【何琳/王艇等综述通过转座子驯化实现哺乳动物基因组创新】#小柯生命# 2022年8月25日，美国加州大学伯克利分校何琳教授与华盛顿大学王艇教授合作在《自然—细胞生物学》（Nature Cell Biology）发表综述文章，阐述了通过转座子驯化实现哺乳动物基因组创新。论文传送门☞https://t.cn/A6Sj19kU

大约40%哺乳动物基因组起源于转座子(Transposable elements, TEs)，其中包括1%~2%的DNA转座子(DNA transposons)和~40%的逆转座子(retrotransposons)。在最近的进化史上，逆转录转座子的驯化(retrotransposons domestication)在哺乳动物中比DNA转座子更常见, 因此这篇综述将更多关注逆转座子及其在基因组结构和创新中的作用。

逆转录子可分为长末端重复序列逆转座子(LTR)和非LTR反转录转座子(non-LTR retrotransposons)，而非LTR反转录转座子又包括长散在重复序列(long interspersed nuclear elements, LINEs)和短散在重复序列(short interspersed nuclear elements, SINEs)。由于极高TE丰度对宿主哺乳动物基因组的潜在影响，绝大多数TEs被一些表观遗传的机制抑制，如DNA甲基化(DNA Methylation)，退行性突变(degenerative mutations)以及转录/转录后沉默(transcriptional/post-transcriptional silencing)。有趣的是，当宿主基因组暴露在TE入侵的危险中时，基因组自身获得了进行基因组创新的机会，从而扩大基因调控模式，丰富转录本多样性和功能库多样化。

这篇综述总结了TEs在哺乳动物发育、生理和进化中的作用，并重点研究了特定TEs的体内功能表征，以及该领域的关键挑战和机遇。

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#向太空发送酵母和藻类#
UBC制药科学教授Corey Nislow博士正在将酵母和藻类培养物装在一个比鞋盒大不了多少的舱内，送入太空，从而研究宇宙射线和接近零重力的环境对生物的影响。当航天器绕月飞行42天之后返回时，Nislow博士将拿回他的样品，以及样本中包含的信息。
Nislow博士说，之所以选择研究莱茵衣藻（一种单细胞绿藻）以及6000个酵母突变体，是因为酵母是人类细胞的优良模型，它的基因与人类基因有些相似，而莱茵衣藻则是食物、分子氧和燃料氢的宝贵来源。
Nislow博士及其同事将利用UBC实验室数据库以及20年来对这些生物的研究中获得的信息，研究太空暴露产生的基因变化。从中获得的信息可以帮助为未来的太空旅行者和接受化疗的癌症患者设计更好的治疗方案。
研究团队的目标是找出酵母在宇宙辐射下的全基因组特征是否与暴露在破坏DNA的癌症药物下的细胞相似。初步数据表明，答案是肯定的。因此，这一研究有助于制定对策以减少辐射对酵母和船员DNA的损害，以及减少不同化疗方式的副作用。
图为Nislow博士及其团队正在将酵母和藻类送入太空。
来源：https://t.cn/A6SWtXb3
图源：https://t.cn/A6SWtXb1

RNA提取问题（1）——RNA「热化了」

1.RNA「热化了」
因单链结构，RNA 非常不稳定，需要用超低温抑制 RNA 酶的活性。为了防止 RNA「热化了」，经常使用大量液氮充分研磨样品，或者在冷冻室内储存。但往往 RNA 又经不起冻，怎么办呢？

可将样品浸泡在稳定试剂中，致使 RNA 酶失活，在采集时就保留样品的基因完整性。这方面 DNA/RNA Shield 可以储存各种类型的样品，在环境温度下也可运输。冷链不再是必须的，进行敏感的下游分析当然更加靠谱 ～#生物信息学##生信分析##RNA提取#