說明一下：gisaid上傳的序列經常就是沒有修理好（主要是最兩端的引物序列沒有去掉，或者中閒保留了一些N，或者某處因爲indel而沒有align好），nextstrain也經常就不加處理放到樹上來了。現在就有（比如圖1的樣本HF1805的29747以後的位點就是如此），這種沒有修好的序列一般都是會造成異常長的末端枝。
但一般過些時候nextstrain就會把序列修理好重新畫樹的，等着就好，也可以去推特上跟他們提。
但一般過些時候nextstrain就會把序列修理好重新畫樹的，等着就好，也可以去推特上跟他們提。
#张文宏预测新冠病毒最终发展# 个人感觉我们会和新冠长期共存，寄希望于疫苗
这次新冠病毒有个好处，让全国甚至全世界人们知道了什么是核酸，什么是病毒？说句很悲观的话，人类到现在也不知道病毒如何起源，哪些病毒或许在来祸害人类的路上。
近来媒体上有关病毒的各种术语太多，很多人估计看的云里雾里，我把我，一个开刀匠的理解跟大家分享一下，便于大家阅读相关文章，至少像我一样，知道个大概。
病毒本质就是外在蛋白质包裹下的一段可以翻译的DNA或RNA，本身无法复制，必须借助细菌或细胞内的翻译机制，复制自己，再感染更多的宿主。而人体的免疫系统无时不在攻击它，它也在变着花样逃避打击，发展自己。
病毒的发展自己就是进化，进化的本质就是基因的突变。比如目前的新冠最常见的突变形式就是单个碱基的突变，比如'A'→ 'T', or 'G' →'C'，于是很多人可以患同一种疾病：新冠肺炎，但里面的核苷酸可以不一样，叫单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism SNP），如图1，目前的新冠主要就是这种突变。图中上列是某个对应位置的碱基突变状况（SNP），下列就是整个病毒的碱基序列，ORF指开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)，它是编码新冠的一种蛋白酶的，后面的S就是所说的刺突蛋白，还有M、N蛋白等（图2）。
那么什么是病毒重组呢？那么当二种有亲缘关系的不同病毒感染同一宿主细胞时，它们的遗传物质发生交换，结果产生不同于亲代的可遗传的子代，称为基因重组，例如流感病毒两个亚型之间可基因重组，产生新的杂交株，即具有一个亲代的血凝素(HA)和另一亲代的神经氨酸酶(NA)。1978年前苏联流行的甲型流感病毒H1N1与香港甲型流感病毒H3N2同时感染某人则可分离出H3N1亚型。
至少目前看来新冠是稳定的，没有所谓的病毒重组，有极少的插入缺失突变（indel）。
那科学家怎么区别到底谁是祖先谁是后辈呢？还是来自基因的突变。简单理解就是老子都没有这样碱基，儿子怎么有了呢？极端例子就是父母均是A型血，居然生出了一个B型血的儿子，那这个儿子一定与隔壁老王有关。具体到病毒的碱基突变如下图3：
爷爷某段碱基序列是 ATTT，它突变一个碱基，儿子就是ATCT，孙子才可以是 GTCT 。通过单个基因序列有进化树，把多个基因的突变一起考虑就是某病毒的单倍型。每个病毒的单倍型浩瀚的数据就通过生物信息学，电脑计算就算出了病毒的进化先后。
通过进化树，就可以推算出到底谁是祖先，谁是被谁感染的（GISAID的进化树图4）。科学家这样做的原因就是想找到源头，遗憾的是，现在还没有找到真正的源头，阴谋论者言辞凿凿，无非捕风捉影的吸引眼球。
病毒如果想继续发展壮大自己，不停复制，以百万、千万的数量级扩展，所以突变经常发生，现在有理论认为，新冠病毒大概一个月突变两次，如果某个碱基突变不影响其后翻译的蛋白质，叫同义突变，如果蛋白质发生改变，就叫错义突变，比如ATC突变成ATT，都是编码异亮氨酸，这就是同义突变，虽然蛋白质水平没有变化，但对mRNA的效率或者构成内部回环等方面可以影响该突变的翻译效率。如果ATT变成TTT，则编码苯丙氨酸，蛋白质结构变化了，有些对以后的功能不发生大的影响，如果在结合部位，则可能影响碱基健或范德华力的大小，影响病毒与宿主的结合能力。如果突变出一个终止密码子，可能这段DNA的翻译工作提前终止。
