聊聊最近全球关注的 Delta 突变株。
2021 年 5 月 10 日，WHO 正式将 Delta 突变株列为全球关注变体（Variant of Concern，VOC），而仅一个月后的 6 月 18 日，WHO 首席科学家 Soumya Swaminathan 表示，新冠病毒 Delta 突变株正在成为目前全球疫情的主要致病株。
目前，Delta 突变株已经蔓延至全球 92 个国家和地区。
第一问题，Delta 突变株到底是什么？
这要从 WHO 的毒株更名说起。
5 月 31 日，WHO 将新冠病毒中的 4 种全球关注变体（VOC）用希腊字母重新命名，最早在英国被发现的 B.1.1.7 被命名为 Alpha，最早在南非发现的 B.1.351 为 Beta，最早在巴西发现的 P.1 为 Gamma，而 Delta 变体则是最早在印度发现的 B.1.617.2。（图 1）
Delta 是 2020 年 10 月最先于印度报告的 B.1.617 的三个亚株之一。
B.1.617 的三个亚株均携带 L452R 和 P681R 「双突变」，B.1.617.1 和 B.1.617.3 额外携带了 E484Q 突变，B.1.617.2（也就是 Delta 变体）则额外携带了 T478K 突变。
Delta 变体传播能力强、发生免疫逃逸的基本特性，与 L452R 和 P681R 两处突变密切相关。
在针对新冠病毒刺突蛋白的体外分析中，Delta 株所携带的 L452R 可以通过破坏刺突蛋白抗体与刺突蛋白受体结合域（RBD）的结合反应，增强病毒逃避抗体的能力。
而 P681R 突变本身并不在 RBD 中，其不会干扰抗体对 RBD 的作用，但可间接增强刺突蛋白介导的病毒入侵细胞过程，从而增加病毒的传染力。
此外，Delta 变体还携带了 T478K 突变，可能会直接增强 RBD 和 ACE2 的相互作用，并以此逃避免疫系统监视。
这一假说得到了体外培养试验的初步验证：T478K 更容易在低滴度抗体环境下发生二次突变。除此之外，T478K 突变通常与其他复杂突变（如核衣壳蛋白的 RG203KR 突变，或涉及病毒 RNA 依赖的 RNA 聚合酶 NSP12 的突变）共存，因此 T478K 也可能是复杂突变病毒的「前哨」基因。
6 月 17 日，bioRxiv 上线一篇来自日本团队的论文，对 Delta 所携带的 P618R 突变进行了进一步研究。（图 2）
研究团队将 Detla 变体与 B.1.617.1、B.1.1 分离株（携带 D614G）进行对比发现，在 Vero 细胞中，Detla 变体和 B.1.617.1 的生长显著低于 B.1.1 分离株。而显微镜下观察发现，Detla 变体和 B.1.617.1 形成了比 B.1.1 分离株更大的合胞体。
合胞体（syncytia）是病毒感染的一种现象，一些病毒（如呼吸道合胞病毒）在感染了宿主细胞后，会促进宿主细胞与周围细胞的融合，形成多核巨细胞。
研究团队认为，Delta 株之所以变现出这样的特性，主要机制在于 P681R 突变促进了 furin 蛋白酶介导的刺突蛋白的切割，加速了细胞-细胞融合，并对中和抗体产生一定抗性。
6 月 22 日，一篇预印本论文对印度 100 多名突破性感染的医护人员进行分析研究，结果发现，Delta 变体不仅在疫苗突破性感染中占主导地位，并且表现出更高的呼吸道病毒载量。与携带 D614G 的野生型毒株相比，Delta 变体对接种疫苗产生抗体的敏感性大约下降了 8 倍。（图 3）
第二个问题，疫苗对突变株还有效吗？
先说结论：虽有下降，但仍能保护重症，单针接种风险较大
以英国的几项研究举例。
英国是最先受到 Delta 突变株冲击的国家之一。
