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推翻蒙古统治的明太祖朱元璋，初为皇觉寺僧，宰相宋廉亦出身於寺院，故对佛教特别崇敬，也力图整顿佛教。因此，即位後即颁布了一连串新的佛教政策如：立僧官、定考试、制度牒、刻藏经(南藏)、整理僧籍、分寺院僧为禅、讲、教三类；成祖永乐帝以临济僧道衍为宰相，刻北藏，并作〈赞佛偈〉、《金刚经解》，力护佛教。此後，诸帝王无不奉佛，禅、净二宗与喇嘛教并行。

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元朝佛教与朝廷的关系密切，其能以一蒙古外族而统治华夏一百多年，可说多得力於佛化政治。太祖建国之初，重用禅宗行者耶律楚材制订典章，令慓悍好战的蒙古百姓摄化於佛教。其後诸帝承袭此风，皆倚重僧信以协助国政。至元世祖迎请西藏萨迦派的八思巴入京，请制蒙古文，译述藏经，对蒙古文化贡献巨大，赐号「大宝法王」，世祖封赏全藏为俸爵，地位职权之高仅次於皇帝。此後萨迦派僧侣世代为国师，遂使喇嘛教成为元代的国教。

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天台宗得高丽传回典籍而弘扬一时，後有山家、山外二派互宣宗义，各传其学；天台教义虽博洽深玄，然因辅以律行、礼忏、念佛，故能广流普及。在华严宗方面，因教义与禅宗同为真常唯心一系，故得力於禅宗而得复兴，呈现「教禅一致」之风，以子璿、净源二位大师的弘扬最力，後者有「贤首中兴」之誉。律宗方面，有允堪、元照的弘持，致力於律学撰著，又因天台宗师多兼弘戒法，律学乃应运中兴。净土宗则於宋朝三百年间持续兴盛，念佛结社之风深入广被，不让禅宗。台、贤、禅、律诸宗祖师亦多秉其教学，严以律行，而趣净土，因此台净融和、禅净双修的思潮风行，净土信仰因之深植於民间。直至宋徽宗时期，因其崇信道教而破坏佛教，如烧毁经像，诏令寺院置孔子及老子像，并将道士位次列在僧尼之上等。佛教严重受挫，除禅、净二宗犹能盛行外，其馀各宗渐没。