今天Cell和Science各有一篇重要的COVID-19论文，都是关于新型冠状病毒SARS-CoV-2的抗体表位研究。
1. Fred Hutch研究所新晋院士Julie Overbaugh等在Cell上发表了报道了SARS-CoV-2 S蛋白通过突变逃逸抗体结合的表位突变图谱。这项研究应用COVID-19康复者血浆（感染30和60天后）和噬菌体-MSD技术来展示SARS-CoV-2 S蛋白的表位，发现血清中抗体和病毒S蛋白最常结合于两个区域（也就是免疫主导表位），分别是融合肽区域和七肽重复区。研究发现病毒突变在这两个区域的多样性很大。而在其他抗体结合的表位，病毒突变的个体差异很大。这项研究提供了潜在的病毒对抗体逃逸途径的全貌，并提示在抗体介导的病毒进化中存在个体差异。
2. 另一篇来自我的师兄Gregory Ippolito组的文章发表在了Science，报道了抗体对于非RBD区域的表位识别。有趣的是，Ippolito发现恢复期的COVID-19患者的IgG 80%识别RBD以外的表位。其中一名康复患者的4种克隆来源的IgG占了93.5%。研究发现一种NTD特异性抗体具有很高的抑制野生型活病毒的中和活性。更为重要的是，目前的较危险突变株（VOC）很多出现了对这一NTD表位的突变。这项研究说明NTD表位和非RBD抗体很常见，并且对中和SARS-CoV-2和抗体逃逸具有重要影响。
1. Fred Hutch研究所新晋院士Julie Overbaugh等在Cell上发表了报道了SARS-CoV-2 S蛋白通过突变逃逸抗体结合的表位突变图谱。这项研究应用COVID-19康复者血浆（感染30和60天后）和噬菌体-MSD技术来展示SARS-CoV-2 S蛋白的表位，发现血清中抗体和病毒S蛋白最常结合于两个区域（也就是免疫主导表位），分别是融合肽区域和七肽重复区。研究发现病毒突变在这两个区域的多样性很大。而在其他抗体结合的表位，病毒突变的个体差异很大。这项研究提供了潜在的病毒对抗体逃逸途径的全貌，并提示在抗体介导的病毒进化中存在个体差异。
2. 另一篇来自我的师兄Gregory Ippolito组的文章发表在了Science，报道了抗体对于非RBD区域的表位识别。有趣的是，Ippolito发现恢复期的COVID-19患者的IgG 80%识别RBD以外的表位。其中一名康复患者的4种克隆来源的IgG占了93.5%。研究发现一种NTD特异性抗体具有很高的抑制野生型活病毒的中和活性。更为重要的是，目前的较危险突变株（VOC）很多出现了对这一NTD表位的突变。这项研究说明NTD表位和非RBD抗体很常见，并且对中和SARS-CoV-2和抗体逃逸具有重要影响。
今天有3篇极为重要的COVID-19文章。其中bioRxiv的预印版文章首次报道了印度突变株B.1.617的“趋同进化”过程，这篇文章解释了为何世界多地会出现452，484和681突变。另外，法国巴斯德所的STM文章首次揭示了COVID-19“长期后遗症”的潜在机制，即嗅神经相关组织感染及炎症。
1. 印度国家疾控中心在bioRxiv上传了一篇研究论文引发了关注，该文章首次报道了印度突变株B.1.617的分子流行病学和趋同进化过程。趋同进化指的是病毒的突变在同一时间的不同地区出现，这表征在自然选择之下，病毒不约而同地形成了“适应性”（fitness）突变，以适应在宿主中的进化和传播。
印度国家疾控中心等机构通过对印度去年12月至今年1月收集的样本进行病毒基因组测序，并分析病毒进化树，发现B.1.617突变株具有共同的特征性S抗原（包括RBD内）突变D111D，G142D，L452R，E484Q，D614G和P681R。其中，在其他全球流行的突变株中已经发现了S蛋白上的氨基酸残基452、484和681处的突变，这提示这些突变为“趋同进化”突变。因此这三个突变位点可成为了重点关注突变（VOC）。更为重要的是，对Furin（弗林蛋白酶）切割位点和RBD突变L452R，E484Q以及P681R进行结构分析，发现这些突变可能导致RBD与ACE2结合能力增加，S1-S2切割的速率增加，由此导致病毒复制能力和传染性增强。研究进一步发现，RBD中和抗体REGN10933和P2B-2F6对于具有L452R，E484Q和P681R突变的病毒的结合能力下降，因此，这一系列突变可能造成上述抗体中和病毒的能力下降。这项研究从分子流行病学和病毒学角度提供了B.1.617的趋同进化和潜在逃逸机制，因此具有重大流行病学意义。