6 月 17 日 BMJ 刊载的一篇文章显示，英国目前几乎所有新发新冠病例均为 Delta 变体感染。（图 4）
自 6 月初以来，英国 Delta 变体感染数量上涨 79%，6 月 11 日至 17 日，英国记录了 58830 例新冠阳性病例，比前七天增加 33.7%，而全国 99% 的测序结果显示均为 Delta 变体感染。
英国卫生部表示，与此前英国的优势株 Alpha 变体相比，Delta 变体感染者的住院风险更高，不过，完全接种两剂疫苗在应对住院风险上，预计可以提供超过 90% 的保护率。
这与英国卫生部公布的另一项研究不谋而合。（图 5）
从 4 月 5 日到 5 月 16 日，研究团队分析了 Delta 变体对现有的两款新冠疫苗的影响。
在辉瑞疫苗中，接种第二剂后 2 周，疫苗对 Delta 变体引起有症状疾病的有效率为 88%，而对此前的英国主要流行株 Alpha（B.1.1.7）的有效率为 93%；
在阿斯利康疫苗中，两剂接种对 Delta 变体引起有症状疾病的有效率为 60%，而对 Alpha 变体的有效率为 66%。
综合两种疫苗来看，在第一次接种后 3 周，两种疫苗对 Delta 变体引起有症状疾病的有效率为 33%，对 Alpha 变体的有效率为 50%。
而在住院风险上，与未接种疫苗的人相比，一剂疫苗预防住院的有效率为 75%，而两剂疫苗有效率为 94%。（图 6）
另据一项 6 月 14 日发表在柳叶刀的苏格兰学者研究显示，Delta 变体引发的住院风险和 Alpha 变体相比要高出一倍。（图 7）
而在疫苗方面，两剂辉瑞疫苗对 Delta 变体和 Alpha 变体的有效率分别为 79% 和 92%；两剂阿斯利康疫苗对 Delta 变体和 Alpha 变体的有效率则分别为 60% 和 73%。
多项研究都证明了，尽管 Delta 变体在一定程度上降低了疫苗的有效率，但和其他变体一样，接种疫苗仍能有效预防住院和死亡等不良预后。
另一方面，虽然辉瑞和阿斯利康疫苗都在两剂接种后展现了良好的有效率，但从目前数据看来，单剂接种者仍面临较大的感染风险，只有尽快完成两剂接种能够帮助人们在最大程度上对抗 Delta 突变株。
第三个问题，Delta 给世界带来了什么？
来看看最新近况。
受到 Delta 毒株的影响，英国预计从 2021 年 6 月 21 日放宽防疫限制的政策再次被推迟到 7 月 19 日。
6 月 15 日，美国 CDC 宣布 Delta 为令人担忧的变体，根据基因研究公司 Helix 在的调查显示，美国从 4 月下旬至 6 月中旬，由 Alpha 引起的病例从 70% 以上下降至 42% 左右，而 Delta 变体正后来居上，成为流行中的优势毒株。
据纽约布法罗大学的生物化学家 Jennifer Surtees 表示，尽管 70% 左右的纽约人口已经接种了至少一剂疫苗，但在一些非裔和西班牙裔比例较高的社区，疫苗接种率往往还比较低，仍有大量人口暴露在 Delta 的风险之下。
而在非洲国家，大多数国家的疫苗接种率仍不足 5%。尽管监测能力有限，但刚果民主共和国、乌干达、南非等国已经报告了 Delta 变体，并且种种迹象表明，Delta 变体已经在这些国家引起了确诊病例的激增。
对于即将举行奥运会的日本，一篇上线 medRxiv 的最新研究预测，Delta 变体预计将在 2021 年 7 月 12 日左右正式取代目前在日本主要流行的 Alpha 变体。（图 8）
回到中国，近一个月来广州出现的新一轮疫情也与 Delta 毒株有关。中疾控研究员冯子健指出，Delta 变体的传播能力在目前已经确定的新冠突变株中最强，和最早在英国流行的 Alpha 变体相比，传播能力提高了 40% 以上。
