员与美国哈佛大学医学院Judy Lieberman教授及吴皓教授合作报道了通过高通量筛选发现靶向GSDMD的小分子抑制剂——双硫仑(disulfiram)，并揭示该小分子化合物对GSDMD成孔作用的抑制机理（Nat Immuno | 刘星/Judy Lieberman/吴皓合作揭示脓毒症治疗新候选药物）；2020年围绕细胞焦亡最为重要的工作要属前不久，两篇背靠背发表在Nature上的文章（Judy Lieberman 组的张志斌博士一篇，邵峰老师和北大刘志博团队合作一篇），揭示了细胞焦亡在肿瘤免疫方面的全新功能（Nature背靠背 | 张志斌/刘志博/邵峰等揭示细胞焦亡在肿瘤免疫方面的全新功能）；另外，对于细胞焦亡领域来说，还有一项更新认识的重要发现是，2020年4月17日，邵峰课题组在Science发表文章，发现细胞毒性淋巴细胞（如CTLs，NK细胞等）中的丝氨酸蛋白酶Granzyme A可以经穿孔素（perforin）进入靶细胞，通过水解Gasdermin B（GSDMB）分子Lys229/Lys244位点诱导靶细胞发生焦亡（更新认识丨邵峰组Science报道细胞毒性淋巴细胞诱导细胞焦亡的机制），值得一提的是在这篇Science文章发表之前不久的Judy Lieberman 组的张志斌博士那篇Nature论文里面也发现了类似的结论，聚焦的是另一个丝氨酸蛋白酶Granzyme B，验证了Granzyme B对GSDME 的切割以及由此诱导的依赖于GSDME 的细胞焦亡，共同改写了焦亡只能经Caspase活化的定论。值得一提的是，今年年初，中科院生物物理所丁璟珒课题组和邵峰组合作在Cell上发表题文章，从结构学角度发现了caspase-1/4/11-GSDMD复合物形成中的关键特点（Cell | 丁璟珒/邵峰合作揭示细胞焦亡中Caspase与GSDMD结合的结构学特点）。
BioArt相关报道https://t.cn/A64h9v38（[举手]内含细胞焦亡领域大量重磅文章及其相关报道链接[冲刺]）
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文献综述写作的六个基本步骤
文献综述就是确定选题后，对选题相关研究领域的文献进行广泛阅读和理解的基础上，进行归纳整理、综合分析和评论思考。
文献综述要注意两点：
1）大量阅读文献
2）综合分析
综述不能仅仅是将前人的观点罗列出来而未进行系统分类、归纳和提炼。
如果是“综”而不“述”，那么即便是内容有一定的系统性，充其量也只是陈述了他人的观点，达不到通过分析、评说而发现和确立论文选题的目的。
写文献综述可以采用“填充法”，简而言之就是画导图、列框架、不断细化内容。具体如下：
01 一个主题
即确定论文选题，围绕这个选题查找、阅读、挖掘文献信息。
02 一个导图（思维导图）
围绕论文选题，在阅读文献的基础上，列一个文献综述的大纲，再按照大纲一步步把内容填充进去。
尽管每个学校的要求不尽相同，但是通常毕业论文文献综述的结构是：
引言/研究背景———主体/研究现状———小结/研究目的与意义———研究内容———参考文献
在这个框架的基础上，进一步细化：
(一）引言/背景
引言不用太长，表明研究背景即可。
现实素材：统计数据、生产生活实例、政策法规等。
理论素材：基础理论研究的焦点、关键点、文献计量学分析等。
示例1：《糖肾方改善C57BLKS/J db/db小鼠脂代谢紊乱的作用及相关机制研究》，利用统计数据指出研究背景，引出主题。
节选“我国糖尿病发病率近几十年来呈持续上升趋势，由1980年不到１％上升到2007年的9.7%，且2010年糖尿病引起的死亡人数为130万，为1990年的２倍。最新流行病学调查研究显示，我国18岁以上人群糖尿病和糖尿病前期患病率分别约为11.6%（约1.139亿人受累）和50.1％（约4.934亿人受累）。该研究还显示超重肥胖和血脂水平异常都是糖尿病的高危因素。”
示例2：《天然高分子基多功能止血复合敷料的制备及其性能研究》，从实际问题出发，指出当前的研究难点和关键点。
