#玻璃糖纸[超话]#暹罗猫教授
有一篇在1975年Physical Review Letters发表的论文，讨论了固态氦-3的物理性质，论文被引用了多次，作者名叫F. D. C. Willard，是一只暹罗猫。
1975年，密歇根州立大学物理教授Jack H. Hetherington写了一篇极具影响力并被后人不断引用的论文—— Two-, Three-, and Four-Atom Exchange Effects in bcc 3He，他就是这只暹罗猫的主人。
Hetherington教授写好文章后，便迫不及待想要准备寄往Physical Review Letters发表，不过在此之前，他打算再让同事看一遍。
当同事阅读完他的paper后，发现一个奇怪的细节问题。Hetherington 教授全文通篇用的都是“我们”作为第一人称，但署名却只有他一个人。同事提醒他，如果你用了“我们”，作者署名又只有你一个人的话，期刊是不会发表的，要不你就把WE 改成 I 好了。
这时，肯定有人想问，整篇替换文字修改成"I"不就行了吗？但是1975年的世界可没有word存在，当时的paper都是用打字机一个字一个字打出来的。
Hetherington教授犹豫了，他曾在More Random Walks in Science文中解释道，自己不想加第二作者有两个原因，其一是，多一个作者，自己拿到的稿酬肯定不一样了。另一个原因则是面子问题，因为在当时的学术界，一个学者的声誉跟他发表的paper直接相关，如果paper有好几个作者，轰动效果肯定没有作为单独作者发出来这么牛。
Hetherington教授灵光一现，他想，我为什么不能把窝在床边的那只暹罗猫当成第二作者呢？
可是宠物猫的名字Chester有点不够正式，于是，Hetherington教授给它起了一个化名：F.D.C. Willard。
F.D.C代表Felix Domesticus, Chester，意思是：家猫Chester，Willard是它爸的名字。
对外，Hetherington教授宣称F.D.C. Willard是他在密歇根州立大学的一位同事，并且提交了论文。不久，这篇论文就在Physical Review Letters的第35期发表。
本来这事只有Hetherington周围的一些同事知道，直到有一天，有读者慕名来拜访这篇文章的两位作者，当时Hetherington教授不在，于是访客点名要会见Willard教授，也就是那只暹罗猫……于是，同事们就给对方描述了整个事情的经过，于是，这只猫，便暴露了……
有一篇在1975年Physical Review Letters发表的论文，讨论了固态氦-3的物理性质，论文被引用了多次，作者名叫F. D. C. Willard，是一只暹罗猫。
1975年，密歇根州立大学物理教授Jack H. Hetherington写了一篇极具影响力并被后人不断引用的论文—— Two-, Three-, and Four-Atom Exchange Effects in bcc 3He，他就是这只暹罗猫的主人。
Hetherington教授写好文章后，便迫不及待想要准备寄往Physical Review Letters发表，不过在此之前，他打算再让同事看一遍。
当同事阅读完他的paper后，发现一个奇怪的细节问题。Hetherington 教授全文通篇用的都是“我们”作为第一人称，但署名却只有他一个人。同事提醒他，如果你用了“我们”，作者署名又只有你一个人的话，期刊是不会发表的，要不你就把WE 改成 I 好了。
这时，肯定有人想问，整篇替换文字修改成"I"不就行了吗？但是1975年的世界可没有word存在，当时的paper都是用打字机一个字一个字打出来的。
Hetherington教授犹豫了，他曾在More Random Walks in Science文中解释道，自己不想加第二作者有两个原因，其一是，多一个作者，自己拿到的稿酬肯定不一样了。另一个原因则是面子问题，因为在当时的学术界，一个学者的声誉跟他发表的paper直接相关，如果paper有好几个作者，轰动效果肯定没有作为单独作者发出来这么牛。
Hetherington教授灵光一现，他想，我为什么不能把窝在床边的那只暹罗猫当成第二作者呢？
可是宠物猫的名字Chester有点不够正式，于是，Hetherington教授给它起了一个化名：F.D.C. Willard。
F.D.C代表Felix Domesticus, Chester，意思是：家猫Chester，Willard是它爸的名字。
对外，Hetherington教授宣称F.D.C. Willard是他在密歇根州立大学的一位同事，并且提交了论文。不久，这篇论文就在Physical Review Letters的第35期发表。
本来这事只有Hetherington周围的一些同事知道，直到有一天，有读者慕名来拜访这篇文章的两位作者，当时Hetherington教授不在，于是访客点名要会见Willard教授，也就是那只暹罗猫……于是，同事们就给对方描述了整个事情的经过，于是，这只猫，便暴露了……
【中国科学家开发全球首个融合所有#生物大分子# 比对功能的开源算法US-align，或为分子#生物学研究# 提供快速精准的定量比较结果】
“我们开发的 US-align，是目前全球第一款能把不同蛋白质和核酸等生物大分子的比对功能融合到同一个计算机程序中的软件。这是一款利用统一的标度函数和搜索引擎，来进行高精度多功能结构比对的计算机软件。
它一方面解决了此前不同比对算法‘各自为政’、难以沟通的问题；另一方面，通过采用统一标度和搜索引擎，有助于对含有不同类型分子的复合物比如在蛋白质-RNA 复合物之间进行高精度比对。
对于生物大分子的功能注解、以及现代药物的开发来讲，第二方面显得尤为重要。”著名蛋白质工程学家、美国#密歇根大学医学院# 生物化学系教授张阳表示。