2. 我经常提到的Fred Hutch研究所的Trevor Bedford在Science Trans Med报道了SARS-CoV-2引入华盛顿州的分子流行病学过程。该研究分析了华盛顿州3940个病毒序列，发现华盛顿州的614G突变株是在2020年初随着人员流动被反复引入该州的。614G感染者的病毒载量更高，但临床表现和结局与野生型相当。这项研究认为614G引入是人为原因造成的，而不是614G传播能力更强造成的。
3. 法国巴斯德所在Science Trans Med发表了一篇极重要的文章，报道了COVID-19 long hauler（长期后遗症）的发生机制：嗅觉神经上皮组织感染及炎症。嗅觉失灵是COVID-19的特征性表现之一，这项研究结合了病毒学和细胞生物学，发现嗅觉神经上皮组织的嗅神经元、间质细胞和免疫细胞均可被SARS-CoV-2感染，并且病毒在嗅觉神经上皮组织中复制可使该组织持续出现炎症反应。研究进一步发现，在仓鼠感染SARS-CoV-2后，一旦病毒持续在嗅神经上皮和嗅球中存在，仓鼠则会出现嗅觉味觉丧失和衰老等表现。更为重要的是，研究从具有长期后遗症的COVID-19患者的嗅觉组织中发现了病毒转录本和感染细胞，同时伴有长期炎症。这项研究首次提出了COVID-19长期后遗症的机制之一，即嗅神经组织感染和伴发炎症。
1. 印度国家疾控中心在bioRxiv上传了一篇研究论文引发了关注，该文章首次报道了印度突变株B.1.617的分子流行病学和趋同进化过程。趋同进化指的是病毒的突变在同一时间的不同地区出现，这表征在自然选择之下，病毒不约而同地形成了“适应性”（fitness）突变，以适应在宿主中的进化和传播。
印度国家疾控中心等机构通过对印度去年12月至今年1月收集的样本进行病毒基因组测序，并分析病毒进化树，发现B.1.617突变株具有共同的特征性S抗原（包括RBD内）突变D111D，G142D，L452R，E484Q，D614G和P681R。其中，在其他全球流行的突变株中已经发现了S蛋白上的氨基酸残基452、484和681处的突变，这提示这些突变为“趋同进化”突变。因此这三个突变位点可成为了重点关注突变（VOC）。更为重要的是，对Furin（弗林蛋白酶）切割位点和RBD突变L452R，E484Q以及P681R进行结构分析，发现这些突变可能导致RBD与ACE2结合能力增加，S1-S2切割的速率增加，由此导致病毒复制能力和传染性增强。研究进一步发现，RBD中和抗体REGN10933和P2B-2F6对于具有L452R，E484Q和P681R突变的病毒的结合能力下降，因此，这一系列突变可能造成上述抗体中和病毒的能力下降。这项研究从分子流行病学和病毒学角度提供了B.1.617的趋同进化和潜在逃逸机制，因此具有重大流行病学意义。
2. 我经常提到的Fred Hutch研究所的Trevor Bedford在Science Trans Med报道了SARS-CoV-2引入华盛顿州的分子流行病学过程。该研究分析了华盛顿州3940个病毒序列，发现华盛顿州的614G突变株是在2020年初随着人员流动被反复引入该州的。614G感染者的病毒载量更高，但临床表现和结局与野生型相当。这项研究认为614G引入是人为原因造成的，而不是614G传播能力更强造成的。
3. 法国巴斯德所在Science Trans Med发表了一篇极重要的文章，报道了COVID-19 long hauler（长期后遗症）的发生机制：嗅觉神经上皮组织感染及炎症。嗅觉失灵是COVID-19的特征性表现之一，这项研究结合了病毒学和细胞生物学，发现嗅觉神经上皮组织的嗅神经元、间质细胞和免疫细胞均可被SARS-CoV-2感染，并且病毒在嗅觉神经上皮组织中复制可使该组织持续出现炎症反应。研究进一步发现，在仓鼠感染SARS-CoV-2后，一旦病毒持续在嗅神经上皮和嗅球中存在，仓鼠则会出现嗅觉味觉丧失和衰老等表现。更为重要的是，研究从具有长期后遗症的COVID-19患者的嗅觉组织中发现了病毒转录本和感染细胞，同时伴有长期炎症。这项研究首次提出了COVID-19长期后遗症的机制之一，即嗅神经组织感染和伴发炎症。
九词君，不用语法学好英语
advocate | 思想在进步
advocate这个单词是由三部分构成的，ad是前缀，起加强语气的作业，voc是词根“声音”的意思，ate是动词后缀。合起来的意思是就是公开的发表一些自己的想法，更多的是正面的宣言，比如倡导保护环境，倡导不吃野生动物，这也是现在最让人痛心的话题。这个单词所表示的倡导会更加正面，甚至官方，比正常的建议会更加深刻有力度。
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