节选“但是由于材料的形貌或其特性限制，许多材料的止血机制并未细致、定量的研究（如氧化再生纤维素等）。这使得材料的后续工艺改进变得异常困难，如何改变材料形貌，采用何种特殊检测手段，可以从多尺度研究氧化再生纤维素、胶原蛋白止血材料的止血机制是目前亟需解决的重要问题。”
(二）主体
主体部分主要讲研究现状。对于仍处于新手期的童鞋，可以按照以下几个思路整理、归纳文献。
1.时间顺序法：
分析主题的历史发展脉络，按照时间顺序论述，适用于讲述对象的发展及演变历程。
示例3：《中国产学研联结的发展历程、模式演化和经验教训》一文中，将”中国产学研联结发展历程”划分为三个时间阶段，再分别论述每一个阶段的情景、特点、联结模式。
2.因果分析法：
分析影响对象发展的因素，或被对象影响的因素，把每一个可能的原因/结果罗列出来，分别论述，适用于技术工艺优化、问题分析等研究。
1）影响A的因素
示例4：《胶原蛋白-壳聚糖可食用复合膜旳制备、改性及应用》一文中，逐条论述了“影响可食用膜性能的因素”及前人研究结果。
2）被A影响的因素或A导致的结果
示例5：《新媒体发展对大学生行为方式的影响及教育引导对策》一文中，分别具体阐述了新媒体对大学生思想道德、价值观教育和思维方式的影响。
3.“构效关系”法
适用于论述某一物质的结构、功能、应用，或一个设备的结构、功能、应用，或一个理论的释义、作用、应用等论文研究。
示例6：《液体深层发酵羊肚菌胞内多糖提取、结构分析及抗结肠癌作用研究》一文的文献综述介绍了羊肚菌多糖的提取、分离纯化、结构、生物活性等方面的内容。
示例7：《质谱技术在中药研究中的应用进展》一文依次介绍了质谱的技术特点、技术分类及其在中药成分鉴定、代谢组学、代谢动力学方面的应用。
4.现状对策法
适用于分析某一现象、事物的起源、发展现状、特点、存在的问题、解决对策等论文研究。
示例8：《共享单车的现状、问题以及其发展对策建议》一文按照共享单车发展的现状、遇到的问题、对策建议论述。
示例9：《碎片化阅读时代高校图书馆服务创新研究》一文论述了碎片化阅读的特点、成因、给高校图书馆服务带来的契机、挑战，并从创新服务理念、方式、内容、质量评价体系四个方面给出建议。
5.分工组合法
论文有两个研究对象，如，物质1—物质2、现象1—现象2、物质/仪器—疾病、物质—设备、物质—方法、设备—理论方法，可以先分别论述两个研究对象的情况及遇到的问题，然后论述两者组合后（可能的）情况和优势。
示例10：《高分辨核磁管壁成像在脑血管评估中的应用研究》一文的综述，先论述了脑血的主要指标及其传统的评价手段，后介绍了新技术——高分辨核磁管壁成像的特点及应用，最后小结提出可以用高分辨核磁管壁成像评价脑血管管壁。
示例11：《明胶—壳聚糖基可生物降解膜的制备、结构与性能研究》一文的综述，分别论述了明胶、壳聚糖特性，再介绍了明胶-壳聚糖基复合材料的研究进展。
示例12：《参葛蜂王浆胶囊的制备工艺及质量标准研究》一文综述部分，先论述了抗衰老的研究进展，再论述了人参、葛根、蜂王浆的成分及药理作用，再将两部分结合引出自己的研究内容。
6.流程叙述法
按照对象的工作流程、工艺步骤依次论述每一步骤的研究情况。
示例13：《丹参提取、浓缩及喷雾干燥过程的工艺研究与相关参数分析》一文的综述部分依次论述了提取、浓缩、干燥工艺和参数。
（三）小结/研究目的与意义
前面也提到，综述不能只“综“而不”述“。一定要在归纳整理前人研究的基础上，提出自己的见解、想法和研究思路，提出展望。
尤其是作为开题报告和毕业论文的一部分，在综述小结部分要提出存在的问题，也就是自己的研究要解决的问题，从而过渡到自己的研究目的、意义、内容。
上述不同的写作思路无优劣之分，大家可根据选题和文献收集情况选择适合自己的思路，并对每一个思路和框架进一步的细分。
在写作过程中，也可以将这写思路进行排列组合、相互嵌套。
通过对写作框架的细化和内容填充，轻松搞定文献综述。
03 一个工具（参考文献排版工具）
搞定文献综述的内容后，还有一个重要的工作，就是格式排版，尤其是参考文献的排版，涉及的细节非常多。