所以病毒每突变一次，几乎就是作死一次。要么毒力增强，要么毒力降低，毒力太强，宿主和病毒同归于尽，再往后传染的几率就低，如果毒力减弱，传染性扩大，则预示着这个突变家族兴旺发达。看今天科学院的论文，现在的新冠似乎有这个趋势。
任何一个流行病，最初的易感人群经历了感染。个体要么死亡要么康复。那些康复者将对该病毒具有一定程度的免疫力。随着人群中免疫个体的比例开始增加，传播减少，直到基本传染数（Ro）降至1.0以下，这种流行病将停止扩散。
如果你自认为获得了免疫力的时候，病毒开始突变，一定限度在人群中存在，如果突变到人类缺乏相应免疫力，则再次获得流行，比如1918年的H1N1流行，1968年的H3N2流行，2009年又回到了H1N1流行。
相比2003年的SARS，同源性达到80%的COVID-19今年再次流行，都是冠状病毒，今年的传染力明显强于SARS，毒力弱于SARS。我感觉冠状病毒或许会长期存在，人类能否克服它，还得靠疫苗，就像天花、脊髓灰质炎 、乙肝等被控制，其他治疗或许都不是最有效的好方法。
这次新冠病毒有个好处，让全国甚至全世界人们知道了什么是核酸，什么是病毒？说句很悲观的话，人类到现在也不知道病毒如何起源，哪些病毒或许在来祸害人类的路上。
近来媒体上有关病毒的各种术语太多，很多人估计看的云里雾里，我把我，一个开刀匠的理解跟大家分享一下，便于大家阅读相关文章，至少像我一样，知道个大概。
病毒本质就是外在蛋白质包裹下的一段可以翻译的DNA或RNA，本身无法复制，必须借助细菌或细胞内的翻译机制，复制自己，再感染更多的宿主。而人体的免疫系统无时不在攻击它，它也在变着花样逃避打击，发展自己。
病毒的发展自己就是进化，进化的本质就是基因的突变。比如目前的新冠最常见的突变形式就是单个碱基的突变，比如'A'→ 'T', or 'G' →'C'，于是很多人可以患同一种疾病：新冠肺炎，但里面的核苷酸可以不一样，叫单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism SNP），如图1，目前的新冠主要就是这种突变。图中上列是某个对应位置的碱基突变状况（SNP），下列就是整个病毒的碱基序列，ORF指开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)，它是编码新冠的一种蛋白酶的，后面的S就是所说的刺突蛋白，还有M、N蛋白等（图2）。
那么什么是病毒重组呢？那么当二种有亲缘关系的不同病毒感染同一宿主细胞时，它们的遗传物质发生交换，结果产生不同于亲代的可遗传的子代，称为基因重组，例如流感病毒两个亚型之间可基因重组，产生新的杂交株，即具有一个亲代的血凝素(HA)和另一亲代的神经氨酸酶(NA)。1978年前苏联流行的甲型流感病毒H1N1与香港甲型流感病毒H3N2同时感染某人则可分离出H3N1亚型。
至少目前看来新冠是稳定的，没有所谓的病毒重组，有极少的插入缺失突变（indel）。
那科学家怎么区别到底谁是祖先谁是后辈呢？还是来自基因的突变。简单理解就是老子都没有这样碱基，儿子怎么有了呢？极端例子就是父母均是A型血，居然生出了一个B型血的儿子，那这个儿子一定与隔壁老王有关。具体到病毒的碱基突变如下图3：
爷爷某段碱基序列是 ATTT，它突变一个碱基，儿子就是ATCT，孙子才可以是 GTCT 。通过单个基因序列有进化树，把多个基因的突变一起考虑就是某病毒的单倍型。每个病毒的单倍型浩瀚的数据就通过生物信息学，电脑计算就算出了病毒的进化先后。
通过进化树，就可以推算出到底谁是祖先，谁是被谁感染的（GISAID的进化树图4）。科学家这样做的原因就是想找到源头，遗憾的是，现在还没有找到真正的源头，阴谋论者言辞凿凿，无非捕风捉影的吸引眼球。