另据深圳通报，6 月 10 日由南非抵达深圳的 CA868 国际航班报告，共报告 38 例阳性病例，其中 3 例为 Delta 变体。随后，一名机场工作人员确诊，基因测序显示，该患者同样感染了 Delta 变体。
目前，民航局已对 CA868 发出熔断指令，暂停运行 4 周。深圳各定点医院也在积极应对，深圳市第三人民医院对隔离区域进行精细分区，为 Delta 设立专区，收治 CA868 确诊患者。
毫无疑问，Delta 突变株将成为接下来新冠疫情最为关注的重点。
#洞见计划#
2021 年 5 月 10 日，WHO 正式将 Delta 突变株列为全球关注变体（Variant of Concern，VOC），而仅一个月后的 6 月 18 日，WHO 首席科学家 Soumya Swaminathan 表示，新冠病毒 Delta 突变株正在成为目前全球疫情的主要致病株。
目前，Delta 突变株已经蔓延至全球 92 个国家和地区。
第一问题，Delta 突变株到底是什么？
这要从 WHO 的毒株更名说起。
5 月 31 日，WHO 将新冠病毒中的 4 种全球关注变体（VOC）用希腊字母重新命名，最早在英国被发现的 B.1.1.7 被命名为 Alpha，最早在南非发现的 B.1.351 为 Beta，最早在巴西发现的 P.1 为 Gamma，而 Delta 变体则是最早在印度发现的 B.1.617.2。（图 1）
Delta 是 2020 年 10 月最先于印度报告的 B.1.617 的三个亚株之一。
B.1.617 的三个亚株均携带 L452R 和 P681R 「双突变」，B.1.617.1 和 B.1.617.3 额外携带了 E484Q 突变，B.1.617.2（也就是 Delta 变体）则额外携带了 T478K 突变。
Delta 变体传播能力强、发生免疫逃逸的基本特性，与 L452R 和 P681R 两处突变密切相关。
在针对新冠病毒刺突蛋白的体外分析中，Delta 株所携带的 L452R 可以通过破坏刺突蛋白抗体与刺突蛋白受体结合域（RBD）的结合反应，增强病毒逃避抗体的能力。
而 P681R 突变本身并不在 RBD 中，其不会干扰抗体对 RBD 的作用，但可间接增强刺突蛋白介导的病毒入侵细胞过程，从而增加病毒的传染力。
此外，Delta 变体还携带了 T478K 突变，可能会直接增强 RBD 和 ACE2 的相互作用，并以此逃避免疫系统监视。
这一假说得到了体外培养试验的初步验证：T478K 更容易在低滴度抗体环境下发生二次突变。除此之外，T478K 突变通常与其他复杂突变（如核衣壳蛋白的 RG203KR 突变，或涉及病毒 RNA 依赖的 RNA 聚合酶 NSP12 的突变）共存，因此 T478K 也可能是复杂突变病毒的「前哨」基因。
6 月 17 日，bioRxiv 上线一篇来自日本团队的论文，对 Delta 所携带的 P618R 突变进行了进一步研究。（图 2）
研究团队将 Detla 变体与 B.1.617.1、B.1.1 分离株（携带 D614G）进行对比发现，在 Vero 细胞中，Detla 变体和 B.1.617.1 的生长显著低于 B.1.1 分离株。而显微镜下观察发现，Detla 变体和 B.1.617.1 形成了比 B.1.1 分离株更大的合胞体。
合胞体（syncytia）是病毒感染的一种现象，一些病毒（如呼吸道合胞病毒）在感染了宿主细胞后，会促进宿主细胞与周围细胞的融合，形成多核巨细胞。
研究团队认为，Delta 株之所以变现出这样的特性，主要机制在于 P681R 突变促进了 furin 蛋白酶介导的刺突蛋白的切割，加速了细胞-细胞融合，并对中和抗体产生一定抗性。
6 月 22 日，一篇预印本论文对印度 100 多名突破性感染的医护人员进行分析研究，结果发现，Delta 变体不仅在疫苗突破性感染中占主导地位，并且表现出更高的呼吸道病毒载量。与携带 D614G 的野生型毒株相比，Delta 变体对接种疫苗产生抗体的敏感性大约下降了 8 倍。（图 3）