推荐两个自动生成参考文献的工具：Endnote和 E-study。
Endnote属于比较经典、成熟的文献管理工具，个人觉得写英文文章时非常好用，很多SCI期刊也推荐用它排版。但是排版中文参考文献的体验不太好，喜欢的同学可以自己找一下破解版安装包。
相对来讲，E-study是比较新的一个文献管理软件，它的功能更多，在排版中文参考文献的时候比较好用，而且里面有很多期刊的投稿模板可以参考。E-study是免费软件，大家可以在官网直接下载。
文献综述就是确定选题后，对选题相关研究领域的文献进行广泛阅读和理解的基础上，进行归纳整理、综合分析和评论思考。
文献综述要注意两点：
1）大量阅读文献
2）综合分析
综述不能仅仅是将前人的观点罗列出来而未进行系统分类、归纳和提炼。
如果是“综”而不“述”，那么即便是内容有一定的系统性，充其量也只是陈述了他人的观点，达不到通过分析、评说而发现和确立论文选题的目的。
写文献综述可以采用“填充法”，简而言之就是画导图、列框架、不断细化内容。具体如下：
01 一个主题
即确定论文选题，围绕这个选题查找、阅读、挖掘文献信息。
02 一个导图（思维导图）
围绕论文选题，在阅读文献的基础上，列一个文献综述的大纲，再按照大纲一步步把内容填充进去。
尽管每个学校的要求不尽相同，但是通常毕业论文文献综述的结构是：
引言/研究背景———主体/研究现状———小结/研究目的与意义———研究内容———参考文献
在这个框架的基础上，进一步细化：
(一）引言/背景
引言不用太长，表明研究背景即可。
现实素材：统计数据、生产生活实例、政策法规等。
理论素材：基础理论研究的焦点、关键点、文献计量学分析等。
示例1：《糖肾方改善C57BLKS/J db/db小鼠脂代谢紊乱的作用及相关机制研究》，利用统计数据指出研究背景，引出主题。
节选“我国糖尿病发病率近几十年来呈持续上升趋势，由1980年不到１％上升到2007年的9.7%，且2010年糖尿病引起的死亡人数为130万，为1990年的２倍。最新流行病学调查研究显示，我国18岁以上人群糖尿病和糖尿病前期患病率分别约为11.6%（约1.139亿人受累）和50.1％（约4.934亿人受累）。该研究还显示超重肥胖和血脂水平异常都是糖尿病的高危因素。”
示例2：《天然高分子基多功能止血复合敷料的制备及其性能研究》，从实际问题出发，指出当前的研究难点和关键点。
节选“但是由于材料的形貌或其特性限制，许多材料的止血机制并未细致、定量的研究（如氧化再生纤维素等）。这使得材料的后续工艺改进变得异常困难，如何改变材料形貌，采用何种特殊检测手段，可以从多尺度研究氧化再生纤维素、胶原蛋白止血材料的止血机制是目前亟需解决的重要问题。”
(二）主体
主体部分主要讲研究现状。对于仍处于新手期的童鞋，可以按照以下几个思路整理、归纳文献。
1.时间顺序法：
分析主题的历史发展脉络，按照时间顺序论述，适用于讲述对象的发展及演变历程。
示例3：《中国产学研联结的发展历程、模式演化和经验教训》一文中，将”中国产学研联结发展历程”划分为三个时间阶段，再分别论述每一个阶段的情景、特点、联结模式。
2.因果分析法：
分析影响对象发展的因素，或被对象影响的因素，把每一个可能的原因/结果罗列出来，分别论述，适用于技术工艺优化、问题分析等研究。
1）影响A的因素
示例4：《胶原蛋白-壳聚糖可食用复合膜旳制备、改性及应用》一文中，逐条论述了“影响可食用膜性能的因素”及前人研究结果。
2）被A影响的因素或A导致的结果
示例5：《新媒体发展对大学生行为方式的影响及教育引导对策》一文中，分别具体阐述了新媒体对大学生思想道德、价值观教育和思维方式的影响。
3.“构效关系”法
适用于论述某一物质的结构、功能、应用，或一个设备的结构、功能、应用，或一个理论的释义、作用、应用等论文研究。
示例6：《液体深层发酵羊肚菌胞内多糖提取、结构分析及抗结肠癌作用研究》一文的文献综述介绍了羊肚菌多糖的提取、分离纯化、结构、生物活性等方面的内容。
示例7：《质谱技术在中药研究中的应用进展》一文依次介绍了质谱的技术特点、技术分类及其在中药成分鉴定、代谢组学、代谢动力学方面的应用。