病毒如果想继续发展壮大自己，不停复制，以百万、千万的数量级扩展，所以突变经常发生，现在有理论认为，新冠病毒大概一个月突变两次，如果某个碱基突变不影响其后翻译的蛋白质，叫同义突变，如果蛋白质发生改变，就叫错义突变，比如ATC突变成ATT，都是编码异亮氨酸，这就是同义突变，虽然蛋白质水平没有变化，但对mRNA的效率或者构成内部回环等方面可以影响该突变的翻译效率。如果ATT变成TTT，则编码苯丙氨酸，蛋白质结构变化了，有些对以后的功能不发生大的影响，如果在结合部位，则可能影响碱基健或范德华力的大小，影响病毒与宿主的结合能力。如果突变出一个终止密码子，可能这段DNA的翻译工作提前终止。
所以病毒每突变一次，几乎就是作死一次。要么毒力增强，要么毒力降低，毒力太强，宿主和病毒同归于尽，再往后传染的几率就低，如果毒力减弱，传染性扩大，则预示着这个突变家族兴旺发达。看今天科学院的论文，现在的新冠似乎有这个趋势。
任何一个流行病，最初的易感人群经历了感染。个体要么死亡要么康复。那些康复者将对该病毒具有一定程度的免疫力。随着人群中免疫个体的比例开始增加，传播减少，直到基本传染数（Ro）降至1.0以下，这种流行病将停止扩散。
如果你自认为获得了免疫力的时候，病毒开始突变，一定限度在人群中存在，如果突变到人类缺乏相应免疫力，则再次获得流行，比如1918年的H1N1流行，1968年的H3N2流行，2009年又回到了H1N1流行。
相比2003年的SARS，同源性达到80%的COVID-19今年再次流行，都是冠状病毒，今年的传染力明显强于SARS，毒力弱于SARS。我感觉冠状病毒或许会长期存在，人类能否克服它，还得靠疫苗，就像天花、脊髓灰质炎 、乙肝等被控制，其他治疗或许都不是最有效的好方法。
旺季最新物流数据出炉，订单延误率最高的不是亚马逊！
2019年旺季，2大物流公司包裹准时送达率都比2018年更低。
最新的物流数据显示，2019年假日购物旺季期间，联邦快递和UPS的包裹订单延误率高于2018年。
根据ShipMatrix的数据显示，联邦快递2018年旺季准时送达率为97.6％，高于2017 年的97.4％。UPS在2018年旺季实现了巨大飞跃，当时其准时送达率达到了98.3％。而在2017年，UPS的准时送达率为95.3％。
而在2019年，从黑色星期五到新年前夕，联邦快递的准时送达率下降到94.6％，UPS的准时送达率为96.6％。 联邦快递和UPS假日购物旺季期间的运输数据来自与这些公司合作的ShipMatrix客户。
ShipMatrix不是唯一一家报告联邦快递2019年旺季准时送达率下降的公司。据为货运公司提供审计和咨询服务的Shipware称，在感恩节和圣诞节之间，联邦快递包裹的准时送达率约为88％。在同一时间段内，UPS的准时送达率为91％。
尽管联邦快递终止了与亚马逊的两项主要运输合同，其包裹数量增长放缓，但该公司的服务仍出现下降。亚马逊仍是UPS的大客户，尽管它正在提高自己的运输能力。
indel表示，即使性能上的微小变化也会影响大量订单，因为FedEx和UPS每天要处理数百万个包裹。Shipware的高级顾问Keith Myers表示，在过去几年中，联邦快递的准时送达率通常比UPS高。今年以来，尽管联邦快递在旺季高峰期处理的包裹少于UPS，但其业绩有所下降，而UPS的业绩有所改善。
不过，考虑到2019年的成交量飙升，且2019年的假日购物旺季时间异常短暂，ShipMatrix创始人Satish Jindel表示，这些运输公司的表现仍属强劲。
“今年的假日购物旺季时间较短，然而包裹量超出预期。整个旺季包裹量达到27.5亿，远高于预期的24.5亿。” Satish Jindel说道：“没有其他行业可以应对这样的暴涨。”
联邦快递(FedEx)董事长兼首席执行官Fred Smith在12月的财报电话会议上表示，该公司旺季包裹量“远超预期，并提供了出色的服务水平”。首席运营官Raj Subramaniam表示，仅在网络星期一，其就运送了3780万件包裹，超过了其预计的3300多万件。 联邦快递在一份声明中表示，在旺季期间，其“经历了公司历史上交易量最高的一些日子”，其中，12月的前三个周一最为繁忙。
