赫拉克利特的理论以毕达哥拉斯的学说为基础。他借用毕达哥拉斯“和谐”的概念，认为在对立与冲突的背后有某种程度的和谐，而协调本身并不是引人注目的，他认为冲突使世界充满生气。
他的主要的思想有：
永恒活火
“这个有秩序的宇宙（科斯摩斯）对万物都是相同的，它既不是神也不是人所创造的，它过去、现在和将来永远是一团永恒的活火，按一定尺度燃烧，一定尺度熄灭。”

赫拉克利特主张火与万物可以相互转化，但并未说明转化是如何进行的。这体现了他哲学上晦涩难懂和神秘主义的特点。他认为火的燃烧中有一定的尺度和逻各斯的思想。

原因：火是诸元素中最精致，并且是最接近于没有形体的东西；更重要的是，火既是运动的，又是能使别的事物运动。

赫拉克利特认为万物的本原是火，说宇宙是永恒的活火，他的基本出发点是：这个有秩序的宇宙既不是神也不是人所创造的。宇宙本身是它自己的创造者，宇宙的秩序都是由它自身的逻各斯所规定的。这是赫拉克利特学说的本质，它是米利都学派的朴素唯物论思想的继承和深入的发展。

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早期的古希腊哲学分为两大流派，首先是试图在自然界当中找到“世界本源”的自然哲学一派，然后则是在我们所能感知到的纷乱杂多的世界背后，寻找世界抽象本质的形而上学一派。被称为哲学之父的泰勒斯就是自然哲学派中的一员，他提出了“水是世界的本原”这一命题，今天看来虽然非常的粗糙，但是却打破了当时宗教的束缚。早期的自然哲学家，以水、火、土、气的物质具体形态作为世界的原始物质，发展到古希腊自然哲学的成熟时期，这种思潮被原子论所取代。这部分被恩格斯称之为“古代朴素唯物主义”，其中包括伊奥尼亚学派和原子论者，而形而上学则以毕达哥拉斯为开端，将抽象的概念作为了世界本原，这部分被恩格斯划入了“唯心主义”的范畴，包括毕达哥拉斯学派和埃利亚学派。

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