4.现状对策法
适用于分析某一现象、事物的起源、发展现状、特点、存在的问题、解决对策等论文研究。
示例8：《共享单车的现状、问题以及其发展对策建议》一文按照共享单车发展的现状、遇到的问题、对策建议论述。
示例9：《碎片化阅读时代高校图书馆服务创新研究》一文论述了碎片化阅读的特点、成因、给高校图书馆服务带来的契机、挑战，并从创新服务理念、方式、内容、质量评价体系四个方面给出建议。
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论文有两个研究对象，如，物质1—物质2、现象1—现象2、物质/仪器—疾病、物质—设备、物质—方法、设备—理论方法，可以先分别论述两个研究对象的情况及遇到的问题，然后论述两者组合后（可能的）情况和优势。
示例10：《高分辨核磁管壁成像在脑血管评估中的应用研究》一文的综述，先论述了脑血的主要指标及其传统的评价手段，后介绍了新技术——高分辨核磁管壁成像的特点及应用，最后小结提出可以用高分辨核磁管壁成像评价脑血管管壁。
示例11：《明胶—壳聚糖基可生物降解膜的制备、结构与性能研究》一文的综述，分别论述了明胶、壳聚糖特性，再介绍了明胶-壳聚糖基复合材料的研究进展。
示例12：《参葛蜂王浆胶囊的制备工艺及质量标准研究》一文综述部分，先论述了抗衰老的研究进展，再论述了人参、葛根、蜂王浆的成分及药理作用，再将两部分结合引出自己的研究内容。
6.流程叙述法
按照对象的工作流程、工艺步骤依次论述每一步骤的研究情况。
示例13：《丹参提取、浓缩及喷雾干燥过程的工艺研究与相关参数分析》一文的综述部分依次论述了提取、浓缩、干燥工艺和参数。
（三）小结/研究目的与意义
前面也提到，综述不能只“综“而不”述“。一定要在归纳整理前人研究的基础上，提出自己的见解、想法和研究思路，提出展望。
尤其是作为开题报告和毕业论文的一部分，在综述小结部分要提出存在的问题，也就是自己的研究要解决的问题，从而过渡到自己的研究目的、意义、内容。
上述不同的写作思路无优劣之分，大家可根据选题和文献收集情况选择适合自己的思路，并对每一个思路和框架进一步的细分。
在写作过程中，也可以将这写思路进行排列组合、相互嵌套。
通过对写作框架的细化和内容填充，轻松搞定文献综述。
03 一个工具（参考文献排版工具）
搞定文献综述的内容后，还有一个重要的工作，就是格式排版，尤其是参考文献的排版，涉及的细节非常多。
推荐两个自动生成参考文献的工具：Endnote和 E-study。
Endnote属于比较经典、成熟的文献管理工具，个人觉得写英文文章时非常好用，很多SCI期刊也推荐用它排版。但是排版中文参考文献的体验不太好，喜欢的同学可以自己找一下破解版安装包。
相对来讲，E-study是比较新的一个文献管理软件，它的功能更多，在排版中文参考文献的时候比较好用，而且里面有很多期刊的投稿模板可以参考。E-study是免费软件，大家可以在官网直接下载。
#科研进展# 【STOTEN: 气溶胶-雾相互作用导致的二次有机气溶胶的爆发式增长】
在我国秋冬季节，雾霾事件时有发生。二次有机气溶胶（SOA）对雾霾有重要贡献，然而SOA与雾（或云）之间的基本相互作用还知之甚少，主要原因包括：（1）与无机盐不同，SOA主要由半挥发或中等挥发的有机气体通过气-粒转化形成，这意味着SOA的吸湿性（或活化为云雾滴的能力）不仅取决于颗粒态有机分子，同时还受SOA气态前体物的影响；（2）SOA组成和形成机理的复杂性，SOA由成千上万种有机分子组成，其来源不仅包括各种气相反应，而且还包含了大量颗粒相反应；（3）外场观测中通常采用热力学模型（例如，ISORROPIA或E-AIM）估算颗粒水含量，但其往往忽视了有机气溶胶对颗粒水的贡献；（4）要揭示SOA-雾相互作用，还需要精细化的气溶胶动力学模式与云雾微物理过程进行耦合，而在线耦合数千反应和数百个物种的大气化学动力学过程与云雾的微物理过程是一项挑战性任务。