“我们为全球49万名员工感到骄傲，他们不知疲倦地工作，为我们的客户送达节日礼物。” UPS未回应就其旺季业绩发表评论的请求。
亚马逊表现如何？
亚马逊的准时交付率在2019年旺季达到98.9％，但Jindel认为不应将亚马逊的表现与FedEx和UPS进行比较。 Jindel说道，亚马逊的运输业务可与FedEx和UPS的last mile配送相媲美，因为亚马逊产品通常是从离客户更近的地方运输
“他们执行的交付是在本地市场内进行的，只提供50到60英里范围内的货物，因此可以与UPS和FedEx的last mile配送相提并论。”
Jindel表示，就旺季的last mile表现而言，联邦快递和UPS的表现与亚马逊相当或更好。
#亚马逊跨境电商# https://t.cn/Evk4gJx
2019年旺季，2大物流公司包裹准时送达率都比2018年更低。
最新的物流数据显示，2019年假日购物旺季期间，联邦快递和UPS的包裹订单延误率高于2018年。
根据ShipMatrix的数据显示，联邦快递2018年旺季准时送达率为97.6％，高于2017 年的97.4％。UPS在2018年旺季实现了巨大飞跃，当时其准时送达率达到了98.3％。而在2017年，UPS的准时送达率为95.3％。
而在2019年，从黑色星期五到新年前夕，联邦快递的准时送达率下降到94.6％，UPS的准时送达率为96.6％。 联邦快递和UPS假日购物旺季期间的运输数据来自与这些公司合作的ShipMatrix客户。
ShipMatrix不是唯一一家报告联邦快递2019年旺季准时送达率下降的公司。据为货运公司提供审计和咨询服务的Shipware称，在感恩节和圣诞节之间，联邦快递包裹的准时送达率约为88％。在同一时间段内，UPS的准时送达率为91％。
尽管联邦快递终止了与亚马逊的两项主要运输合同，其包裹数量增长放缓，但该公司的服务仍出现下降。亚马逊仍是UPS的大客户，尽管它正在提高自己的运输能力。
indel表示，即使性能上的微小变化也会影响大量订单，因为FedEx和UPS每天要处理数百万个包裹。Shipware的高级顾问Keith Myers表示，在过去几年中，联邦快递的准时送达率通常比UPS高。今年以来，尽管联邦快递在旺季高峰期处理的包裹少于UPS，但其业绩有所下降，而UPS的业绩有所改善。
不过，考虑到2019年的成交量飙升，且2019年的假日购物旺季时间异常短暂，ShipMatrix创始人Satish Jindel表示，这些运输公司的表现仍属强劲。
“今年的假日购物旺季时间较短，然而包裹量超出预期。整个旺季包裹量达到27.5亿，远高于预期的24.5亿。” Satish Jindel说道：“没有其他行业可以应对这样的暴涨。”
联邦快递(FedEx)董事长兼首席执行官Fred Smith在12月的财报电话会议上表示，该公司旺季包裹量“远超预期，并提供了出色的服务水平”。首席运营官Raj Subramaniam表示，仅在网络星期一，其就运送了3780万件包裹，超过了其预计的3300多万件。 联邦快递在一份声明中表示，在旺季期间，其“经历了公司历史上交易量最高的一些日子”，其中，12月的前三个周一最为繁忙。
“我们为全球49万名员工感到骄傲，他们不知疲倦地工作，为我们的客户送达节日礼物。” UPS未回应就其旺季业绩发表评论的请求。
亚马逊表现如何？
亚马逊的准时交付率在2019年旺季达到98.9％，但Jindel认为不应将亚马逊的表现与FedEx和UPS进行比较。 Jindel说道，亚马逊的运输业务可与FedEx和UPS的last mile配送相媲美，因为亚马逊产品通常是从离客户更近的地方运输
“他们执行的交付是在本地市场内进行的，只提供50到60英里范围内的货物，因此可以与UPS和FedEx的last mile配送相提并论。”
Jindel表示，就旺季的last mile表现而言，联邦快递和UPS的表现与亚马逊相当或更好。
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