生信分析——“质粒图谱”如何看（1）
在读文献的时候经常会遇到过表达或者敲低某种基因的时候，以质粒为载体进行转染细胞，那这种质粒图谱应该如何辨识呢？
首先我们要知道质粒的主要构成元件：
1、复制起始位点Ori：即控制复制起始的位点。Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向（正向）。
2、抗生素抗性基因：可以便于加以检测
①Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。
②tetr ：可以阻止四环素进入细胞。
③camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
④neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡那霉素衍生物）失活。
⑤hygr：使潮霉素β失活。
3、多克隆位点：图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。
4、其他元件：P/E：启动子/增强子；Terms：终止信号；加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA的作用等等。
#生信分析##生物信息学##生物信息学[超话]#
原文转载自公众号：医学僧的科研日记（ID：zzudoctor）
在读文献的时候经常会遇到过表达或者敲低某种基因的时候，以质粒为载体进行转染细胞，那这种质粒图谱应该如何辨识呢？
首先我们要知道质粒的主要构成元件：
1、复制起始位点Ori：即控制复制起始的位点。Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向（正向）。
2、抗生素抗性基因：可以便于加以检测
①Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。
②tetr ：可以阻止四环素进入细胞。
③camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
④neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡那霉素衍生物）失活。
⑤hygr：使潮霉素β失活。
3、多克隆位点：图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。
4、其他元件：P/E：启动子/增强子；Terms：终止信号；加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA的作用等等。
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宝赛质粒菌株-----大肠杆菌w3110：DsbC
www.bio-sci.com.cn网页链接
国内第一家专业质粒菌株公司，提供质粒菌株全套解决方案。原始菌株w3110（基因型：F- mcrA mcrB IN(rrnD-rrnE)1 lambda- ）
实验原理：利用DsbC蛋白的促进二硫键形成作用，减少目的重组蛋白包涵体形成。
改造方法：用CRISPR技术，将tac-SP-DsbC基因表达盒，敲入w3110菌株的glms基因下游。利用tac启动子组成型（无需诱导）表达DsbC蛋白，在SP信号肽的引导下，将DsbC蛋白分泌至大肠杆菌内外膜之间的周质空间。
基因表达盒序列：
tac-SP-DsbC
TTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATGTCTCATGAGCGGATATTTCACACAGGAAACAGTATTC
GGCCATCGCCGGCTGGGCAGCGAGGAGCAGCAGACCAGCAGCAGCGGTCGGCAGCAGGTATTTCAT
TTTACCGCTGGTCATTTTTTGGTGTTCGTCGAGAAATTCTTTCATCTCTTTCGGCGGCTGGTAACCCGGAACAAGTGTGCCATTGCTCAGCACAACTGCCGGAGTACCGCTAACGCCAAGCTGGACGCCAAGTGCGTAATGGTCGGCAATATCCACGTCGCAACTGGCTGGTGCGACGCTTTTACCTGCCATCACATCATCAAACGCTTTGTTTTTATCTTTCGCACACCAGATAGCTTTCATTTCTTTCTCTGCATCGCTGTCCAGCCCCTGGCGCGGGAAAGCAAGATAACGCACGGTGATCCCCAGCGCGTTGTAGTCTGCCATTTGCTCATGCAGTTTGTGGCAGTAACCACAGGTAATATCAGTAAACACGGTGATGACGTGTTTTTCCTGCGGCGCTTTATAAACGATCATCTCTTTTTCAAGCGCATTCAACTGCTTTAACAGCATCTTATTGGTGACATTGACCGGAGCCGTGCCACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAGGCGCGGGCTGAATATCGCTGCTTTTGATGCCCATTTTGGCTAACGTTTGTTGAATTGCCGCGTCATCAGCCTGAGCAAAGCCTGAAAACGCCGCTAACAAAGTAAACAACATAAAACCTTTCTTCAT