中国科学院大气物理研究所贾龙副研究员及其合作者（徐永福和段民征研究员）通过高分辨质谱技术和精细化的气溶胶动力学模式（CSVA），在深入解析甲苯气态和颗粒态分子的基础上，从云雾微物理角度解析了SOA与云雾之间的相互作用，并首次发现气溶胶-雾相互作用是导致的SOA爆发性增长的关键机制。即，霾（haze）与雾（fog）紧密交织在一起，一方面，水溶性气态有机物的存在会降低SOA活化为云雾滴的临界过饱和比，导致SOA在湿度接近或低于100%时即可活化为云雾滴；同时，云雾的生成进一步促进水溶性气态有机物的气-粒转化，从而导致了SOA的爆发式增长。还进一步分析了温度和相对湿度在SOA生成中的协同作用，发现低温可以显著放大有机气体对SOA爆发式增长和云凝结核活化的作用。上述结果表明云雾微物理过程是水溶性气态有机物快速转化为二次有机气溶胶的主要原因。
相关论文：
Jia, L., Xu, Y., Duan, M., 2023. Explosive formation of secondary organic aerosol due to aerosol-fog interactions. Sci. Total Environ. 866, 161338. https://t.cn/A6936KOF
Jia, L., Xu, Y., 2021. A core-shell box model for simulating viscosity dependent secondary organic aerosol (CSVA) and its application. Sci. Total Environ. 789, 147954. https://t.cn/A6V3iFTO
在我国秋冬季节，雾霾事件时有发生。二次有机气溶胶（SOA）对雾霾有重要贡献，然而SOA与雾（或云）之间的基本相互作用还知之甚少，主要原因包括：（1）与无机盐不同，SOA主要由半挥发或中等挥发的有机气体通过气-粒转化形成，这意味着SOA的吸湿性（或活化为云雾滴的能力）不仅取决于颗粒态有机分子，同时还受SOA气态前体物的影响；（2）SOA组成和形成机理的复杂性，SOA由成千上万种有机分子组成，其来源不仅包括各种气相反应，而且还包含了大量颗粒相反应；（3）外场观测中通常采用热力学模型（例如，ISORROPIA或E-AIM）估算颗粒水含量，但其往往忽视了有机气溶胶对颗粒水的贡献；（4）要揭示SOA-雾相互作用，还需要精细化的气溶胶动力学模式与云雾微物理过程进行耦合，而在线耦合数千反应和数百个物种的大气化学动力学过程与云雾的微物理过程是一项挑战性任务。
中国科学院大气物理研究所贾龙副研究员及其合作者（徐永福和段民征研究员）通过高分辨质谱技术和精细化的气溶胶动力学模式（CSVA），在深入解析甲苯气态和颗粒态分子的基础上，从云雾微物理角度解析了SOA与云雾之间的相互作用，并首次发现气溶胶-雾相互作用是导致的SOA爆发性增长的关键机制。即，霾（haze）与雾（fog）紧密交织在一起，一方面，水溶性气态有机物的存在会降低SOA活化为云雾滴的临界过饱和比，导致SOA在湿度接近或低于100%时即可活化为云雾滴；同时，云雾的生成进一步促进水溶性气态有机物的气-粒转化，从而导致了SOA的爆发式增长。还进一步分析了温度和相对湿度在SOA生成中的协同作用，发现低温可以显著放大有机气体对SOA爆发式增长和云凝结核活化的作用。上述结果表明云雾微物理过程是水溶性气态有机物快速转化为二次有机气溶胶的主要原因。
相关论文：
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Jia, L., Xu, Y., 2021. A core-shell box model for simulating viscosity dependent secondary organic aerosol (CSVA) and its application. Sci. Total Environ. 789, 147954. https://t.cn/A6V3iFTO
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