也就是说，在博士进入第零区之时第三神很可能已经不在第零区了—

也就是说，在博士进入第零区之时第三神很可能已经不在第零区了——如果第三神不在了悖谬种

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#宋亚轩说好想跟时代少年团腻在一起#
轩轩说“破天下，定风云，时代少年并肩行”的时候，真的破了大防。我们小孩，只要有录制曝光的机会，就一直把团挂嘴边。补了他们所有的物料，和外务，就只有我们轩轩这样。
内心很复杂，所以想对一些所谓“团粉”说，下次嘴我们小孩的时候，但凡想一下你们用他来舞团魂的这一刻呢。我看到有的人很明显是其他小朋友的唯粉啊，怎么还来我们这里执法小海螺啊，用轩轩的话攻击他的粉丝，脸呢？螺鼓轩天一直都不需要其他人去指手画脚。

关于朱紫第三神的猜想（含剧透）
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虽然GF这次没有把第三神放到游戏本体里面，但是与朱紫第三神有关的蛛丝马迹却做得十分明显。
在“归乡之路”一章当中，玩家可以在第零区的观测站内找到这样一份笔记：
“已确认能量的结晶化是受到暂称■■■的影响。推测■■■的壳呈现多层的六角形构造是主要原因。将此现象命名为太晶化。 ”
结合裂空座-Mega、奈克洛兹玛-Z招式、无极汰那-极巨化的惯例，很容易就能想到这个与太晶化有关的■■■就是朱紫的第三神。
在完成“归乡之路”以后，玩家可以阅读《朱之书/紫之书》的内容，其中的“■盘宝■梦？”一节显然也与第三神密切相关：
“在与观测队队员走散时，我感觉自己在巨坑的底部看到了奇怪的物体。我甚至还不知道那神秘物体是不是宝可梦是否活（动着？）。它的外壳是由多层六边形晶体构成，比宝石还闪耀。那形状简直就像是圆盘。”
《朱之书/紫之书》是200多年前对帕底亚巨坑进行调查的观测队队长海哲所撰写的调查笔记，朱紫中的奥琳/弗图博士正是看到这本书才产生了对过去世界/未来世界的向往，于是想到利用第三神的力量创造时光机、从过去世界/未来世界唤来悖谬PM，最终引发了朱紫里的事件。
然而，根据《朱之书/紫之书》的内容以及PM图鉴对悖谬种的描述来看，海哲他们早在200年前就已经见识过大量悖谬种——这怎么可能呢？如果悖谬种一直栖息在巨洞下面，为什么奥琳/弗图博士还要利用时光机从其他的时间线捕获悖谬种呢？
一种比较流行的猜想认为第三神的能力与幻想/现实有关，也就是说第三神的能力可以将人类的幻想变为现实，佐证是《朱之书/紫之书》中描述的幻之悖谬种被数据挖掘证实了会在DLC中登场。

幻想说确实能解释很多问题，但是，如果幻想说是成立的，也就意味着奥琳/弗图博士研究的时光机并不是真正意义上的时光机（而只是许愿机），博士前往的过去世界/未来世界也不是真正存在的世界——这显然与“归乡之路”的剧情基调不相符。
我们或许应该换个角度进行思考。
现在的问题主要在于海哲时代就已经目击到了悖谬种，而悖谬种是200年后才被博士召唤的——这一点并不是剧情设计Bug，因为在后续剧情当中派帕也亲口点出了这个问题。
Loop展开——即博士回到海哲的时代告知海哲悖谬种的存在从而闭环历史——倒是能解释朱中的矛盾，然而却无法解释紫的矛盾，因此我们最好先认为博士的故事已经告一段落、不会再次出现比较合理。
那么，如果不是博士引发的“悖谬”，还会有谁呢？
来对比一下三次探索经历——海哲等人进行探索的时候海哲目击到了第三神的身影，而在朱紫故事当中玩家是找不到第三神的，至于博士，根据最开始那份笔记来看，第三神应当已经被博士或其他人捕获了。
也就是说，在博士进入第零区之时第三神很可能已经不在第零区了——如果第三神不在了悖谬种也不在了（所以博士抵达时没有遇到悖谬种），也就意味着第三神才是导致海哲他们看到悖谬种的原因，而第三神的能力不是幻想具现化（即悖谬种是某种意义上的现实），或许意味着第三神的能力其实是让他人“看到过去/看到未来”。