二、培养条件
LB培养基，37度
三、使用指导
本菌株采用CRISPR技术基因敲入构建，无抗性残留，无质粒残留。适合pGEX, pTrc99a,ptac系列载体配合使用，不适合T7启动子的pET系列载体配套使用。
菌株表达范例，细胞因子scvFGF19
T：总蛋白；S：可溶蛋白
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国内第一家专业质粒菌株公司，提供质粒菌株全套解决方案。原始菌株w3110（基因型：F- mcrA mcrB IN(rrnD-rrnE)1 lambda- ）
实验原理：利用DsbC蛋白的促进二硫键形成作用，减少目的重组蛋白包涵体形成。
改造方法：用CRISPR技术，将tac-SP-DsbC基因表达盒，敲入w3110菌株的glms基因下游。利用tac启动子组成型（无需诱导）表达DsbC蛋白，在SP信号肽的引导下，将DsbC蛋白分泌至大肠杆菌内外膜之间的周质空间。
基因表达盒序列：
tac-SP-DsbC
TTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATGTCTCATGAGCGGATATTTCACACAGGAAACAGTATTC
GGCCATCGCCGGCTGGGCAGCGAGGAGCAGCAGACCAGCAGCAGCGGTCGGCAGCAGGTATTTCAT
TTTACCGCTGGTCATTTTTTGGTGTTCGTCGAGAAATTCTTTCATCTCTTTCGGCGGCTGGTAACCCGGAACAAGTGTGCCATTGCTCAGCACAACTGCCGGAGTACCGCTAACGCCAAGCTGGACGCCAAGTGCGTAATGGTCGGCAATATCCACGTCGCAACTGGCTGGTGCGACGCTTTTACCTGCCATCACATCATCAAACGCTTTGTTTTTATCTTTCGCACACCAGATAGCTTTCATTTCTTTCTCTGCATCGCTGTCCAGCCCCTGGCGCGGGAAAGCAAGATAACGCACGGTGATCCCCAGCGCGTTGTAGTCTGCCATTTGCTCATGCAGTTTGTGGCAGTAACCACAGGTAATATCAGTAAACACGGTGATGACGTGTTTTTCCTGCGGCGCTTTATAAACGATCATCTCTTTTTCAAGCGCATTCAACTGCTTTAACAGCATCTTATTGGTGACATTGACCGGAGCCGTGCCACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAGGCGCGGGCTGAATATCGCTGCTTTTGATGCCCATTTTGGCTAACGTTTGTTGAATTGCCGCGTCATCAGCCTGAGCAAAGCCTGAAAACGCCGCTAACAAAGTAAACAACATAAAACCTTTCTTCAT
二、培养条件
LB培养基，37度
三、使用指导
本菌株采用CRISPR技术基因敲入构建，无抗性残留，无质粒残留。适合pGEX, pTrc99a,ptac系列载体配合使用，不适合T7启动子的pET系列载体配套使用。
菌株表达范例，细胞因子scvFGF19
T：总蛋白；S：可溶蛋白
我们的小学生已经这么牛逼了吗？中华民族伟大复兴何愁不成？
为啥就这个项目被扒出来了呢？我看了看同期获得小学组三等奖的课题，这个课题的确有点脱离小学生的能力范畴，显得有些脱离常识。
经过专家测算，这项研究需要细胞系、培养液、质粒提取、RNA 提取、抗体以及转基因小鼠构建，这些至少需要十多万元的经费，仅仅基因敲低的小鼠构建就要数万元人民币，还不包括实验设备的成本。
生物专业的本科生至少需要几个月才能构建一个敲低蛋白，初学者光是在实验技能方面的训练就至少需要一年，小学生能完成这样的研究，我想可以直接直升科大少年班了。
再翻了翻中学组一等奖的获奖名单，有一个项目成功地吸引了我。
我活了四十多年，也只是在电视上看到过南极洲的样子，而这位来自北京的中学生，已经在南极成功地发现了一种新的抗辐射微生物，我想这至少是一个SCI级别的发现。
为啥就这个项目被扒出来了呢？我看了看同期获得小学组三等奖的课题，这个课题的确有点脱离小学生的能力范畴，显得有些脱离常识。
经过专家测算，这项研究需要细胞系、培养液、质粒提取、RNA 提取、抗体以及转基因小鼠构建，这些至少需要十多万元的经费，仅仅基因敲低的小鼠构建就要数万元人民币，还不包括实验设备的成本。
生物专业的本科生至少需要几个月才能构建一个敲低蛋白，初学者光是在实验技能方面的训练就至少需要一年，小学生能完成这样的研究，我想可以直接直升科大少年班了。
再翻了翻中学组一等奖的获奖名单，有一个项目成功地吸引了我。
我活了四十多年，也只是在电视上看到过南极洲的样子，而这位来自北京的中学生，已经在南极成功地发现了一种新的抗辐射微生物，我想这至少是一个SCI级别的发现。
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