第二个问题，疫苗对突变株还有效吗？
先说结论：虽有下降，但仍能保护重症，单针接种风险较大
以英国的几项研究举例。
英国是最先受到 Delta 突变株冲击的国家之一。
6 月 17 日 BMJ 刊载的一篇文章显示，英国目前几乎所有新发新冠病例均为 Delta 变体感染。（图 4）
自 6 月初以来，英国 Delta 变体感染数量上涨 79%，6 月 11 日至 17 日，英国记录了 58830 例新冠阳性病例，比前七天增加 33.7%，而全国 99% 的测序结果显示均为 Delta 变体感染。
英国卫生部表示，与此前英国的优势株 Alpha 变体相比，Delta 变体感染者的住院风险更高，不过，完全接种两剂疫苗在应对住院风险上，预计可以提供超过 90% 的保护率。
这与英国卫生部公布的另一项研究不谋而合。（图 5）
从 4 月 5 日到 5 月 16 日，研究团队分析了 Delta 变体对现有的两款新冠疫苗的影响。
在辉瑞疫苗中，接种第二剂后 2 周，疫苗对 Delta 变体引起有症状疾病的有效率为 88%，而对此前的英国主要流行株 Alpha（B.1.1.7）的有效率为 93%；
在阿斯利康疫苗中，两剂接种对 Delta 变体引起有症状疾病的有效率为 60%，而对 Alpha 变体的有效率为 66%。
综合两种疫苗来看，在第一次接种后 3 周，两种疫苗对 Delta 变体引起有症状疾病的有效率为 33%，对 Alpha 变体的有效率为 50%。
而在住院风险上，与未接种疫苗的人相比，一剂疫苗预防住院的有效率为 75%，而两剂疫苗有效率为 94%。（图 6）
另据一项 6 月 14 日发表在柳叶刀的苏格兰学者研究显示，Delta 变体引发的住院风险和 Alpha 变体相比要高出一倍。（图 7）
而在疫苗方面，两剂辉瑞疫苗对 Delta 变体和 Alpha 变体的有效率分别为 79% 和 92%；两剂阿斯利康疫苗对 Delta 变体和 Alpha 变体的有效率则分别为 60% 和 73%。
多项研究都证明了，尽管 Delta 变体在一定程度上降低了疫苗的有效率，但和其他变体一样，接种疫苗仍能有效预防住院和死亡等不良预后。
另一方面，虽然辉瑞和阿斯利康疫苗都在两剂接种后展现了良好的有效率，但从目前数据看来，单剂接种者仍面临较大的感染风险，只有尽快完成两剂接种能够帮助人们在最大程度上对抗 Delta 突变株。
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来看看最新近况。
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6 月 15 日，美国 CDC 宣布 Delta 为令人担忧的变体，根据基因研究公司 Helix 在的调查显示，美国从 4 月下旬至 6 月中旬，由 Alpha 引起的病例从 70% 以上下降至 42% 左右，而 Delta 变体正后来居上，成为流行中的优势毒株。
据纽约布法罗大学的生物化学家 Jennifer Surtees 表示，尽管 70% 左右的纽约人口已经接种了至少一剂疫苗，但在一些非裔和西班牙裔比例较高的社区，疫苗接种率往往还比较低，仍有大量人口暴露在 Delta 的风险之下。
而在非洲国家，大多数国家的疫苗接种率仍不足 5%。尽管监测能力有限，但刚果民主共和国、乌干达、南非等国已经报告了 Delta 变体，并且种种迹象表明，Delta 变体已经在这些国家引起了确诊病例的激增。
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