关于该算法的论文，最近发表在 Nature Methods 上。目前，US-align 的代码已经完全开源。其精准快速的比对算法、统一高效的实现框架以及透明开源的科学态度，获得了所有审稿人的一致点赞。
此次成果的背景在于，我们居住的这个星球上繁衍着各式各样的生命，每个高级生命体的复杂社会学行为本质上都是通过其分子水平上的生物学功能来实现。而核酸和蛋白质分别是这些功能的主要操控和执行者，它们的生物学功能都由其三维的空间结构和形状来决定。
因此，蛋白质和核酸分子的结构比对，是结构生物学和分子生物学的最基本问题之一。而 US-align 这样的高精度多功能的结构比对算法，可在面对不同生物大分子的复杂结构和形状时，帮助分子生物学家们得到定量、精准、以及快速的比较结果。
US-align 在分子生物学上的一个主要应用就是通过其精准的结构比对，帮助生物学家从已知的蛋白质家族推导未知的蛋白质家族的生物学功能，即所谓蛋白质功能注解。此外，它在蛋白质和 RNA 结构预测、生物分子设计、高通量分子结构搜索、以及大型结构库的建立和结构归类研究等领域也可得到广泛应用。
特别是，最近几年结构生物学技术的发展，比如冷冻电镜技术的进步，已让结构生物学家能够解析出许多大分子复合物的结构。因此，如何针对高阶生物大分子复合物的结构，做出快速的比对分析变得特别重要。
据悉，US-align 能对不同类型的生物大分子的复合物，比如含有蛋白质、RNA 和 DNA 分子复合物，进行统一便捷的结构比较。这也让它自然地适用于蛋白质、肽链和 RNA 之间的组装和对接的研究。
戳链接查看详情：https://t.cn/A6ocQbEh
“我们开发的 US-align，是目前全球第一款能把不同蛋白质和核酸等生物大分子的比对功能融合到同一个计算机程序中的软件。这是一款利用统一的标度函数和搜索引擎，来进行高精度多功能结构比对的计算机软件。
它一方面解决了此前不同比对算法‘各自为政’、难以沟通的问题；另一方面，通过采用统一标度和搜索引擎，有助于对含有不同类型分子的复合物比如在蛋白质-RNA 复合物之间进行高精度比对。
对于生物大分子的功能注解、以及现代药物的开发来讲，第二方面显得尤为重要。”著名蛋白质工程学家、美国#密歇根大学医学院# 生物化学系教授张阳表示。
关于该算法的论文，最近发表在 Nature Methods 上。目前，US-align 的代码已经完全开源。其精准快速的比对算法、统一高效的实现框架以及透明开源的科学态度，获得了所有审稿人的一致点赞。
此次成果的背景在于，我们居住的这个星球上繁衍着各式各样的生命，每个高级生命体的复杂社会学行为本质上都是通过其分子水平上的生物学功能来实现。而核酸和蛋白质分别是这些功能的主要操控和执行者，它们的生物学功能都由其三维的空间结构和形状来决定。
因此，蛋白质和核酸分子的结构比对，是结构生物学和分子生物学的最基本问题之一。而 US-align 这样的高精度多功能的结构比对算法，可在面对不同生物大分子的复杂结构和形状时，帮助分子生物学家们得到定量、精准、以及快速的比较结果。
US-align 在分子生物学上的一个主要应用就是通过其精准的结构比对，帮助生物学家从已知的蛋白质家族推导未知的蛋白质家族的生物学功能，即所谓蛋白质功能注解。此外，它在蛋白质和 RNA 结构预测、生物分子设计、高通量分子结构搜索、以及大型结构库的建立和结构归类研究等领域也可得到广泛应用。
特别是，最近几年结构生物学技术的发展，比如冷冻电镜技术的进步，已让结构生物学家能够解析出许多大分子复合物的结构。因此，如何针对高阶生物大分子复合物的结构，做出快速的比对分析变得特别重要。
据悉，US-align 能对不同类型的生物大分子的复合物，比如含有蛋白质、RNA 和 DNA 分子复合物，进行统一便捷的结构比较。这也让它自然地适用于蛋白质、肽链和 RNA 之间的组装和对接的研究。
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#南开时讯# 【南开团队人工智能辅助研制新冠病毒中和抗体】
近日，南开大学生命科学院免疫学研究所曹雪涛院士、楼瀚涛副教授与牛津大学合作在Cell Research（IF 46）发表了题为“Deep learning-based rapid generation of broadly reactive antibodies against SARS-CoV-2 and its Omicron variant”的研究工作报告。
该实验团队搭建了一个基于空洞卷机神经网络(ACNN)的抗体发现平台---交叉反应性B细胞受体网络（XBCR-net），可以直接从单细胞BCR序列预测针对SARS-CoV-2及其新变种的广泛反应性抗体。
该技术体系将显著提高抗体发现效率，对于传染性疾病、癌症等的免疫治疗具有应用价值。
文章链接：https://t.cn/A6ocjiB4
近日，南开大学生命科学院免疫学研究所曹雪涛院士、楼瀚涛副教授与牛津大学合作在Cell Research（IF 46）发表了题为“Deep learning-based rapid generation of broadly reactive antibodies against SARS-CoV-2 and its Omicron variant”的研究工作报告。
该实验团队搭建了一个基于空洞卷机神经网络(ACNN)的抗体发现平台---交叉反应性B细胞受体网络（XBCR-net），可以直接从单细胞BCR序列预测针对SARS-CoV-2及其新变种的广泛反应性抗体。
该技术体系将显著提高抗体发现效率，对于传染性疾病、癌症等的免疫治疗具有应用价值。
文章链接：https://t.cn/A6ocjiB4
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