#新预测挑战阿尔法折叠#【#新AI预测微生物六亿多蛋白结构#】英国“深度思维”公司今年8月曾宣布，其开发的人工智能（AI）程序“阿尔法折叠”已预测出约100万个物种的超过2亿种蛋白质的结构，涵盖科学界已编录的几乎每一种。现在，元宇宙平台公司（Meta）研究人员利用人工智能ESMFold预测了来自细菌、病毒和其他尚未被表征微生物的6亿多种蛋白质的结构。相关研究已经提交生物预印本网站biorxiv.org。#科技新突破#

在最新研究中，Meta AI蛋白质团队使用“大型语言模型”预测了这些蛋白质的结构。要构建能通过几个字母或单词预测文本的工具，离不开大型语言模型的基础。语言模型通常需要大量文本进行训练，为将其应用于蛋白质，研究团队用已知的蛋白质序列训练它们，这些已知蛋白质可由20个不同氨基酸组成的链来表达，每个氨基酸由一个字母表示。然后，ESMFold学会了用模糊的氨基酸比例“自动完成”蛋白质。

团队负责人亚历山大·里维斯表示，这些训练让ESMFold对包含蛋白质形状信息的蛋白质序列有了直观了解。而且，与“阿尔法折叠”一样，这一网络能将这些了解到的信息与已知蛋白质结构和序列之间关系的信息结合，生成预测结构。

随后，他们在一个数据库上运用这一模型，该数据库由来自土壤、海水、人类肠道、皮肤和其他微生物栖息地的“宏基因组”DNA组成，其中绝大多数DNA条目编码潜在蛋白质，来自从未被培养过也不为人所知的生物体。总体而言，ESMFold预测了超6.17亿种蛋白质的结构，且只花了两周时间。而“阿尔法折叠”预测一种结构可能需要几分钟。

团队指出，ESMFold虽然不像“阿尔法折叠”那么准确，但在预测结构方面的速度要快60倍，这意味着他们可将结构预测扩展到更大的数据库。

里维斯表示：“这些来自土壤、海水和人体的微生物分子是我们了解最少的结构，最新研究有助于我们更进一步洞悉生物学。”（科技日报记者 刘霞 图源：英国《自然》杂志网站）

【总编辑圈点】

人们形容蛋白质时，常说它乃生命之基石。但蛋白质的意义其实与其结构密切相关，因此如果能更深入的了解其结构，就可以更好地明确其工作原理，从而加速几乎所有生物学领域的研究，譬如为疾病设计新的疗法或疫苗。这也是目前多家团队致力于预测蛋白质结构的主要目的。现在，这一预测已涵盖了整个蛋白质世界，包括动物、植物、细菌、真菌和其他生物体的预测结构，可以预见，这些成果除了帮助攻克生命科学瓶颈外，也将在解决可持续性、粮食安全等重要问题上开辟新机。

#新神榜杨戬[超话]#观影效果对比图。在VR眼镜里截图，受脑袋不受控制的影响角度略微有点不一样，意思还是那个意思。
用的机器还是上一代pico neo3，图的上半张是优酷的88VIP联名的HDR特效，下半张是B站的1080高码率。为了避免二爷的盛世美颜加成，特地选了没有他出镜的场景。
都是各自的VR APP里按：巨幕，黑天，关灯，没有手工再放大截图。两边都很有电影院那味儿，沉浸感也超强。
直观感受是优酷的效果的确比B站好，特别是对光线的表达。放大了能看出来，在大部分场景下都是优酷的色彩更丰富明亮，更绚丽。B站直接看的时候其实并不会觉得蒙了一层雾，但一对比，就好像少刷了一层对比度。
特别是图3，白额虎在救助申公豹的时候身上的黑条纹会现出紫色，在优酷可以看到是元神的紫色荧光，在B站看是染上了一层淡紫色的绒毛。不知道是片源确实不同，还是技术路线不同导致的。
不过，B站这边可能也是得益于光线的明亮度不够（？）线条其实表达的更清晰，看图4魔礼红的脸比较容易看出来。B站这边更深刻一点。只不过这部片子里，五彩斑斓的光线用的比较多，所以优势不太明显。
但是！我觉得我仍然会隔一段时间就去刷一次B站，真的只有在B站的弹幕里才能感受到同好带来的快乐！也就是传说中的共鸣。
因为我没有爱奇艺的vr会员，所以没有办法直观感受爱奇艺的效果。听说华丽的一塌糊涂。爱的天崩地裂，让人失眠亏觉。
毕竟爱奇艺自己做过VR装备，在一众视频网站中是专业选手，肯定有其独到之处。
再次含泪安利工作党入一个VR眼镜。元宇宙虽然还是个骗局，但是视觉盛宴是真的！！

#别以为你白就可以不努力[超话]#
Day 931 读纸质书
《巴黎评论·诗人访谈》
［杰克·吉尔伯特］

随着诗人极致的浪漫爱情作为结束，《巴黎评论》整套书共用71小时读完，我我原以为这么长要看到过年了。《巴黎评论》前五部是作家访谈，第六部短篇小说，第七部诗人访谈。
有的作家令人触动。第一部里的奥尔罕·帕慕克，他既是知名作家，也是小国的公民，所以他的文字无法摆脱国家的便签，他永远背负着一个小国作家的责任，为民族的文化而创作。所以他的语言总带着沉重的责任感，不像其他有着优越创作环境的作家可以自由地聊自己的灵感层面。又由他来写第二部的序，仍然会带着那种谦卑。
​另一篇值得再读的是第四部的大卫·格罗斯曼，他平静的叙述一度看得我在公司会议室泪流满面。他遇到不公的对待，他所处社会的环境所致无人与他聊纯粹的文学。但他也终于等到《巴黎评论》的访谈从纯创作上开展，文学也带给他与战争中牺牲的儿子一片父子沟通的天地。
​第五部短篇小说，每一篇都是经典，各有各的不同。有的结构上非常新颖，或非常意识流，或用很罕见的手法表达一种简单的感情，或非常玄妙的情节展开。总之选取的都是些很不常见的写法的小说，所以直观感受到创作竟有如此大的空间。这一部是最能表现出《巴黎评论》的创刊目的，这是一项伟大的工程，扶植所有作品，不论风格好坏。文学本就不拘一格，因为思想没有局限。
也有给我震惊。第三部里的V.S.奈保尔，我总以为他对于小时候的生活可能爱恨交杂，但本质上他是很珍惜的。但完全没想到，他一直以来的想法都是逃离那里。《米格尔大街》仍然是我很喜欢的一部作品之一，但未经历过那种殖民地带来方方面面的痛苦，可能无法感受到作者最真实的内心。
有点遗憾在于我真的很爱毛姆，但《巴黎评论》这本我认为业届标杆，作家访谈无出其右的合集里并没有对他的采访。我其实没有看过他的任何采访，很想看巴黎评论里收录与他的交流，看看他到底是怎样的人。​

《巴黎评论》读完。