这能力听起来或许没有幻想具现化酷，但是，第三神目前展现出的姿态确实很像一个水晶球。
抛开水晶球不谈，还有其他的线索指向这个结论。

前面说到在博士制造时光机之前——甚至是抵达第零区之前——也许已经有人或势力捕获了第三神：
“发明太晶珠的原型后，接受了来自企业的融资，因而得以在小匙镇的灯塔建造研究所。希望在不远的将来能回到巨坑，重新启动关于结晶体的研究。 ”
这里的企业可能是指尼莫家的企业，但是考虑到当年赞助海哲进行探险的是橘子学院/葡萄学院（《朱之书/紫之书》中提到报酬是分享研究成果），恐怕这个企业是与学院有关的企业。
那就是宝可梦联盟，在完成“归乡之路”以后牡丹会提及联盟会长也慈还兼任学院的理事长。
说到也慈，只要在二周目游戏中多多探索，就不难感受到这个对战实力并不强的挂名冠军给馆主以及牡丹等人带来了多大压力（此外，相信很多玩家会对本次联盟过于写实的面试环境印象深刻）。
关于也慈的疑点还有两个。
一个疑点是也慈的代表PM晶光花大有文章，晶光花是在帕蒂亚非常稀有的PM，然而在帕蒂亚巨坑底层却数不胜数，紫版的图鉴还指出了晶光花的毒能量结晶与太晶化的宝石十分相似，此外，泰拉爆破这个技能就是也慈提供给主角的，制作这个技能的主要素材也正是晶光芽的素材。更加可疑的是“归乡之路”的第一长战斗就是对付晶光花，尼莫还特意提了一句“居然是首席的宝可梦！”。
另一个疑点是也慈等人手套上的罗盘型标志，这个标志被几个镜头刻意强调过，同时也是朱紫中过场读取的标志，然而目前为止都没有哪些地方提及到这个标识——另一方面，这个标识却很容易让人联想到过去系列反派团队必有的标识。
晶光花的花瓣是六瓣，也慈标志上的尺标也是六个，至于中间的部分，看起来很像是罗盘的指针，但是也很像一只眼睛，不是吗？

将这些线索拼凑一下——
假设第三神与晶光花有关，甚至我们可以猜测第三神就是一个生存了数万年之久的巨大晶光花，由于长久的结晶过程形成了太晶，而太晶能够扭曲能量甚至扭曲光（朱紫正取自光谱两端），从而使人看到遥远过去或者遥远未来的事情，甚至能做到干涉。
海哲等人探索巨坑时受到了第三神的影响，后来海哲带回的资料得到解析，成为日后联盟捕获第三神并利用第三神的契机。
也慈等人即将利用第三神——目的是什么？其实从目前的剧情来看已经很容易猜想了，也慈鼓励帕底亚的人们成长，其后将有才能的人收入囊中，为联盟效力，就不难猜想也慈是想创造一个人尽其才、能取得利益最大化的世界，而第三神了解过去、预知未来的能力正是实现这个计划最有力的后盾。
这个理想听起来很不错，但是却与朱紫主打的“自由探索”、“寻找自己的宝物”完全对立，此外就是博士的AI所说的这段话也很耐人寻味：
“真是……太厉害了！
连拥有最强科学理论的AI，都没能算出这个结果！
即使陷入怎样绝望的深渊，你们都能用自己的头脑思考，
具备信任朋友的勇气，做出正确的决断，
如果是你们的，无论是多么艰辛的过去，
也能在自己选择的道路中昂首挺胸，向前迈进吧。”
自己的思考、自己的决断、自己选择的道路——而也慈的目标则是让所有人服从她所选择的道路。
到此为止一切都很清晰了。

剩下的问题是悖谬种到底是什么？它们是真实存在的事物还是纯粹的空想呢？
恐怕二者皆是。
就好比在我们的世界中快龙没有Mega没有超极巨化也没有悖谬种，但是我们可以想象也许有哪些条件稍稍改变，就会产生“快龙获得了Mega的历史”——对于我们而言这是空想，但是在无限多的时空当中却可能是事实。
换言之，这个世界上存在着无数的可能性，然而有些人却只将他们所期望的事情视作是唯一的真理——这不是很适合第三神与也慈的后续展开嘛。