【中国学者通过空间转录组空间位置和病理学图像信息，解决空间转录组#基因表达# 谱数据噪音问题】

随着技术的进步，空间转录组（spatial transcriptomics）成为近年来通量测序技术中的“香饽饽”。

其原因在于空间转录组功能上的“一举多得”，它不仅能提供基因表达谱数据（近似于#单细胞测序# 数据），还可提供测序的位置信息，甚至对应的病理学图像数据也因其可见。

然而，空间转录组技术（尤其是在高分辨率空间转录组技术）的基因表达谱数据并不能“拿来就用”，其中还存在着大量噪音。

它们或从低通量测序深度（位于每个测序位点）而来，或来自那些为保存测序位置而实施的额外实验步骤。这些噪音在研究者们从空间转录组数据提取出有价值的信息时，形成了天然的障碍。

为修正空间转录组基因表达谱数据中的噪音，近日，美国德州大学西南医学中心与德州大学阿灵顿分校团队合作，发明了一种被称为“Sprod”的方法。他们利用空间位置以及病理学图像的信息，来解决上述问题。

8 月 4 日， 相关论文以《基于位置和图像信息的空间转录组数据去噪方法》（Sprod for De-noising Spatial Transcriptomics Data Based on Position and Image Information）为题发布在 Nature Methods 上[1]。

该论文的共同第一作者为#德州大学# 西南医学中心定量#生物学# 研究中心数据科学家王允冠博士、博士后研究员宋冰，论文共同通讯作者为德州大学西南医学中心定量生物学研究中心王涛助理教授、德州大学阿灵顿分校王莉教授。该论文的其他主要作者还包括西南医学中心谢阳教授、肖光华教授、王诗丹助理教授。

审稿人对该论文评价道: “随着空间测序技术的普及，开发能够有效处理和分析此类数据集的工具非常重要。Sprod 是一种朝着正确方向发展的新方法。利用空间信息和关系，对空间转录组基因表达谱数据降噪尤其具有吸引力。”

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#每日物种观察# 【银杏长寿千年秘密揭开】

银杏原产中国，是著名的长寿树种，在我国各地有大量分布。银杏古树长寿并非某单一的长寿基因调控，而是生长与衰老过程中多个因素综合平衡的结果。该研究成果近日在《美国国家科学院学报》杂志在线发表。

“长寿机制一直是生命科学领域关注的焦点和研究的热点之一。几乎所有多细胞生物都无法逃避衰老，并最终导致个体死亡。”扬州大学王莉教授说，人和动物的衰老被认为主要与端粒损耗、DNA损伤、DNA突变积累、表观遗传改变等因素有关，寿命一般只有几十年。自然界中，一些树种的年龄可达几百甚至上千年且依然生长旺盛，但其长寿机制却一直不清楚。

据介绍，该研究通过年轮测定技术结合DBHs的分析，发现与成年树相比，古树形成层细胞层数变少，新产生的年轮宽度变窄，生长素含量下降，脱落酸含量上升，细胞分裂分化相关基因表达下降，表明古树中维管组织生长变缓。然而古树树干的横截面积增加量仍处于高水平，显示银杏古树形成层干细胞仍具有较强的持续不断的分裂能力。

这些形态、生理和分子水平上的结果揭示，银杏古树在整体上仍处在健康的成年状态，依旧保持“青春活力”，尚未进入衰老阶段。由此认定，银杏古树维管形成层细胞的持续分裂能力，在避免衰老过程中发挥了重要作用。

树木的生长发育乃至衰老都需要应对环境胁迫、病虫害以及病菌等微生物的侵袭。该研究在银杏古树维管形成层细胞中，鉴定发现R基因的数量远远多于其他物种。此外，木质素单体、类黄酮和芪类化合物代谢通路的基因数量和表达在古树组中也没有下降。

由此推测，银杏古树可能通过持续合成木质素等物质，增加树干的密度和强度，以支撑不断增粗的树体，同时通过大量R基因的持续表达，以及积累具有特殊保护功能的代谢物来提高树体抗性，抵抗各种生物和非生物胁迫，从而大大延长了树体的寿命。该研究成果对揭示树木在个体水平上的生长与衰老调控机制具有重要科学意义。

8月28日，由中华医学会、中华医学会影像技术分会主办的第九届“泰山杯”全国医学影像技术专业大学生（本科）实践技能大赛、第五届全国医学影像技术专业青年教师教学创新大赛在山东第一医科大学落下帷幕。我院由医学影像技术学教研室主任兰永树教授担任领队，技师陆笑非、漆万银、张丹萍和王莉担任指导教师以及潘代勇、廖宇浩、庞尚静、王雅仪4名影像技术本科同学组成的参赛队伍，代表西南医科大学荣获了技能大赛团体并列第一名的好成绩。